Merge branch '8497-datamanager-batchsize-1000' of https://github.com/wtsi-hgi/arvados into wtsi-hgi-8497-datamanager-batchsize-1000

makes -collection-batch-size an option as requested by @rchippada

Merge branch '8620-better-README' closes #8620

Merge branch '8488-cwl-crunchrunner-collection' closes #8488

8620: Add note about arvbox publicdemo mode and link to Hacking page.

8620: Remove unnecessary "Arvados" header.

8620: Link to Hacking Arvados page under Development.

8620: Crunch is a cluster and HPC workflow engine.

8620: Add link to cloud.curoverse.com, and mention using arvbox for development
testing.

8620: Better onramp in README.md so people visiting Github page for Arvados get
a sense of what it's about and can try out arvbox.

Add git clone to arvbox quickstart doc.  refs #8230

8488: Fix reverse mapping for references to input files from keep.

Merge branch '7263-batch-task-lookup' closes #7263

7263: Let arvados library do the json encoding.

7263: Check new tasks after a task completes, even if others failed in the same reapchildren().

7263: Updates reapchildren to perform API query for new tasks in batches

Conflicts:
sdk/cli/bin/crunch-job

closes #7399
Merge branch '7399-log-throttling'

7399: do not handle crunchstat stderr partial line segments in this story.

7399: use regexp to look for partial line segments.

Merge branch '8099-babysit-all-srun' closes #8099

Merge branch 'master' into 8099-babysit-all-srun

Conflicts:
sdk/cli/bin/crunch-job

8099: Remove duplicated line

Merge branch '8343-cgroup-root' closes #8343

8343: Allow overriding -cgroup-root=/sys/fs/cgroup via crunch-dispatch run script.

8488: Match line beginnings

Merge branch '8231-publish-arvbox' closes #8231

8231: Convert arvbox documentation to textile.  Update root Arvados README to
mention Arvbox.

8231: Fix nginx logging issue

8488: Set docker_outdir to get correct outdir in command line.  Bump cwltool
dependency to get better workflow iteration.

8488: Determine actual output dir from reading logs.  Need to set
$(runtime.outdir) correctly for arvados-cwl-runner.

8373: Expand crunch-job regexp to detect more Keep temporary failures.

Closes #8373.

8231: Move arvbox README into install guide.

Merge branch '8015-crunch2-mount' closes #8015

Add 'tools/arvbox/' from commit 'd3d368758db1f4a9fa5b89f77b5ee61d68ef5b72'

git-subtree-dir: tools/arvbox
git-subtree-mainline: d77bf0c67422a259afacc17660698729328a1ed3
git-subtree-split: d3d368758db1f4a9fa5b89f77b5ee61d68ef5b72

8015: Fix typos in error reporting.  Fix tests.

Merge branch '6605-arv-copy-http' closes #6605

7399: added test for partial line segment throttling.

6605: Add --allow-git-http-src and --allow-git-http-dst instead of looking at ARVADOS_API_HOST_INSECURE.

8099: 7263: Merge branch 'hgi/7263-even-better-busy-behavior' of github.com:wtsi-hgi/arvados into 8099-babysit-all-srun

Conflicts:
sdk/cli/bin/crunch-job

Workaround for https://bugs.python.org/issue7980. No issue #

Docs: Fix typo in run-command foreach example.

Reported in IRC.  No issue #.

Merge branch '8437-nodemanager-on-failure' closes #8437

8437: Test all exceptions that should be caught.

Merge branch '8416-node-manager-find-node' closes #8416

8416: Don't catch exception from search_for, potentially hides exceptions we
wanted to see and the original intended behavior of re-raising the original
exception doesn't work anyway, because sys.exc_info is overwritten when the 2nd
exception is caught.

8488: Use OrderedJsonModel so that pipeline components show up in the order they were queued.

8488: Update cwltool pin

8437: Add missing test.

8488: Fix output collection to accomodate reverse mapping fixes in cwltool.
Catch errors and mark pipeline as terminated.

Tweak slurm configuration to run as non-root user.

Fix arvados-login-sync for vm account creation

Generalize arvbox 'svrestart' to 'sv' no issue #

8437: Add FullStopActor which uses os.killpg() to terminate node manager on_failure.  Added test.

closes #5694
Merge branch '5694-running-job-log'

5694: remove the extra white space in log tab display.

8416: Remove find_node and use existing search_for feature.

Merge branch 'master' into 5694-running-job-log

7399: throttle partial segments of long lines to once every "n" seconds

6605: Use git -c instead of "git config" to set credentials.  Refuse to use
insecure http unless ARVADOS_API_HOST_INSECURE is also true.

8488: Update default arvados branch to master

8488: crunchrunner brings certificates with it to ensure that it can
communicate with API server from inside the container.

8488: Set certificate path.

5694: display 2000 historic log lines in running job's Log tab.

8099: When invoking setup tasks via srun, check slurm queue and propagate stderr to logs.

Merge branch '8484-sanity-check-collection-count' closes #8484

8484: Fix fixtures with modified_at=NULL

adds missing var collections SdkCollectionList

raises datamanager BatchSize from 50 to 1000

Merge branch '8485-datamanager-identical-modifiedat' of https://github.com/wtsi-hgi/arvados closes #8485

package building is failing because of bad version pinning

see https://ci.curoverse.com/job/build-packages/1733

no issue #

8488: Use crunchrunner binary instead of git repo

Pin google-api-python-client and oauth2client versions to deal with
incompatability between google api client and oauth2 client 2.0.  no issue #

Modifies sanity check to query for the total expected number of collections

Makes changes suggested by tomclegg in review of PR #39

Run slurmctld and slurmd inside arvbox. refs #6518

closes #8441
Merge branch '8441-project-chooser'

Merge branch 'master' into 8441-project-chooser

Merge branch '8400-additional-gitignore' of https://github.com/wtsi-hgi/arvados closes #8400

6605: Check to see if each git URL works by using git ls-remote.
Preferentially use https.  Set GIT_ASKPASS=/bin/false to suppress asking for
credentials.

8441: Update project chooser modal to display favorites and top-level-my-projects and remove the now unused build_project_trees and shared_project_tree code.

Changes GetCollection loop to more reliably fetch all collections

Modifies the loop termination condition in GetCollection so that
it continues until there are no more items available according to
the API server (returned in collections.ItemsAvailable).

Modifies the query code so that it uses an offset to page through
results in case an entire batch has equal modified_at timestamps.

Merge branch '8319-bcbio-cwl' closes #8319

Adds sanity check on number of collections retrieved

Changes GetCollections() to return an error if the number
of collections retrieved is less than the initial number
of collections.

8319: Add log message about uploading docker image

closes #8286
Merge branch '8286-fav-projects'

8286: bigger star icon with stronger color contrast.

8319: Add environment variable to disable websockets.

8015: Fix tests again for endianness of Docker logs, added --read-write to arv-mount command line.

8286: also include link to Home in favorites section of the Projects dropdown, so that the user does not have to scroll through all of his favorites to seek in MyProjects section.

8015: Don't use Docker logging driver.  Attach stdout/stderr before starting container.

Move services to /var/lib/arvbox/services because they include logs and logs
don't go in /usr. no issue #

Merge branch 'master' into 8286-fav-projects

closes #8079
Merge branch '8079-api-client-auth-uuid'

Merge branch 'master' into 8079-api-client-auth-uuid

8286: check if project is starred only when current_user is not null (anonymous user case).

8286: to facilitate in-place star icon refresh without the whole page refresh, it became necessary
to refresh the Projects menu after star/unstar action. Hence, moved the breadcrumbs code from
body.html into a partial.

8015: check error when deleting temporary directory.

Explicitly install Docker 1.9.1 instead of using get.dockerproject.org (which gets the latest). no issue #

Add crunch-dispatch-local to arvbox.  no issue #

8286: convert star method into action controller action and refresh the star icon in place rather than a full page refresh.