Merge branch 'master' into 2187-enhance-user-setup

Raise error if both uuid and user.email are omitted in input parameters

Accept ...&filters=&... in query string as "none" instead of "unparseable JSON".

Raise ArgumentError when required openid_prefix is not passed.

Raise exceptions on errors such as 'All users' group does not exist and a vm for the vm_uuid param does not exist. Add additional functional tests and update previous tests accordingly.

Fix tabs in the test class

Make sure oid_login_perm exists when setup is executed for an existing user

Include all the newly created link objects in the response from the setup method. Update all functional tests to verify links found in teh response.

Repo name and VM are optional to the setup method

Render 404 if no user is found for the uuid provided

Expect openid_prefix from the clients instead of managing it on the api server.

API server: strip all arvados-specific settings from the .example
environment files. These are now all configured via
application(.defaults).yml

Fix link, this fixes bug 2403

Fix textile formatting.

Fix up README, convert to textile.

Fixed paging so that it won't fail if the necessary methods are missing on the results object.

Add negative functional tests where a non-admin user invokes create or setup actions

Typo.

One more print statement

Remove print statement

Pass openid_prefix to setup method only when -o option is used

Merge branch 'master' of git.curoverse.com:arvados

Strip all arvados-specific settings from the .example environment files.
These are now all configured via application(.defaults).yml

Fixed pipeline templates page that was broken by paging merge.

some more refactoring and attention to coding standards

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

Fixed syntax error typo.  We need tests for crunch-dispatcher.rb!

All functional tests passing with refactored code.

workbench: Add developer docs.

This adds a new README with information that's useful for people who
want to develop Workbench.  Right now it's just information about how
to run and write tests.  We can add to this as we go.

Some of this information was pulled from the installation guide.  I
also deleted Rails' stock README while I was at it.

Merge branch '1750-use-supported-discovery-doc'

refs #1750

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

# Please enter a commit message to explain why this merge is necessary,
# especially if it merges an updated upstream into a topic branch.
#
# Lines starting with '#' will be ignored, and an empty message aborts
# the commit.

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

# Please enter a commit message to explain why this merge is necessary,
# especially if it merges an updated upstream into a topic branch.
#
# Lines starting with '#' will be ignored, and an empty message aborts
# the commit.

Merge branch '2316-no-clear-tmp-flag'

closes #2316
refs #2372

Merge branch 'master' into 2316-no-clear-tmp-flag

Use the supported discovery document instead of the old schema#show shim.

workbench: Bundle integration env bugfix.

The previous version did not unpack arguments correctly.

When running with WEBrick, auto-generate a new self-signed SSL
certificate for each run, rather than hardcoding a path to a certificate
and key file.

workbench: Expound Bundle+integration interaction.

Unsurprisingly, I don't write my best code and comments when I'm
frantically trying to fix the build.

workbench: Make SERVER_PID_PATH a constant.

workbench: Tweak integration test environment.

RUBYLIB and RUBYOPT seem to be necessary on the build server.

workbench: Improve API server integration launch.

The previous version sometimes tried (and failed) to find the server
pid before rails wrote it.  This provides some limited retry, and
avoids spawning a subshell too.

workbench: Improve integration test environment.

Removing too much from the environment causes builds to fail in
Jenkins.  Instead of using a whitelist of environment variables, use a
blacklist of variables that Bundle modifies.

Fixes bug loading API tokens page.
Added test using our new workbench testing framework to make sure it doesn't happen again.

All tests passing

Merge branch '2288-integration-tests'

testing setup method implementation

Merge branch 'master' into 2187-enhance-user-setup

setup-new-user script using the setup method.

Use setup method instead of create method to setup a new user

workbench: Fix typo in application.default.yml.

workbench: Make integration test settings default.

We know that these settings should work out of the box, given the
settings in the API server's `rails` script.  Making them the default
makes it easier to get the tests running.

Use flock() to prevent sharing crunch-tmp with another job in local dev mode.

Update the functional tests to use the setup method

Introduce a new setup method in the users controller

Merge branch '2193-fix-permissions-cache' (no functional changes, only unit tests)

Merge branch '2278-crunch-dispatcher-monitor-processes'

Silly git staging.

- Made a note about intentionally not setting "success"
- Changed if c[:job][:success] == false to elsif
- Changed == nil to .nil?
- Removed whitespace

Use rails configuration for default openid prefix.

Merge branch 'master' into 2187-enhance-user-setup

Replace tabs with spaces as per our coding standards

Remove -n aka just probe option from the setup-new-user script as per Ward's core review recommendation.

Update comments in the tests

When create is invoked with user object as input, check if object exists for the given uuid or email.

workbench: Document integration test dependencies.

This adds appropriate notes to the installation guide, and suggestions
to application.yml.example.

workbench: Add basic login integration tests.

workbench: Add VM integration tests.

This is the "start test" that Ward suggested I implement to start off.
It's easy but not trivial: it requires JavaScript support and filling
out a form.

workbench: Use Poltergeist for integration tests.

This is faster and will enable us to run integration tests on the
build server.

PhantomJS (http://phantomjs.org/) has to be installed in the $PATH for
this to work.

workbench: Add integration test helper module.

This provide a base test class that provides the Capybara DSL and a
couple of convenience methods.  It also specifies a test runner class
that sets up the API server consistently, with the proper environment.

When using user_param, the user object is not expected. If passed, it will be discarded.

workbench: Add Capybara gem for integration tests.

More asserts for links

remove hard coded uuids from tests

Some more refactoring

Remove force option

Functional tests to verify links

Added functional tests for controller updates

Fix a nil check

js: Add identifiers to X-Editable templates.

This gives the form elements name and id attributes, as appropriate.
This will make it easier for us to refer to them in integration tests.

Fix an error introduced elsewhere in the file.

A simplified version of setup_new_user.rb script, where all the create user and links logic is moved into users controller.

* Allow the system user to update job columns, even if the job is "locked"
* Once the job process completes, automatically mark "job.running = false" and set "job.finished_at" if not set
* Exclude jobs from the queue where the "success" field is already set
* Consider a pipeline to be failed if any of the component jobs are marked as failed

All links in place

Use --no-clear-tmp flag to decide whether to remove of old temporary
directories, rather than deciding based on whether script_version is a
commit or a local directory.

Test just_probe and openid_prefix options

More accomplished

Merge branch 'master' into 2187-enhance-user-setup

create and some links tested

Integration test for permission links.

Merge remote-tracking branch 'origin/master' into 2075-workbench-paging

Conflicts:
services/api/app/controllers/arvados/v1/schema_controller.rb

Merge branch '2257-inequality-conditions'

closes #2257

Add "filters" param to discovery document, add deprecation note to
"where" param description.

api: Improve compute_node_domain handling.

The default value was causing test failures on my machine because the
ERB evaluated to an empty string.  And we want to avoid this causing
any DNS lookups during tests.  Now we make the default false (in line
with our other compute_node_* settings), and suggest a change in
application.yml.example to demonstrate how it should be set.

I also fixed up the example about compute_node_nameservers while I was
at it.

This closes #2351.

Make integer attributes searchable, add test cases.

Merge branch 'master' into 2257-inequality-conditions

Added "Displaying X of Y out of Z"
Improved links to adjacent pages

Merge branch 'master' into 2187-enhance-user-setup

WIP - update the create action in users controller to create user object and also create the links

* Added support for offset and limit query parameters (?limit=x&offset=y) to workbench index pages.
* Created _paging partial for rendering forward/backward/jump to page N
* Added paging to generic index page, index pages for collections, pipeline instances, pipeline templates, groups.

Add functional test to create a new user