Prevent ownership cycles.

2525: updated README

2525: More tests

2525: override the default name for the generated package

2525: Rename  ArvadosSDKJavaUser.java as  ArvadosSDKJavaExample.java

2525: delete object created during test.

2525: a little cleanup of variable names

2525: call method invocation should match arvados api documentation, instead of discover document format.

2525: call method invocation should match arvados api documentation, instead of discover document format.

2525: call method invocation should match arvados api documentation, instead of discover document format.

2525: token, host name, and host insecure can also be passed to constructor similar to other SDKs. If so, the environment variables are ignored and passed in values are used.

Merge branch 'master' into 2525-java-sdk

Generate test coverage reports with SimpleCov.

Merge branch '2640-folder-api' into 1970-folder-view

2352: Getting null pointer exception after merging in master!!

Merge branch 'master' into 2352-use-state

Improve code formatting

Return all links if link_class is not provided. Add docs.

Return empty list if no "links" supplied in api response. Add tests.

Incorporating code review. (refs #2328)

Created a seperate arvados-fuse-driver package.

Merge branch '2223-repo-owner-admin-perms'

closes #2223

Add "remove item from folder" buttons

Add writable_by to Group API response.

Merge branch 'master' into 2035-arv-mount-tags-folders

Merge branch 'query-select-distinct'

Restored support for old-style 'order' strings and added test.  Clarified
documentation for 'distinct' as to the default behavior.

Fixed botched 'distinct' parameter, now is a boolean instead of taking a
column.  New tests.  Also changed syntax of 'order' to take a JSON array for
consistency with 'filters' and 'select'.

Update docs. (refs #2328)

Added permission helper functions.

GeneratePerms returns a string representing the signed permission hint
for the blob identified by blob_hash, api_token and timestamp.

SignLocator takes a blob_locator, an api_token and a timestamp, and
returns a signed locator string.

VerifySignature returns true if the signature on the signed_locator can
be verified using the given api_token.

Refs #2328.

Unify button styles.

Added run_test_server helper module for Python SDK that runs API server in test
mode and provides access to fixtures and API tokens.

Add shadow to left nav.

Take into account owner_uuid and is_admin when exporting repository permissions.

2352: Update arv-run-pipeline-instance to handle RunningOnClient and Paused states

Refactored directory handling a bit in fuse to better accomodate other virtual
directory types, and added virtual directories for tags (untested).  Existing
tests pass, need to write new tests for tag directories.

Fix name_for method name.

Fix crash if item has no name (backported from 1970-folder-view)

Fix for interaction between 'select' and 'order' (SQL requires that order
fields show up in select when doing select distinct; readable_by does 'select distinct' by default to avoid duplicate rows).

Use class_for_display more.

Add folder list to left nav.

Merge branch '2640-folder-api' into 1970-folder-view

Add "Copy selections to current folder" button to selection drop-down.

Name links do not need to be owned by tail_uuid.

Merge branch '2640-folder-api' into 1970-folder-view

Add unique and valid name constraints.

Fix wrong infixes in fixture uuids.

Merge branch 'master' into 2640-folder-api

Merge remote-tracking branch 'origin/master' into 2035-arv-mount-tags-folders

Conflicts:
services/api/app/controllers/application_controller.rb

Added 'select' and 'distinct' parameters to discovery document.  Improved
select parameter to parse strings as json.

Use partial unique index for name links.

Fix log permission case broken in merge.

Merge branch 'master' into 2640-folder-api

Conflicts:
services/api/app/controllers/application_controller.rb
services/api/app/models/arvados_model.rb

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

# Please enter a commit message to explain why this merge is necessary,
# especially if it merges an updated upstream into a topic branch.
#
# Lines starting with '#' will be ignored, and an empty message aborts
# the commit.

Another go at migration, uses batched loading and transactions, should have
improved performance.

Merge branch '2328-signatures-for-integration-testing'

refs #2328

Add partial unique index

Add test cases that produce predictable signatures with fixed expiry times.

Put back missing parentheses.

Add "show object" button partials.

Add "Shared with" section to Sharing/Permissions panel.

Changed Log.all.each to Log.find_each because Log.all loads all records (!) and
Log.find_each loads records in batches.  Hopefully this will enable migration
to run without being killed.

Fixed middleware customization so that it doesn't assume the presence or
location of ActionDispatch::Static.

Update tests for new layout.

Do not return Links with group contents

2525: add apiVersion to constructor args

Merge branch 'master' into 2525-java-sdk

Fixed bug where block mtimes were stored as strings instead of ints. Closes #2631

Synchronize "show more" button style, turn off cards for now

Focus/hover side navs with white instead of arbitrary color.

Render cards with real content from first few items.

Fix up table columns, use explicit Open button instead of linking uuid

Added logging of block age vs free space histogram. Fixed an indentation bug. Fixed a bug where I forgot to declare a variable as global. Corrected histogram description in comments.

Add integration test for folders.

Fix "show all activity".

Less side-nav padding.

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

# Please enter a commit message to explain why this merge is necessary,
# especially if it merges an updated upstream into a topic branch.
#
# Lines starting with '#' will be ignored, and an empty message aborts
# the commit.

Merge branch 'origin-2608-websocket-event-bus-alt2'

Conflicts:
services/api/app/models/arvados_model.rb
services/api/test/test_helper.rb

Renamed info to properties to match the name used by arvados.

Merge branch '2620-keep-serialize-io' (closes #2620)

Move up more useful navs, make activity text smaller.

Fix tests to work with new css/layout.

Added code to compute histogram from garbage collection list.

Use separator instead of drop-down for less-used nav links.

Merge branch '2640-folder-api' into 1970-folder-view

Merge branch 'master' into 2640-folder-api

Fix "create folder"

Fix no-side-nav mode.

Move folders into a separate controller. Add description-editing.

Replaced KeepVolumes with a VolumeManager interface.

A VolumeManager interface may be used to set policy for writing to a set
of Keep volumes. The sole implementation at present is RRVolumeManager,
which implements simple round-robin scheduling; other implementations
could include a manager which selects the least-loaded disk first, the
fastest one, the one with the fewest pending writes, etc. etc.

Refs #2620

Added hack to deal with the fact that keep servers are reporting each other's disks.

Merge branch '1904-api-reader-tokens'

Closes #2702, #2707.

api: Accept JSON-formatted reader token array.

api: Introduce reader_tokens for extra access.

reader_tokens are API tokens whose read permissions will be added to
the primary API token's.  For actions that only read resources, like
:index and :show, you can now omit the API token as long as you
provide at least one reader_token.

This allows users to get access to one-off resources without
interrupting their primary session.  For example, Workbench will use
it to access Collections shared via secret link.

api: More consistency in test helper methods.

I keep accidentally rewriting the methods in ArvadosTestHelper, so I'm
putting them in one module loaded for all tests so I can use them
consistently.

Merge remote-tracking branch 'origin/master' into origin-2608-websocket-event-bus-alt2

Conflicts:
services/api/app/controllers/application_controller.rb
services/api/app/controllers/arvados/v1/schema_controller.rb
services/api/db/schema.rb

Moved message handling out to a separate method for clarity in eventbus.
Fixing name mismatch /websockets => /websocket in configuration
Added guards to various tests to ensure no more messages are processed after
the test is supposed to be done.

Short-circuts #readable_by when the user is admin.

Unsubscribe message now takes filter definition instead of filter_id, reducing
the state both the client and server have to maintain in order to support
unsubscribing.  Added code comments and updated tests.

Added code comments.