Switch to MultiJson which uses Oj under the hood (since it is available).

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:orvos-server

Switch to Oj for JSON parsing.

add permission logging

add Job#priority

fix setting modified_* and default owner when creating objects

add Job and JobStep resources

Add deploy scripts for the Orvos instance on Ant.

fix login bug

support return_to after logout

add /users/current method

move development.rb to development.rb.example

fix permissions to accommodate nodes#ping and user_sessions#create exemptions

add /orvos/v1/users

create content-addressed collections with uuid=locator

tighten up automatic uuid assignment

fix (Time.now - nil) exception

add PipelineInvocation#active, and try to set success=false when needed

fix default Link#properties

add Specimen#properties

tweak eager loading

add some admin privileges to make bootstrapping possible

rename Metadatum to Link, head to head_uuid, tail to tail_uuid

fix db query

fix OrvosModel#index permissions

fix ownership-change permission check

fix check for owner==current_user

fix exception when current_api_client==nil

move created_by to owner

add Pipeline#dependencies

Remove duplicate configuration value in lib/josh_id.rb.
CUSTOM_PROVIDER_URL is now only defined in
config/initializers/omniauth.rb

Make josh_id propagate return_to as a GET parameter, and use that GET
parameter instead of session[] when redirecting in create().  Using
session[] is inappropriate: completing a login in browser window A can
cause a token to be sent to a different API client who has requested a
token in window B.

Fix comment.

fix error response

add permission checks

set created_by/at and modified_by/at attributes when saving objects

fix missing user variable

install omniauth.rb during deploy

connect user authentication to API client authorization

add User model features and uuid index
add missing attribute Log#modified_at
remove duplicate code blocks

add omniauth.rb.example

Drop superfluous comment.

Authenticate against auth.clinicalfuture.com

add missing timestamp and route, set default event_at=Time.now

add Log resource

ignore editor backup files

add hardcoded_api_tokens.rb.example

stub authentication check

More test env tweaks + first collections api test

Very basic tests for /collections, /nodes, /pipeline_invocations

A few fixture fixes

Ignore local .rvmrc file

support where:{attr:[a,b,c]} query, check :eager param more carefully

skip abstract classes in schema controller

implement general params[:where] and eager loading of associations

rename metadata attributes to head/tail

tag ec2 nodes; add --client-token to ec2-run command for idempotency

put AMI id in config file instead of hard coded

Update to latest Rails 3.1 release

provide metadata head_kind, head_uuid in api response
if value is orvos#type#uuid; tweak "specimen" inflections

fix error handling

remove extraneous Metadata#create

add boilerplate for Project resource

fix missing route

add Project resource

tweak uuid generators - use last N digits instead of first N

add Specimen resource

add /orvos/v1/schema

More capistrano fixes

add /collections html view, dry up CollectionsController

remove extraneous html tag

add missing require

improve default nameservers list

include nameservers in Node api responses

add api template for pipeline_invocation

add pipeline_invocations html view

Deploy script fixes.

eliminate extra layer {type: ...} in API responses

add api template for pipelines, collections, metadata

add shared "common" template with kind and etag

copy config files and bundle install --local before deploy:assets:precompile

add status attribute to Node api response

add public/assets cache to .gitignore

use acts_as_api

in /nodes, click row to show info[]

fix param name in node#ping

add configurable compute node domain

update Gemfile.lock

load deploy/assets so assets get compiled at production

do not show ec2-run command for instances already up

update gems

fix status name

add /nodes status page

tweak stack trace log

resume logging errors

remove debug message

improve error handling

return errors as json, improve handling of nested params

implement generic resource#update

fix some error message suppression in node#ping