11349: Add management server with /status.json

Merge branch '11209-unmount-subtype'

refs #11209

Increase ping delay in WatchdogActorTest to try and reduce spurious test failures.  no issue #

Add check that gnutls.h is available so pycurl can compile.  no issue #

Ensure chown does not fail on disappearing files and dirs

refs #11363

11209: Restrict --unmount* operations to given --subtype.

Add warnings about affecting other fuse mounts with --unmount flags.

Add missing test file refs #11423

Merge branch '8104-pycurl-721'

closes #8104

8104: Do not close sockets after giving them to pycurl. Reverts 7b31dd40b31bdbf7473b50fd407cd6f636657c69.

8104: Drop unnecessary lambda.

8104: Stop building pycurl package for ubuntu1604.

Merge branch '11423-cwl-collection-dir-ref' closes #11423

11423: Restore check to use pdh_path because it is only supposed to match Files
references.

Merge branch '7824-arvls-arvput-collection-api-usage'
Closes #7824

7824: Merge branch 'master' into 7824-arvls-arvput-collection-api-usage

8104: Remove pycurl<7.21.5 dependency.

8104: OPENSOCKETFUNCTION accepts calls from pycurl 7.21.

11308: Close socket after pycurl.

11423: Fix bug checking existence of Directories which refer to root of keep collections.

Merge branch '11413-nodemanager-gce-fixes' refs #11413

7824: Added test cases.

11413: Use getattr() in exception handler.

11413: Wrap destroy_node with similar logic to create_node: on exception check
the node list to determine if the node was actually destroyed successfully.

Merge branch '11100-cr-output-ttl'

refs #11100

11413: Fix issues with node manager on GCE:

* Always override Node.size with CloudSizeWrapper

* Get updated node record before setting metadata to minimize 'Supplied
  fingerprint does not match current metadata fingerprint.' error.

* Use ex_set_node_metadata() instead of issuing request directly.

7824: Now a subdirectory can be asked to be listed. Also, enhanced error message when asking for a non existant collection.

7824: Several improvements:
* Added error reporting on cases where the user ask for downloading a nonexisting file/subdir inside a collection.
* Enhanced error message when the user ask to download a non existing collection.
* Improved the collection traversal when downloading a subcollection.
* Exit with an error message when asking for a subcollection name without the trailing '/'.
* Error out if asking to get a subcollection with '-' as destination.
* Test updated.

Merge branch '11407-go-sdk-debug' closes #11407

11407: keepclient checks for ARVADOS_DEBUG and enables debugging.

7824: Log errors when trying to read the collection specified.

7824: Closing file when finished writing

11100: Adjust delete_at in before_validation hook instead of validation. Permit changing trash_at without extending delete_at.

11100: Specify units in output_ttl docs.

11402: Disable caching if $HOME/ is not writable, instead of returning a broken cache.

closes #11402

closes #11368
Merge branch '11368-collection-file-rename-warning'

11368: show error if user tries to rename a collection file with a duplicate name.

Merge branch '11398-nodes-items-available'

refs #11398

11398: Fix missing items_available in nodes#index response.

7824: Use logging facility to show error messages.

Merge branch '9132-dockerclient' closes #9132

7824: Updated code to use newer Collection APIs, leaving all_streams() and all_files() behind.

9132: Fix test errors due to rebase.

Fix package test for ubuntu1204.

refs #10797

11100: If caller sets collection.delete_at too early, set it to the earliest allowed time instead of failing.

9132: Fix ContainerCreate to include HostConfig, container UUID as name.

11100: Add comment about delete_at validation race.

11100: Clean up permission checks.

11100: Add container_requests.output_ttl field. Fix validation of output/log changes on finalized CRs.

7824: Moved arv-get code to arvados.commands and replaced bin/arv-get with a stub caller.

9132: Fix after rebase

9132: Use ThinDockerClientProxy to overcome the import issue around "github.com/docker/docker/vendor/golang.org/x/net/context".
Perform most of the test updates needed to use the new API.

9132: few more updates to use the new API

9132: WIP switching to using official Docker Go client.

Merge branch '11332-fix-crunchscript' refs #11332

7824: Further ordering fixes. Now all arv-ls tests passes.

Merge branch '7709-api-rails4' (partial)

refs #7709
refs #11100

7824: Fix upper/lower case ordering on arv-ls.

7709: De-duplicate "ensure unique name" implementations.

7709: Do not set job_readable when it won't be used.

7709: Leave container_request alone when applying default keep_cache_ram value.

7709: Fix tests (count existing links before adding new ones).

11209: Restore missing import.

refs #11209

11332-fix-crunchscript: Set ACCEPTLIST_RE because crunch_script alternate entry
point doesn't go through main.

11355: Arvados gems accept json 2.x.

refs #11355

Merge branch '11235-log-retryable'

refs #11235

11235: Log a message when a job is interrupted by node failure.

...and say what's going to happen as a result, even if that is not
"giving up" yet.

closes #3821
Merge branch '3821-collection-file-manage'

Fix invalid records in API collections test fixture and improve error message
to include both values.  Incidentally revealed by adding PDH index to
collections table.  refs #11361

3821: improve the tooltip on rename file option.

Fix packaging for python-arvados-cwl-runner refs #11333

Merge branch '11361-pdh-index'

refs #11361

11361: Add pdh index to collections table.

Merge branch '11209-unmount-replace'

refs #11209

Merge branch '11333-cwl-phone-home' closes #11333

3821: update test assertion that randomly fails; in fact, I don't see how it ever worked with that syntax.

11333: Add explicit version pin on 'typing'

11332: Suppress phone-home behavior in check_exists by recognizing
http://arvados.org/cwl and returning True.

Merge branch '11332-cwl-filenames' closes #11332

Merge branch 'master' into 3821-collection-file-manage

3821: collection viewed from another object

3821: The "Remove selected files" option should only be presented if the user can update the collection.

11332: Override relaxed path checks to be even more relaxed, and bump cwltool &
schema salad pin for hashes-in-filenames fix.

3821: attr_accessor not needed on collection "filename"

3821: add an integration test to rename a file in a collection

11209: Test using ./bin/arv-mount from source dir.

3821: integration test to remove files from a collection

11209: Replace "--unmount /path/..." with "--unmount-all /path".

11209: Fix daemon mode.

DaemonContext cannot happen after listen_for_events().

3821: collection controller tests for remove and rename files.

Update cwl test_submit refs #10401

Merge branch '10401-run-upload-dir' refs #10401

10401: Support in arv-run for uploading Directories.

Pin ws4py <0.4 (our websocket tests fail on 0.4.1)

No issue #

3821: Rename collection file path

11209: Remove unused imports.

11209: Add tests for --unmount and --replace flags.

11209: Fix missing import. Use context handler for standalone mode.

Remove debug printf.

No issue #

Remove -i flag from Rails3 pg_dump invocation.

No issue #

3821: remove selection file in collection file row