10079: update show_child_component route and remove the show_component.js.erb file since it is no longer used.

Merge branch 'master' into 10079-pipeline-display-perf

10079: reuse objects and address the case where no uuid exists on a chile (not started).

Fix wrong environment variable ARVADOS_API_INSECURE -> ARVADOS_API_HOST_INSECURE. No issue #

Merge branch '10232-non-exclusive-keys' refs #10232

10079: render works

Always log sbatch command, not just on failure. No issue #

10232: Increase ascii art.

10232: Own just a section of authorized_keys instead of clobbering the whole thing, unless --xclusive flag given

10079: ajax to display child component details; not working yet.

Fix API server version pin on arvados-cli. refs #10259

Merge branch '10259-cwl-pipeline-null' refs #10259

10259: Move trim_listing out of upload_instance

Merge branch 'master' into 10259-cwl-pipeline-null

Merge branch '10200-cwl-crunch-script' closes #10200

10259: Update arvados-cli version pin

3486: Accept false and nil/null as parameter values, and avoid translating nil to false.

10259: When creating pipeline to be managed by a-r-p-i, wrap value in dict for
false and null as well.

10200: Copy cwl-runner crunch script into arvados_cwl package to avoid version skew.  Keep old cwl-runner code as a fallback to avoid breaking installations that haven't been updated.

Remove obsolete comment. No issue #

9956: Fix startup log message. refs #9956

Merge branch '10211-double-close-crash' closes #10211

Merge branch '10281-directory-replication' closes #10281

10281: Test default replication=1 for directory volumes.

10281: Update comment.

10281: Add DirectoryReplication config.

Merge branch '10280-squeue-error' closes #10280

Merge branch '9956-keepstore-config' refs #9956

10280: Fix ignored error from cmd.Start().

9956: gofmt

10211: Clarify expected result of double-close.

9956: Fix run_test_server: default is now -enforce-permissions=true.

Merge branch 'master' into 9956-keepstore-config

Conflicts:
services/keepstore/keepstore.go

9956: Show list of supported volume types.

9956: Remove obsolete TODO comment.

9956: Move deprecated options out to a separate file.

9956: Remove "listen on address with no port" in help message.

refs #10227
Merge branch '10227-make-diagnostics-tests-reliable'

10211: Return an error instead of crashing if stream is closed twice.

Merge branch '10259-cwl-pipeline-value' refs #10259

10272: Fix nil pointer dereference in help message. refs #10272

10079: update object preloading to take place during component detail display.

10259: Add one level of indirection on dict parameters so that
arv-run-pipeline-instance does not try to interpret the value.  Check pipeline
state so that polling loop for cwl-runner job does not get stuck.

10079: Move Log and Output links into child details. This will make it possible
to not need tt preload the jobs and outputs during the pipeline display. Instead,
they can be fetched when the child panel is expanded by the user.

Merge branch '10234-git-httpd-config' refs #10234 refs #10263

10234: Remove doc.go, already superseded by usage.go.

Merge branch '10221-cwl-pathmapping' closes #10221

Merge branch '10259-cwl-pipeline' closes #10259

10234: Pass through gitolite env vars so old env-var-configured sites continue working.

10234: 10263: Update arvados-git-httpd docs to use systemd + config file.

10234: 10263: Use a GitoliteHome configuration entry instead of passing through gitolite env vars from the caller.

10227: The diagnostics tests have been consistently failing since Sep 18th due to web sockets based refresh is not happening in the page.
I updated the test to refresh the page in a loop until timeout, rather than rely on the unreliable web sockets.
Also, updated the text_to_look_for to "completed" from "Complete" so that test doesn't misinterpret a job completion as the pipeline completion.

Merge branch '10236-disable-event-listening'
Closes #10236

10236: Merge branch 'master' into 10236-disable-event-listening

10234: Avoid trying to read real config file in test suite.

10234: Use YAML for example config file.

10234: Clean up program name (arvados-git-httpd) and config paths.

10234: Change default repo root from CWD to recommended path.

10008: Disable flaky test. refs #10008

Merge branch '10243-make-packing-optional'
Closes #10243

10243: Merge branch 'master' into 10243-make-packing-optional

10236: Added --disable-event-listening to arv-mount command so that it doesn't subscribe to any API Server event.
Also, added a test for this new feature.

Merge branch '9848-finalize-on-reuse' closes #9848

9848: Finalize container request immediately if resolving to an already-finished container.

10259: Workaround for spurious "job_order" on command line.  --no-wait returns
pipeline uuid.

10259: When using --submit with jobs API, create RunningOnServer pipeline
instance.  This is more similar to the way it works when you run a workflow
from workbench, and ensures that the pipeline will be marked completed even if
the arvados-cwl-runner client goes away.

10221: Don't depend on st.keepref from arvados.commands.run.statfile and uploadfile, use file_pattern to construct predictable keep reference.

10221: Add path mapper tests direct keep references, uploaded files, and keep mounted files.

10221: Always upload all dependencies up front.  Ensures consistent reuse
behavior between --local and --submit.  Fix pathmapping bugs where
previously-uploaded files were added to path map but not actually mapped to
target paths.

10243: Explicitly calling close(flush=False) on tests so that they work with this new feature.

Merge branch 'master' into 10243-make-packing-optional

Merge branch '9463-revert-arv-put-commit'
Refs #9463 #9701

9463: Reverted tests related to old arv-put version.

10243: Added a flush=True parameter to ArvadosFileWriter.close() so that the repacking feature is disabled by default.

Merge branch '9463-revert-arv-put-commit'
Refs #9463 #9701

9463: Commit old arv-put command back, as the new one still have some performance issues when dealing with a lot of files.

Do not try to chown_R the gid of .ssh, because we're making an
assumption about the existance of a group with the same name as the
user, and it's irrelevant anyway because the permissions on .ssh are
0700.

No issue #

refs #10144
Merge branch '10144-pipeline-display-perf'

10144: call object_for_dataclass only when attr value is not-nil.

10144: limit find_object_by_uuid update to the case where find is used; this will ensure that the object is not fetch again when show is used.

10144: Conver the link_to_log tests into controller tests so that the #show is executed.

10144: Preload children during (main) component display. The Job.where in pipeline_instance_work_unit is fetching all jobs even if they are not readable.

10144: Rename :by_name as "by_attr" for preload_objects_for_dataclass

10144: Preloading all the collection using one single large query is much slower than making several requests
with a smaller subset of  uuids/pdhs when displaying a pipeline instance with many jobs. Hence, make several
requests for 200 collections at a time.

10144: preload work_unit children

10144: preload repositories during work unit component display.

10144: Update link_to_if_arvados_object to use collection_for_pdh when resource_class is a Collection and attrvalue is a pdh.

10144: Replace work_unit -> link_to_log with partial so that preloaded objects are used.

Merge branch '10228-arvados-git-httpd-service'

closes #10228

package has a .service missing

refs #10228

Merge branch '9701-collection-pack-small-files-alt'
Closes #9701 #9463

9701: Replaced deprecated use of File.exists?() with File.exist()

9701: Fixed arv-put to pass a couple of pending sdk/cli tests. refs #9463

9701: Merge branch 'master' into 9701-collection-pack-small-files-alt

9701: Wrapping actual alloc_bufferblock and delete_bufferblock methods inside synchronized calls, to be able to use them from within already synchronized BlockManager methods.

Merge branch '10186-crunch2-slurm-partition' closes #10186

refs #10078
Merge branch '10078-dashboard-perf'

10078: Rename the workbench config param 'show_user_notifications_on_dashboard' as 'show_user_notifications' because they are in topnav, not on dashboard!

Merge branch 'master' into 10078-dashboard-perf

9701: Added clarifying comments to the small block searching list comprehension.