Merge branch '4552-collection-unique-name' closes #4552

Conflicts:
services/api/app/models/collection.rb

4552: Set permit_unsigned_manifests=false needed for test.

Merge branch '4363-less-filename-munging' closes #4363

4363: Fix flaky test case (race with filterable.js debounce timer).

4363: Fix size hints for multi-byte manifests (backported from f78caf9).

4363: Accept manifest_text in a non-UTF-8 encoding that is equal to its UTF-8 encoding.

4363: Specify ASCII encoding in test case.

closes #4194
Merge branch '4194-keep-logging'

Merge branch 'master' into 4194-keep-logging

Merge branch '4027-sdk-constraint-reuse-wip'

Refs #4027.  Closes #4532.

4027: Test updating job's SDK version after it's already set.

4027: API server considers arvados_sdk_version for Job reuse.

* Extend "in git" and "not in git" filters to the arvados_sdk_version
  column.
* When no filters are specified, if the submitted job specifies an
  arvados_sdk_version constraint, require reuse candidates to meet it.
* Document all this.

4363: Merge branch 'master' into 4363-less-filename-munging

4363: Explicit UTF-8 for test string.

4363: Validate utf-8 encoding of manifest_text.

4363: Remove redundant test.

4400: Silence git error messages during package install (we ignore them anyway)

4552: Tidy up ensure_unique_name block.

4552: Use faster database_cleaner strategy.

4552: Fix conflict between ensure_unique_name and signed manifests.

4194: rename wrapper as logging_router

Merge branch 'master' into 4194-keep-logging

4194: MakeLoggingRESTRouter returns a pointer rather than the struct.

4194: rename wrapper

Be a bit smarter about handling the dynamic dns resolver records for
compute nodes on api server startup.

refs #4461

4194: rename RESTRouterWrapper as LoggingRESTRouter

Merge branch 'master' into 4194-keep-logging

closes #4024
Merge branch '4024-pipeline-instances-scroll'

Merge branch '4024-pipeline-instances-scroll' of git.curoverse.com:arvados into 4024-pipeline-instances-scroll

4024: Make items_available, result_limit, and result_offset work for empty result sets.

Merge branch '3824-task-work' closes #3824

3824: Check whether there is anything to install before trying to lock $destdir.

Merge branch '4535-configure-api-host-url' closes #4535

Merge branch 'master' into 4024-pipeline-instances-scroll

Merge branch '4388-workbench-update' closes #4388

4024: update test assert

4024: add test assertion to check no error in page.

Merge branch 'master' into 4024-pipeline-instances-scroll

Merge branch '4024-pipeline-instances-scroll' of git.curoverse.com:arvados into 4024-pipeline-instances-scroll

Merge branch 'master' into 4194-keep-logging

4194: logging writer copies / appends passed in data into its own buffer.

Make our dynamic dns update system for compute nodes more generic.

refs #4461

Fix sdk/go/keepclient test race condition

This closes #4395

3824: Run build_script (and create *_WORK) inside the container.

3400: Do not fetch API results just for the sake of looking up resource_class.

4024: @limit override must happen before find_objects_for_index.

3400: Do not fetch_multiple_pages in #index actions.

4024: Merge branch '4388-workbench-update' into 4024-pipeline-instances-scroll

4024: Merge branch 'master' into 4024-pipeline-instances-scroll

4388: Fix typo

4388: Update bundle

4388: Fix javascript errors.

4194: update keepstore and handler_test to make wrapper instance rather than the two step process of creating REST router and then the wrapper.

4194: refactor router wrapper into a separate file.

Merge branch 'master' into 4194-keep-logging

4194: refactor REST Router wrapper into a separate package named keep_utils in keep directory.

Relax activesupport dependency to accommodate 4.x. refs #4388

4194: rename RESTRouterWrapper

4194: remove some more old log statements

4194: since LoggingResponseWriter is doing the logging, remove some of the old log statements that are now covered by the LoggingResponseWriter in keepstore handlers.

4535: Change default to false because ~ indicates "must be filled in".

4535: Add default_url_options to application controller that consults
Rails.configuration.  Added entry with documentation to
application.yml.default.

Merge branch 'master' into 4024-pipeline-instances-scroll

4194: improve logging when large block is retrieved.

4194: Add LoggingResponseWriter and RESTRouter wrapper. Update keepstore and handler_test to use the router wrapper.

4024: Use filterable-control input values (if any) when first loading dynamic content.

closes #3177
Merge branch '3177-collection-choose-files'

3177: use no left padding when collection files preview panel is used in file chooser dialog.

Merge branch 'master' into 3177-collection-choose-files

4024: Add test for double-load bug.

4024: Remove unused /pipeline_instances/?search=x support.

4363: Test edge cases as directory names, too.

4363: Test that munged filenames show up in os.listdir().

4363: Reject NUL characters in filenames in CollectionWriter.

Merge branch '2853-rendezvous' closes #2853

2853: Merge branch 'master' into 2853-rendezvous

Merge branch '4027-api-sdk-version-wip'

Refs #4027.  Closes #4489.

4027: Add arvados_sdk_version runtime constraint to API server.

Crunch will use this information to provide a specific SDK version in
the runtime environment.

3177: update test to select row in preview panel

Merge branch 'master' into 3177-collection-choose-files

3177: file selection

2853: Use mock from KeepClientServiceTestCase for rendezvous tests
instead of intruding on KeepClient's private instance variables.

Update arv-tag --help text in arv subcommands documentation.

refs #4486

Make arv-tag print usage when --help is given. Also, fix typo in usage lines.

No issue #

Remove some redundant lines from sdk/bin/arv

No issue #

2853: Avoid using reserved word "hash" as a variable name.

2853: Fix reference to reference set.

2853: Use Md5String() in getWeight().

4363: Fix filename munging. Add tests.

2853: Remove redundant test case.

Merge branch '3609-run-command-bugfix'

Refs #3609.

3609: fix "NameError: name 'rcode' is not defined"

If run-command raises an exception in the main 'try' loop before any
subprocesses have run, rcode will not be defined and "not any([status !=
0 for status in rcode.values()])" will raise a confusing "NameError:
name 'rcode' is not defined" exception.

Solution is to define rcode before the try/except block and to make sure
'success' is False if rcode is completely empty.

Merge branch 'master' into 3177-collection-choose-files

Conflicts:
apps/workbench/app/views/collections/_choose_rows.html.erb

3177: in file chooser mode, allow row selection

2853: Merge branch 'master' into 2853-rendezvous

Conflicts:
sdk/python/arvados/keep.py

Merge branch '4380-node-manager-computenode-reorg-wip'

Refs #4380.  Closes #4496.

4380: Reorganize arvnodeman.computenode.

This makes the hierarchy a little richer:

* arvnodeman.computenode.driver has all the cloud driver wrappers.
* arvnodeman.computenode.dispatch will be just like that, except it
  will consider local dispatch concerns.  For example, I'm going to
  add a SLURM submodule here to take care of draining.
* arvnodeman.computenode still has utility functions and
  ShutdownTimer.

Merge branch '4434-collation' closes #4434

Merge branch '3400-workbench-all-items' closes #3400

Merge branch 'master' into 3400-workbench-all-items