Merge branch 'master' into 1971-show-image-thumbnails

Conflicts:
apps/workbench/app/views/collections/_show_files.html.erb

Merge branch '2388-bogus-token-error-page'

closes #2388

Merge branch 'master' into 1776-setup-user-email

Merge branch '2449-keep-write-blocks'

Closes #2449, closes #2292, closes #2507.

Do not blow up when HOME is not set.

Merge branch 'master' into 1776-setup-user-email

Conflicts:
services/api/app/controllers/arvados/v1/users_controller.rb

Merge branch 'master' into 2449-keep-write-blocks

Reverted Gemfile.lock

Links controller checks that head/tail_kind matches head/tail_uuid.
Added test.

Reverted accidental change to Gemfile.
Restored parameter check in load_filters_param.
Removed spurious commented-out code from test.

Merge remote-tracking branch 'origin/master' into origin-2228-check-filter-uuid-columns

* Refactored to remove load_kind_params filter and instead override load_where_param and load_filters_param in the links and logs controllers to add the _kind functionality.
* Removed 'rescue' clause.  I think I left that in from debugging.
* Fixed :log -> :logs
* filters: ['tail_kind','=','arvados#user'] works
* Added more tests.
* Added equivalent logic and tests for logs controller for object_kind

Fix exception when valid token points to missing user

Add tests to expose some token handling bugs.

Move test-api-server framework so it works in functional and unit tests too.

Add token that is valid except that it points to a missing user.

Send HTTP 500 if we end up in render_error without a more specific status.

Merge branch 'master' into 2449-keep-write-blocks

Clean up error handling (refs #2292).

Code review comments (refs #2292)

Merge branch 'master' into 2449-keep-write-blocks

Updated Job section of API documentation regarding repository and
nondeterministic attributes. refs #2488

Update documentation for command-line flags (closes #2463, closes #2591).

Merge remote-tracking branch 'origin/master' into origin-2228-check-filter-uuid-columns

Conflicts:
services/api/app/models/arvados_model.rb

API server tests pass, workbench tests are failing

Added ReadAtMost function for reading request data (refs #2292)

ReadAtMost will read up to the specified number of bytes, returning
an error if the request is larger than that limit.

Updating docs for code review (refs #2463)

Merge branch 'master' into 2449-keep-flags

Merge branch 'master' into 2449-keep-write-blocks

Merge branch '2375-log-table' into master

We add a log to the Log table whenever another model is created,
updated, or destroyed.  Closes #2375, #2559.

Merge branch '2246-fix-git-clone-race'

closes #2246

Merge branch '2449-keep-write-blocks' into 2449-keep-flags

Added todo for TestPutBlockWriteErr (refs #2292)

Merge branch 'master' into 2449-keep-write-blocks

Added TestPutBlockCollision (refs #2292).

api: Don't include API tokens in logs.

Refs #2375.  See Tom's comments.

I also renamed UNLOGGED_ATTRIBUTES to UNLOGGED_CHANGES to help clarify
that it's not used by logged_attributes.

Merged master

api: More robust tests for log properties.

This ensures that logs always have the old/new_etag/attributes
properties, even if they're expressly set to nil.

api: Improve test for selective API auth logging.

Merge branch '2272-fix-setup-user-in-workbench'

Merge branch 'master' of git.curoverse.com:arvados

Merge branch '2338-maintain-active-tab'

closes #2338

Add/fix some shell quoting.

Add comments to explain different ways we choose $repo.

Merge branch '2243-fix-pipeline-instance-heading'

closes #2243

Update README for selenium+headless: install firefox+xvfb
instead of libqt+phantomjs

Fix the users test to get the created user id

Merge branch 'master' into 2449-keep-write-blocks

Update for code review (refs #2292).

* Use ioutil.TempFile to write new blocks, renaming to the correct
  name upon success.

* PutBlock should overwrite corrupt blocks, not report a collision.

* Get free disk space from syscall.Statfs, not `df`.

api: Don't log common changes to API tokens.

The last_used_* attributes are updated very often.  Logging those
changes would probably make the logs less useful.

api: Raise errors from saving logs.

With this change, I realized it'd be cleaner to write the
implementation as after_* callbacks, so this includes that.  But the
fundamental change is to use log.save! instead of plain log.save.

Comment out failing assertions for now.

api: Have users own the logs they generate.

Setting the owner to the system user was intended to provide the
security policy we wanted.  Now that we've opted instead to give logs
overrides for the permission_to_ACTION methods, users should own their
own logs so they can read them.

api: Let admin users delete logs.

api: Test that we don't make logs about logs.

Merge branch 'master' into 2375-log-table

Merge branch 'master' into 1776-setup-user-email

Merge branch 'master' of git.curoverse.com:arvados

Story 1776: Add theme to api server similar to workbench. Updated files: Gemfile, app/controllers/application_controller.rb, config/application.default.yml, config/routes.rb

Story 1776: Add tests for setup email

api: Give all Job fixtures script_versions.

Workbench tries to call to_sym on these versions, and hiccups if it's
nil.  This makes it easier to run integration tests, whether
automatically or by hand.

Use selenium driver with headless for testing.

Merge branch 'master' of git.curoverse.com:arvados

Get logs and archives directly from the given git repo. Skip git-clone
and attendant race conditions.

Add "create collection" integration test

Trim newline from output hash emerging from `arv keep put`.

Fix tests: make sure system_user exists before making "pre-test users" list

Stash and restore current tab selections when replacing body content.

Show editable pipeline instance name (instead of template name) as
instance page heading.

Fix permission error when adding system_group->new_user permission link.

Change password placeholder to something db:load_config can parse.

Story #1776: Add mailer and update users_controller. Also, update workbench and setup script to pass the additional send notification parameter.

api: Make a Log from other model changes.

Refs #2375.

api: Rename Log.info to .properties.

Refs #2375.

Merge branch 'master' into 2449-keep-write-blocks

Merge branch '2449-keep-write-blocks' into 2449-keep-flags

Conflicts:
services/keep/keep.go

Move the javascript into a js file instead of using <script> tag in html file.

Remove trailing white spaces.

Add paste event check for submit button validation

Use bootstrap/theme style defaults for user setup modal and form.

Reset form fields on cancel.

Submit

Bootstrap modal css updated to include only what is needed.

Add header and footer to the setup user modal

Document capybara-webkit qt dependencies, and add phantomjs recipe.

Add email format validation to the input text field in the setup modal.

During setup of an existing user, create oid login permission, if it does not already exist.

Need to remove the user's "all users" group read permission during unsetup.
This shortcoming became apparent during testing when "is_invited" flag is checked.

Use webkit driver for Capybara instead of selenium for tests that need dialog handling.

Added integration tests for create new user, setup and unsetup existing user. The tests use selenium driver without headless. Hence, we see the browser while these tests are running.

Next step is to use headless to hide the browser during test execution.

Integration test for setup user

Submit button enabling revisited

Submit button enabled when existing user

popup submit button

Get the default openid_prefix from config.

Look for repo_name in VM link

Require only email and openid prefix in the setup popup. The other fields are optional.

New user creation using setup action is working

"Add a new user" link uses setup method to create a "loaded" user.

Minor UI tweaks