22605: added timeout to create-workflow test to account for dom update

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

22605 tests pass, picker displays appropriate project on open

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

22321: Repack collections after upload.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

22605: name now updates on root project load

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

22395: Change toggleCollectionTrashed to batch action instead of sequential

This is essentially a copy+paste of the process trash action

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Stephen Smith <stephen@curii.com>

Merge branch '22700-installer-arvados-formula'

closes #22700

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

20650: Defer importing boto3 unless/until we need it

No reason to load the boto3 module if we're not using it.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

22700: Handle arvados-formula the same way as others.

We pin the arvados-formula version using the ARVADOS_TAG envvar, and the
provision script checks out that version on every run.
Previous behavior was kind of similar, but this way is more explicit and
less error-prone.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

20650: Log the configured region

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

20650: Make pass the AWS region as well

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

22605: Refactored wf owner selection for simplicity

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

20650: Document download from S3 feature

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

20650: Add test for deferred s3 import and credential capture

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

20650: Improve test and move boto3 dep to python sdk

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

Update self-referential version references to 3.1.0, refs #22510

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

20650: Test WIP

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

22605: fixed home projects selection in test

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

22666: Test (*keepstore)Blockread() with CheckCacheOnly: true.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20650: Add option to control AWS credential capture behavior

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

20650: Log the access key id used

This is the non-secret portion of the credentials so it is safe to
include in the log.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

20650: Pass AWS credentials if needed

If there are s3:// URLs, and --defer-download is used, then pass the
environment's AWS credentials as a secret mount.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

20650: Need to recognize s3: URLs in a few places

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

20650: Add boto3 dependency

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

20650: Initial try saving downloading from s3 in a-c-r

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

20650: boto session is passed in to s3_to_keep

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

20650: Add a Downloader abstract base instead of duck typing

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

Merge branch '22693-docker-28'

Closes #22693.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

22693: Update Docker pin to version 28

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

22605: finished first of 2 new tests on wf project picker

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

22605: fixed collection details display in picker

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

22605: started writing tests

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

Merge branch '22652-axios-upgrade' into main. Closes #22652

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Stephen Smith <stephen@curii.com>

20650: Tinkering with AWS credentials

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

20650: Implemented s3_to_keep

Added support importing from s3 to arv-copy

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

20650: Initial refactor spitting up http_to_keep to share code

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

Build Java SDK with jdk11, refs #22084

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

22605: fixed eslint linting cy.js files

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

22652: Bump axios-mock-adapter to latest

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Stephen Smith <stephen@curii.com>

22652: Bump axios to latest to address CVE-2025-27152

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Stephen Smith <stephen@curii.com>

22652: First upgrade axios depended on by wait-on to address CVE-2025-27152

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Stephen Smith <stephen@curii.com>

22605: users now prohibited from running wfs in other users root projects

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

Merge branch '22689-bump-babel-dependencies' into main. Closes #22689

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Stephen Smith <stephen@curii.com>

22689: Bump @babel/runtime-corejs2 to address CVE-2025-27789

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Stephen Smith <stephen@curii.com>

22689: Bump @babel/helpers to address CVE-2025-27789

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Stephen Smith <stephen@curii.com>

22689: Bump @babel/runtime to address CVE-2025-27789

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Stephen Smith <stephen@curii.com>

22605: added separate state for intermediate selection

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21926: Add upgrade note about cuda→gpu API changes

Refs #21926.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

22605 added update function to treePicker componentDidUpdate

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

Merge branch '22621-upload-error-message' into main. Closes #22621

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Stephen Smith <stephen@curii.com>

22605: clean up state when input unmounts

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

22605: fixed accidental reset of default target wf run owner

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

22621: Change collection file upload error to be generic

Upload errors do not generate any reason in the exceptions so we are unable to
display specific error reasons.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Stephen Smith <stephen@curii.com>

22605: fixed wf owner overwrite when lacking perms

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

22605: fixed initial tree picker load

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

Merge branch '22320-cached-only'

Refs #22320. Closes #22344.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

Merge branch '22228-separate-expire-and-refresh'

fixes #22228

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

Merge branch '22655-keepclient-test'

closes #22655

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

22320: Add tests for CachedOnly.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

22320: Add CheckCacheOnly option to BlockReadOptions.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

Merge branch '22320-repack-small-blocks'

refs #22320

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

22655: Fix Python 3 usage -- raise exceptions, not strings.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

22655: Fix func signature to force kwargs, remove unused arg.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

Merge branch '22602-arv-copy' refs #22602

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

22320: Check final blocksInManifest.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

22320: Run slow tests and write chart data only if env var is set.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

22602: DRY search() to use search_paths() and add test

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

22320: Fix comment typo.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

22228: Update comments.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

22228: Test that remote expires_at is preserved in local cache.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

Merge branch '22660-acr-cred-leak' refs #22660

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

22228: Update tests to use refreshes_at to induce cache refresh.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

22228: Add refreshes_at field, preserve upstream expires_at.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

22660: Simpler sanitize implementation from brett

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

22605: picker now expands Home Projects

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

22602: Further improve error reporting for getting cluster creds

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

22602: Fix test

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

22602: Improve error handling when instance info is wrong

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

22660: Sanitize the git remote URL

Remove the username/password section of the netloc part of the URL, if
present.  This was reported by a user that it was leaking github
tokens, as one way of providing a github token is write it as

https://x-access-token:blahblahblah@github.com/foo/bar.git

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

22605: default project now highlights and expands in the picker, except for user root projects

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

22605: fixed isValid after cancel button click

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

22655: Propagate errors running run_test_servers.py from Go suites.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

22655: Don't keep waiting for a subprocess to listen after it exits.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

22655: In test environment, retry in-use addr for 5 minutes.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

22605: fixed edge case where user does not have write perm in wf original owener

* The target owner already switches to the user's root project if the user does not have write access, this change just ensures the parent redux-form aligns with that change

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

Bump rack from 3.1.10 to 3.1.12 in /services/api

refs #22657

Bumps [rack](https://github.com/rack/rack) from 3.1.10 to 3.1.12.
- [Release notes](https://github.com/rack/rack/releases)
- [Changelog](https://github.com/rack/rack/blob/main/CHANGELOG.md)
- [Commits](https://github.com/rack/rack/compare/v3.1.10...v3.1.12)

---
updated-dependencies:
- dependency-name: rack
  dependency-type: indirect
...

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: dependabot[bot] <support@github.com>

22655: Try a bit harder to detect port conflicts.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

22655: Avoid needlessly changing global state in test suites.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

Merge branch '17209-http-forward'

closes #17209

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

17209: Remove unused commented-out code.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

Merge branch '22644-arvados-server-install-singularity'

Refs #22644.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

22602: arv-copy checks config file first then falls back on default creds

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

22605: fixed favorites test

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

22605: fixed create-workflow test

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

Merge branch '22647-postinst-ignores-gem-install-errors'

Closes #22647, #22648.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

22647: Wordsmith comment and status message

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

22320: Export Repack() method.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

22320: Remove unimplemented Underutilized option.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

22320: Add test cases for 32MiB and 32MiB-1 sized blocks.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

22320: Fix maxBlockSize restored to wrong value after tests.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

22647: Ignore `gem install` errors in RailsAPI postinst

See comments for rationale.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>