6592: List runtime dependencies for Perl SDK.

6592: Add crunch-job integration tests.

6592: Exit RETRY_UNLOCKED if clean-work-dirs phase fails.

Also use "bash -o pipefail" so cleanup fails if mount or awk fails.

6592: Do not overload $Job temporarily.

Fixes failure during croak/cleanup, which assumes Job is either undef
or a real Job.

6592: 4534: Re-enable integration tests, now that run-tests.sh brings up an API server.

Hotfix for test, transform "/dev/stdin" to "-" in arv-put refs #6681

Hotfix, inode cache find() returns list instead of single item now. refs #6643

Merge branch '6681-arv-put-pipe' closes #6681

Merge branch '6643-fuse-del-crash' closes #6643

Fix duplicated id in SSO install documentation.

No issue #.

6691: Add reference to Ubuntu trusty in Ruby install instructions.

I confirmed that these packages are all installable on Ubuntu 14.04.
Refs #6691.

6691: Add Ubuntu trusty packages to our install guide.

Closes #6691, #6694.

6778: Remove git install from PostgreSQL install instructions.

Closes #6778.

Merge branch '6451-websockets-invalid-input' closes #6451

Merge branch '5990-arv-run-default-runtime' closes #5990

Merge branch '6593-arv-get-stdout' closes #6593

6593: Typo fix in KeyboardInterrupt handling.

5990: Update arv-run subcommand cli doc.

6451: Refactor tests slightly to call subscribe_test() in two places.

6451: Validate that 500 error is returned to client.  Tweak code comments.

6593: Change docstring references from /dev/stdout to just "stdout".  Fix logic
to clean up open files on KeyboardInterrupt.

Merge branch '6706-fuse-forget-crash' closes #6706

6706: Add docstrings to close()

6643: Support associating uuid with multiple inodes to fix double-remove bug.

6643: Add test case that reproduces the bug

Merge branch '6705-fix-websockets-replay' closes #6705

6706: Add comments about what is going on with EventClient.close()

6706: Bonus websockets bugfix, close connection immediately instead of waiting
for server shutdown response that might never come, then block until websocket
thread is in terminate state.

6706: Fixup websocket tests of PollClient

closes #6687
Merge branch '6687-install-guide-flow'

6706: Clear inode/inode cache dicts on destroy() instead of setting inodes to None.

6593: Use sys.stdout as special case instead of trying treat /dev/stdout as a regular file.

6687: revisit build tools text and other minor updates

6687: merge back nginx docs back into api server and workbench pages and remove the includes since they are not being shared.

Merge branch 'master' into 6687-install-guide-flow

refs #6279
Increased timeout to 2000ms; with the previous 1000ms value, the login to shell account was failing
sometimes as the token is being sent too early. With this value, it seems to work consistently.

6687: install guide updates aimed at reducing jumping around during the process

6681: When input file is "-", get data directly from sys.stdin and use
CollectionWriter.write() instead of opening /dev/stdin and trying to write like
a normal file.

5990: If --docker-image not specified, don't provide
runtime_contraints.docker_image, use default server configuration.  Update
documentation.

6451: Don't crash on ArgumentError.  Add test to verify that it doesn't crash.

6705: Use EventMachine::next_tick (which always pushes task into work queue)
instead of EventMachine::schedule (which calls recursively).  Also lower limit
of number of rows to fetch at a time.

6705: PollClient checks if there are more items and sends another query
immediately instead of waiting.  Better error reporting from events.py on
failure to connect to websockets.

6750: API install guide doesn't tell users to copy omniauth.rb.example.

This completes the work started in
2ecf7efbab5ceb082739dcffd98c18bb4b14447e.  omniauth.rb.example doesn't
exist anymore, so users can't copy it.  The application.yml
configuration method is preferred.  Closes #6750.

Add standard Python .gitignore for CWL SDK.

No issue #.

Merge branch '6264-cwl-runner' closes #6264

closes #6473
Merge branch '6473-fetch-events-starting-at'

6473: update message for start_time input argument.

Merge branch 'master' into 6473-fetch-events-starting-at

refs #6465
Merge branch '6465-optimize-workbench-integration-tests'

6465: Noticed a slight dip in code coverage in two areas and added tests to cover those situations. Details:
1. Removal of integration "Test dashboard button all {jobs}" resulted in no test at all to visit /jobs page.
Added a controller test for this.
2. Not visiting the hash match page when only one collection matches (the controller test just verified the redirection),
resulted in the unforeseen side effect of not testing preview allowed status for a file name extention that is not listed
in application_mimetypes_with_view_icon (tar file in this case). Added this to test.

Merge branch '6438-multiplatform-install-guide-TC' refs #6499

refs #6465
Merge branch '6465-optimize-workbench-integration-tests'

6465: Changed "test dashboard button all #{target}" to use assert_includes
instead of css_select. css_select is throwing a wierd message.

6473: last_log_id null error

6264: Typo fix.

6264: Code cleanup: rename "i" in _match() to "filename" and "t" and "r" in
arvExecutor to "tool" and "runnable".

Merge branch 'master' into 6473-fetch-events-starting-at

6473: fix issue with last_log_id argument.

refs #6465
Merge branch '6465-optimize-workbench-integration-tests'

closes #6652
Merge branch '6652-test-system-menu'

Merge branch 'master' into 6652-test-system-menu

Conflicts:
apps/workbench/test/integration/application_layout_test.rb

Merge branch 'master' into 6473-fetch-events-starting-at

6465: Removed two tests from projects test and added two to projects
controller test.

6264: Use mutually exclusive group for enable/disable-reuse.

6438: Make puma run script relocatable, set ARVADOS_WEBSOCKETS.

6438: Back out dependency on lsb_release command.

6438: Add missing steps to SSO installation.

6438: Use uuid_prefix (more) consistently.

6438: Merge debian and ubuntu sections. The same recipe works for both.

6438: Use urandom instead of md5(hostname) for UUID. Avoid using Ruby at this stage.

6438: Add missing "apt-get update". Give a command to add the package repo.

Replace version table with $(lsb_release -cs).

6438: Add specific commands for nginx16 and postgresql92 Software Collections.

6438: Add some missing steps to rvm recipe. Install rvm as root.

6438: Bring back package dependencies for "build Ruby from source" option.

These used to be documented earlier in the process, but were removed.

6438: Drop wget dependency. Update ./configure flags for Ruby 2.1.6.

closes #6587
Merge branch '6587-workbench-webshell-login-documentation'

Merge branch 'master' into 6587-workbench-webshell-login-documentation

6473: PollClient also supports last_log_id argument.

closes #6465
Merge branch '6465-optimize-workbench-integration-tests'

6465: Added back bundled with

Merge branch 'master' into 6465-optimize-workbench-integration-tests

6661: Install docs refer to arvados-git-httpd package and binary.

The code refers to itself as arv-git-httpd, but the package is named
arvados-git-httpd, and includes the binary under that name as well.
Update the installation documentation to match.

Arguably, we should change the package naming instead.  But that
decision was made longer ago and is more difficult to revert.  I'm
making the easy fix now, and we can consider package changes later if
we like.

Closes #6661.

6465: Added comments to explain test "find a project and edit description
with link to object".

Merge branch 'master' into 6473-fetch-events-starting-at

6658: Fix exception name errors in PySDK arvados.util.

Refs #6658.

6587: minor text updates

6652: Moved system menu test into application_layout_test.

Merge branch 'master' into 6587-workbench-webshell-login-documentation

refs #6619
Merge branch '6619-doc-update'

6619: git config update

Merge branch 'master' into 6619-doc-update

closes #6617
Merge branch '6617-doc-repo-https-url'

6617: minor text update

Merge branch 'master' into 6617-doc-repo-https-url

Merge branch 'master' into 6473-fetch-events-starting-at

6465-Made changes that were recommended.

6617: updated git config doc

Revert "6362: Allow config/application.yml to override environments/*.rb in apiserver, too."

In Rails 3 (actionpack 3.2.17), changing asset configuration to
production settings in load_config.rb breaks the rake
assets:precompile task, e.g., the docker build. This change is still
desired but needs to be backed out until the bugs are worked out.

This reverts commit c790738ae71771a5574b166b3e93a1bca9b89bf6.

refs #6362

Revert "Revert "6362: Change config precedence order.""

This reverts commit 61187968f0e9268430b967ce37a79d9384ec7e3c.

Wrong commit reverted.

refs #6362

6619: add git config to shell setup page.