import string

Fix syntax error

Check for None

Working on split-fastq to actually split the fastq file.

Use rvm-exec to run gem to install Arvados cli.  Also install dtrx.

Renamed "job.src" to "job.srcdir", "job.id" to "job.uuid", and "task.id" to "task.uuid"

$(link ...) now expects complete path.

Merge branch 'master' into 3373-improve-gatk3-snv-pipeline

Merge branch '3373-improve-gatk3-snv-pipeline' of git.qr1hi.arvadosapi.com:peter into 3373-improve-gatk3-snv-pipeline

Simplified collection-merge.  Added comments to collection-merge and decompress-all.

Works now

fix parameters

Decompress-all wip

Fix bug in StreamFileReader incorrectly updating self._filepos resulting in
incomplete file reads.  closes #3466

Merge branch '3363-docker-add-option-to-use-auth.curoverse.com'

refs #3363

Provide a bit more detail about build.sh in the documentation.

refs #3363

Only the deepclean Make action should remove the skydns-image and skydock-image files.

refs #3363

Update Docker install documentation:

* suggest use of build.sh to generate config.yml

* reflect now default use of Curoverse SSO server

refs #3363

* Default to using the auth.curoverse.com SSO server. Add instructions
in config.yml.example for using a local SSO server.

* Do not prepopulate the config.yml file generated by build.sh with
random values for _PW and _SECRET variables, let config.rb deal with
that at build time.

* Make config.rb a bit more robust in choosing those values for _PW and
_SECRET by not depending on any particular key order in the config Hash.

refs #3363

Be less presumptuous about the GNU/Linux distribution we are being run
on, and do not try to install ruby >= 1.9.3 automatically.

refs #3363

Merge branch '3261-keep-docker-config'

refs #3261

Merge branch 'master' into 3261-keep-docker-config

3261: simplify Makefile

Do not blow up on the 'Manage account' page if the db contains an ssh
key record that contains an invalid ssh key.

no issue #

Fixed typo introduced by merge.  refs #3443

Added $(task.outdir) and $(job.src)

Fix for test_mount.FuseGroupsTest to reflect test fixture change.  refs #3443

Merge branch 'origin/3443-read-collections-from-name-links' refs #3443

Conflicts:
services/api/test/fixtures/links.yml
services/api/test/functional/arvados/v1/groups_controller_test.rb

Merge branch 'origin-3442-no-reuse-job-when-output-unreadable' refs #3442

Fixed record symbolic name, comment based on feedback.

Add check to JobsController#create that collection output of a job is readable
by current user before attempting to re-use job.  Added unit test.

Added special case to ArvadosModel#readable_by so that a name link going from a
readable group or user uuid confers permission to read the collection.  Added
unit test.

Fix display order of recent jobs and pipelines. closes #3148

Merge branch '3235-top-nav-site-search' refs #3235

3235: Fix test

3235: Show uuid without "unnamed -" prefix for nameless objects.

3235: Fix UrlGenerationError on 404 page.

3235: Merge branch 'master' into 3235-top-nav-site-search

3261: Reduce dependency bloat: process templates one dir at a time.

3261: Turn on --enforce-permissions in run-keep.

3261: Restore (and document) ability to use docker sso container.

closes #3193
Merge branch '3193-manage-account'

3193: one more minor doc update

Merge branch '3193-manage-account' of git.curoverse.com:arvados into 3193-manage-account

3193: add public key as tooltip to the fingerprint

3193: add public key as tooltip to the fingertip

3261: Fix typo.

3261: Fix wrong variable.

3193: some more doc updates

3193: one more doc section and some minor ui updates.

3261: Fix wrong test: wanted file size == 0, not file size != 0.

3193: update user tutorials with the manage account page details.

Use :body_object instead of :body

Merge remote-tracking branch 'origin/3261-keep-docker-config' into 3261-keep-docker-config

3261: Fix permissions on run-keep script

3261: Improve status reporting

3261: fixes for Docker build process

* New tool list_generated_files avoids difficult quoting/escaping
  problems in Makefile

* keep/Dockerfile fixes permissions on /usr/local/bin/run-keep

Refs #3261.

3261: Strip .in from list of generated files.

3261: Fix wrong test: wanted file size == 0, not string length == 0.

3261: Propagate configured RAILS_ENV to Workbench build tasks.

Without this, the rake assets:precompile task defaults to development
mode and does nothing.

3193: minor ui update

3193: add contact admin blurb when the user has no virtual machines and repositories configured.

3261: Add Keep blob_signing_key configuration.

3261: Fix condition for showing SSH usage message.

3261: Fix alternate SSO endpoint configuration.

3193: use HISTIGNORE for current token display

Merge branch 'master' into 3193-manage-account

3193: use sshkey gem to validate the ssh key passed in.

3193: add plus icon to add ssh key button

refs #3016
Merge branch '3016-pipeline-template-search-string'

Merge branch 'master' into 3016-pipeline-template-search-string

Merge branch 'master' into 3193-manage-account

3193: add horizontal scroll to ssh key

3193: minor ui updates

3193: minor ui updates

Merge branch '3425-truncated-output' closes #3425

3425: Smaller buffer.

Merge branch '3349-install-docs' closes #3349

3425: When reading from arv-get, repeat sysread until error or eof.

Merge branch 'master' into 3193-manage-account

closes #3065
Merge branch '2985-selection-button-move-copy'

Merge branch '3193-manage-account' of git.curoverse.com:arvados into 3193-manage-account

3349: More example/default config cleanup.

2985: let error propagate during save

2985: let errors propagate during save

3349: Merge branch 'master' into 3349-install-docs

Combined contents of "Setting up SSH" into "Virtual Machines" panel.  Added
"Command line" column to "virtual machines" table which user can cut and paste
the ssh command line.

Merge branch 'master' into 2985-selection-button-move-copy

3235: Fix empty collection migration: ensure anonymous_group exists in
the database before trying to create a permission link for it.

3235: Enable "rename folder to project" migration.

Merge branch 'master' into 3193-manage-account

3235: Accept group_class="folder" as a project.

3193: do not validate input submitted on client side

3235: Show names of named collections instead of their uuids, but support searching by uuid.

3235: Make collections show up in search results.

Merge branch 'master' into 2985-selection-button-move-copy

Workbench: make the Setup User screen less confusing by labelling the
Repository Name and Shell Login field as such.

no issue #

Merge branch 'master' into 3193-manage-account

3016: prefill input search with value configured in the template

Fix $(node.cores)