Fix indentation. Remove errant unclosed <p> tag. refs #5493

If provided, use TMPDIR instead of /tmp. No issue #

Fix loop label that became disconnected in bae652c, causing crash on "next THISROUND". refs #5642

Merge branch '5414-keep-service-hints' refs #5414

refs #5493
Merge branch '5493-getting-started-modal'

5493: popup size

5493: popup size and a typo

5493: make popup size fixed

5493: public pipeline wiki page link added in page 3

5414: Merge branch 'master' into 5414-keep-service-hints

1 2 3 ul>ol 3rd page

5493: that did not sit well

5493: remove confusing btn class on explanation button spans to not show hand mouse cursor

Merge branch 'master' into 5493-getting-started-modal

typo

dashed line

format pg 3, 4

minor format changes

formatted first 2 pages

5414: Rename zz_preload* to preload*; alphabetical names are not needed any more.

5414: Rename zz_load* to load*; alphabetical names are not needed any more.

5414: Control initializer load order using require_relative instead of alphabetical filenames.

5414: Add test case for unrecognized/future hints.

5614: Update Workbench Gemfile for new Ruby SDK.

Refs #5614.

5414: Fix up formatting.

Merge branch '5614-workbench-optimize-combine-collections-wip'

Refs #5614, #4943.  Closes #5686.

5614: Improve Workbench combine collections performance.

* Get links with API list calls, instead of fetching each one
  individually.

* Get a list mapping portable data hashes to UUIDs, and add a single
  UUID per portable data hash to the fetch list.  This helps us avoid
  downloading multiple copies the same manifest text, and is probably
  the single-biggest win in this entire commit for most use cases.

* Use the Ruby SDK to build the new collection.  This lets us avoid
  spawning new arv-normalize processes, and piping large manifests to
  them.  It also lets us build the entire collection and normalize
  only when we're done.

* Use Oj instead of JSON.

5614: Workbench renders error flash separately from others.

5614: Use assert_includes more in Workbench tests for better diagnostics.

5614: Ruby SDK cp_r method creates streams as needed.

5614: Add Collection#each_file to Ruby SDK.

5614: Add Collection#exist? to Ruby SDK.

Merge branch '5692-pysdk-manifest-text-flush' closes #5692

5692: Don't call _get_manifest_text from test if we don't need to.

dropped a header

text content done; formatting needed

refs #5365
Merge branch '5365-not-link-unreadables'

5365: when the attrvalue is not a uuid, link_to_if_arvados_object

5692: Move implementation to internal _get_manifest_text().  Fix typos.

5692: Add flush flag to manifest_text() which calls commit_all().  Added
portable_manifest_text() which returns the stripped, normalized manifest text
free of side effects.  Fixed tests.

closes #5365
Merge branch '5365-not-link-unreadables'

5365: add back data-toggle along with link disabled for Log tab.

5365: missed one updated signature update

5365: updated signature for link_to_arvados_object_if_readable

5692: Backed out commit_all() from Collection.manifest_text().
Collection.save() and Collection.save_new() now return unstripped manifest
text.

5692: Collection.manifest_text(strip=False) will flush open files and wait for
all blocks to be committed in order to return a manifest text with valid
authorization tokens.  Fix tests affected by the change.

Merge branch '5493-getting-started-modal' of git.curoverse.com:arvados into 5493-getting-started-modal

Conflicts:
apps/workbench/app/views/getting_started/_getting_started_popup.html.erb

fix merge conflicts

first page prototype

5365: do not link to docker_image_locator if not readable; also preload these.

Merge branch 'master' into 5365-not-link-unreadables

5365: add controller tests for preload_for_pdhs and collection_for_pdh methods

5365: preload editable component inputs

5365: add @distinct handling to workbench select queries and use this to preload portable_data_hashes as well.

Merge branch '5416-git-config' refs #5416

5416: Improve logging.

5416: Do not blow up tests when git global config is uninitialized.

5414: Do not blow up if local config file is empty.

5414: Use reflect.DeepEqual instead of comparing serialized maps.

5414: Add TestGetWithLocalServiceHint.

5414: Clean up Locator / MakeLocator() API.

5414: Add client support for Keep service hints.

Also, some incidental improvements in nearby code:

* Consistent logging in keepproxy, with one reusable logging statement
  instead of a different statement/format for each outcome.

* In sdk/go/keepclient, remove public AuthorizedGet and AuthorizedAsk
  methods. Instead, Get() and Ask() accept a locator (with or without
  a permission token) and do the right thing. Callers don't have to
  parse locators to decide which method to call.

* In sdk/go/keepclient, use an RWMutex instead of atomic.LoadPointer()
  and unsafe.Pointer() to update KeepClient root maps safely.

* In sdk/go/keepclient, DiscoverKeepServers() doesn't return the new
  root maps, just an error. In normal usage, the caller only cares
  whether discovery was successful.

Also, some Go style fixes in nearby code:

* Use pointer receivers for all KeepClient methods.
  https://golang.org/doc/faq#methods_on_values_or_pointers

* Use receiver name "kc", not "this".
  https://github.com/golang/go/wiki/CodeReviewComments#receiver-names

* Handle errors first, use minimal indentation for normal code path.
  https://github.com/golang/go/wiki/CodeReviewComments#indent-error-flow

Merge branch 'master' into 5493-getting-started-modal

5365: Additional test verifications for Log tab display.

Merge branch '5642-crunch-job-swap-limits-wip'

Closes #5642, #5664.

5642: crunch-job uses higher memory limit when running few tasks.

This gives a task all of the node's RAM when it's the only task
running this round, which is more in line with user expectations.

5642: Explicitly make all swap available under Docker in crunch-job.

Without this, Docker 1.2 through 1.5 send subprocesses SIGKILL if they
exceed the memory limit.  Refer to #5642 for an example.

--memory-swap is pretty new (newer than 1.3.3), so we don't want to
require it.  At the same time, we don't want to impose any memory
limits if we can't use it, because killing subprocesses that exceed a
--memory limit is too strict.  This commit arranges to use both
--memory and --memory-swap only if the latter is available.

5365: trailing white space

Merge branch 'master' into 5365-not-link-unreadables

5365: preload output collection uuids and jobs to help improve performance when loading large pipelines.

Include arvados/collection in the Ruby SDK gem.

No issue #.

5365: preload jobs during pipeline display to improve performance.

Merge branch 'master' into 5365-not-link-unreadables

5365: refactor link to object if readable logic

Merge branch '5653-arv-copy-multiple-branches-wip'

Closes #5653, #5673.

5653: arv-copy copies multiple commits from the same repository+pipeline.

arv-copy previously used the repository name alone to determine which
job scripts it had already copied to the destination.  If a pipeline
used unrelated commits from the same repository, it would skip copying
over all but the first.  Track script versions throughout the copy
process and make sure all of them are copied to the destination
repository.

Merge branch '5352-crunch-dispatch-salloc-tempfail-wip'

Closes #5352, #5670.

5352: crunch-dispatch treats node allocation failure as temporary.

Imagine a scenario where multiple crunch-dispatch processes are
sitting idle, then suddenly a new job appears in the queue.  They will
all race to dispatch the job.  When this happens, we frequently see
that salloc fails for most of them, because they all requested the
same node(s) and only the winner will get them.  crunch-dispatch has
no way to know the exit code "came from" salloc and not crunch-job,
and so marks the job failed.

This patch sets the SLURM_EXIT_IMMEDIATE environment variable to make
salloc use exit code 75 when the allocation fails.  crunch-dispatch
already recognizes this exit code as a temporary failure, and will
leave the Arvados job record unchanged.  Refer to salloc(1) and the
long comment in Dispatch#reap_children.

Merge branch 'master' into 5365-not-link-unreadables

Conflicts:
apps/workbench/test/integration/anonymous_access_test.rb

5365: job link in pipeline instance page

closes #5565
Merge branch '5565-breadcrumbs-in-anonyymous-view'

5565: show parent project hierarchy in breadcrumbs in anonymous view; not just current objects's parent.

Merge branch 'master' into 5565-breadcrumbs-in-anonyymous-view

closes #5492
Merge branch '5492-home-project-in-my-account'

Merge branch 'master' into 5492-home-project-in-my-account

Merge branch 'master' into 5565-breadcrumbs-in-anonyymous-view

5565: show trimmed down version of breadcrumbs in anonymous view.

Tighten up DNS check in arvdock.

I got arvdock stuck in an infinite loop because I had the right
nameserver line in /etc/resolv.conf, except it was commented out, so
arvdock kept checking for a name that it would never find.  Use awk to
find and check the first functional nameserver line instead.

No issue #.

5492: add "Home project" link to my account menu.

Merge branch 'master' into 5365-not-link-unreadables

5365: white space

Add missing global declaration in arv-copy.

No issue #.

5365: couple more integration tests to access Log tab from within the Job page.

5365: additional test assertions for pipeline log tab display

Merge branch 'master' into 5365-not-link-unreadables

Fix debug log formatting in PySDK.

When multiple arguments are passed to a logger method, the first
argument is expected to be a printf-style format string, with the
remaining arguments expected to fill in the formatters.

No issue #.

5518: PySDK arvados.util must import arvados.

Closes #5518.

5365: add integration test to verify Log tab and other unreadable properties are disabled in anonymous view.

5493: minor refactoring

Merge branch 'master' into 5365-not-link-unreadables