21388: Update arvados-server-easy supported distros list

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21388: Fill out arv-user-activity README

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21388: Fill out crunchstat-summary README

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21388: Fill out sdk/cwl/README.rst

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21388: Add rpm instructions to Python READMEs

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21388: Update deb instructions in Python READMEs

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21388: Copyedit FUSE build dependencies

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21020: Remove configuration path from Python READMEs

Let the linked documentation explain all the different options.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21700: Add upgrade note that RVM is no longer supported

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21388: Add upgrade note about dropped distributions

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21388: Modernize RPM install instructions

* Prefer `dnf` over `yum`
* Remove old, unused SCL instructions
* Update a stray package name from that time

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21388: Modernize Debian install instructions

* Prefer `apt` over `apt-get`
* Prefer deb822-style sources format over one-line
* Use /etc/apt/keyrings instead of `apt-key`
* Link to NVIDIA's Container Toolkit install instructions

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21388: Improve diagnostics markup

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21388: Update list of supported distros in web documentation

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21388: Remove packaging commitment

First of all, it's out-of-date. Our current *aim* is to support the
current and previous stable release of Debian; the current and previous
LTS release of Ubuntu; and current RHEL. In addition to that, the
vagaries of release cadence and supporting newer distros means we're not
always up-to-date with that target.

Just remove this sentence. It doesn't add anything compared to the table
above, which is authoritative.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

Merge branch '21834-stdout-timestamps'

fixes #21834

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

Merge branch '21020-pysdk-env-paths'

Refs #21020.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

Fix arvbox since location of start.js changed, refs #21704

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

Merge branch '21224-project-details'

closes #21224

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21224: merged main to pass int tests

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21224: adjusted right margin on toolbar

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21020: Update arv-mount service definition

Now that the Python SDK supports configuration from systemd's
environment variables, we can use higher-level directives for
customization where needed.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21020: Note configuration differences when $XDG_CONFIG_HOME is set

Customizing $XDG_CONFIG_HOME is expected to be uncommon. Users who do it
are expected to know what they're doing. Therefore we do not provide
complete instructions for how to adapt, we just note it and expect them
to be able to follow high-level instruction.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21020: Expand Python SDK configuration documentation

Update to describe the recent addition of searching systemd and XDG
directories.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21020: Streamline settings.conf reference instructions

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21020: Expound documentation for setting up arv-copy

Explain the process in more detail. Update it for Workbench 2.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21020: Copyedit arv-copy documentation

For more consistent typography and capitalization.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

Merge branch '21660-inode-test-race'

fixes #21660

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21020: Warn user if a file can't be found under a custom $XDG_*_HOME

This is primarily meant to be a transitional aid on the off-chance that
someone had a program working under the 2.7 SDK with, e.g.,
~/.config/arvados/settings.conf but a custom $XDG_CONFIG_HOME.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

Merge branch '21704-eject-cra'

closes #21704

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21020: Remove arvados.commands._util.make_home_conf_dir

Obsoleted by, and unused after, arvados.util._BaseDirectories.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21224: fixed render cutoff in expanded chip section

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21224: added test for single vs multi line descriptions

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21224: fixed single-line toggle height

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21224: fixed chip toggle spec

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21224: replaced description width with margin-right

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21704: clarified comments

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21704: added more comments

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21704: fixed condensed/reverted test changes

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21704: fixed bannner test

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

Merge branch '21705-go121'

refs #21705

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

Merge branch '21840-jenkins-builds-wheels'

Refs #21840.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21840: Fix glob to find wheels

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21840: Add wheels to the Jenkins Python package build

We were previously doing this in run_upload_packages. Now that that tool
is doing pure uploads with twine, we need to build the wheels in Jenkins
instead.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21705: Downgrade to Go 1.21 to avoid glibc compatibility issue.

See
* https://github.com/sylabs/singularity/releases/tag/v4.1.3
* https://github.com/sylabs/singularity/issues/2677
* https://github.com/golang/go/issues/65625
* https://dev.arvados.org/issues/21705#note-13

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

Merge branch '21705-go-deps'

refs #21705

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21705: Spell out entire config key for IAMRole.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

Fix test for debian 12.

A debian 11 container cannot run a binary built on a debian 12 host.
But a debian 12 container can run binaries built on either release.

No issue #

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21020: Update web documentation for CLI tools

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21020: Refine arv-copy --src and --dst help

Try to be more explicit about possible values and defaults.
Use Markdown-inspired backticks for literal quotes.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21020: Remove the make_block_cache test utility function

Clearing the user's cache is pretty rude for the tests to do, even if
it's "safe."

This causes the CollectionWriter tests around replication to
fail. They're not worth fixing since there's already a branch for #15397
to remove them wholesale.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21020: Sort imports to follow PEP 8

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21020: Update arv-put to use cache directories from environment

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21020: Generalize arv-put's arvados.util import

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21020: Add subdirectory argument to storage_path

A lot of users want this anyway so this is an easy way to DRY things
up.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21020: Get default Keep cache directory from environment

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21020: Sort imports to follow PEP 8

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21020: Adjust spacing to follow PEP 8

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21020: Make arv-keepdocker use a cache from the environment

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21020: Make arvados.api.http_cache get a path from the environment

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21020: Make arv-copy search from environment

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21020: Make arvados.config search from environment

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21020: Introduce BaseDirectory classes to arvados.util

This is common functionality that will be used throughout the Python
tools to support base directory searching.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21705: Remove IAMRole config and update docs.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21705: Use context.Background() for aws sdk calls.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21705: Fixup error wrapping and logging.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

Merge branch '21640-max-nofile'

fixes #21640

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

Merge branch '12917-group-contents-include-container'

closes #12917

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21704: fixed auth-action test

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21660: Fix test race.

The test case needs to wait for the _inode_remove_queue tasks to be
completed, but _inode_remove method was calling task_done() too early
in the case of tasks that are deferred until evict_candidates.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21704: fixed auth-reducer test

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21834: Restore timestamps in stdout.txt, stderr.txt.

Removed inadvertently in 5dfd9a57f9d65ea91295e8502cf7f6e748fc4010.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

Merge branch '21705-go-deps'

refs #21705

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21704: Transform mime & tippy.js modules so that jest is happy.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

21704: removed excess config files accidentally added to previous commit

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21704: new branch

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

Arvbox want openssh-server, no issue #

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

21640: Stop accidentally reducing NOFILE limit.

LimitNOFILE=65536 used to increase softlimit from 1024 to 65536.  But
Go >= 1.19 automatically raises softlimit to hardlimit, so now
LimitNOFILE=65536 only serves to reduce hardlimit from 524288 to
65536, which we don't want.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

12917: Update documentation for "include" parameter.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

12917: Support include=container_uuid at groups#contents endpoint.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

Merge branch '21718-memoryview-decode' refs #21718

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

Merge branch '21718-memoryview-readfrom-v2'  refs #21718

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

Merge branch '21712-favorites-overwrite-bug'

closes #21712

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21720: updated modulePaths

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21718: Review comments

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

21718: Add "return_memoryview" flag to read() and readfrom()

If return_memoryview is true, always return memoryview.  This makes
for more consistent read() and readfrom() behavior.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

21718: Update cwltool dependency

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

21718: Remove unused import

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

21718: Replace .decode method with str(bytes, "utf-8")

This is because some bytes-like objects (such as memoryview) don't
have a "decode()" method. It appears that the preferred way to get a
decoded string is to simply call the constructor with the bytes-like
object and the desired encoding.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

21720: changed runTimersToTime to advanceTimersByTime

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21720: upgraded mime to 4.0.3

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21720: added type assertions for AxiosInstance get

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21720: added missing user properties in auth-reducer.test

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21720: added type assertions for AxiosInstance post

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21720: added canwrite & canmanage to user.test

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21720: ejected, add path fallback in webpackConfig, added mockwindow in redirect.test

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21720: added react-scripts@5.0.0

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21712: added category param in link verification function

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21224: removed stray .only

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21224: fixed project card test

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>