Added alternate option to one_task_per_input_file to encode specification of input files as collection/stream/file instead of raw manifest text.

Added StreamFileReader.as_manifest() back and added test for it.
Refactored manifest text generation a bit.

get_job_param_mount() and get_task_param_mount() tested and working.

Added symlink arv-mount, arv-normalize, arv-ls to cli/bin

Added get_job_param_mount() and get_task_param_mount()

Changed JOB_WORK to TASK_WORK in mounting keep directory.

Added arv-mount

--exec works

Added --exec, needs testing.

Fixed caching so that reads by other threads for a block which is already
being downloaded will block all threads until the block is downloaded.

caching wip

Added test for magic directories.

Added basic unit test for fuse mount.

changed fusepy to llfuse

installing llfuse from pip instead of debian

Added comments and some refactoring.

Robustness improvements

Fuse driver works for mounting collections and reading files.  Tested with jlake collection, spot checked m5dsum values of several files which matched the md5sum catalog in the jlake collection.

Working on fuse mount

Directory browsing works, working on error handling for file reading.

Work in progress arv-mount based on llfuse and supporting directories listings.

Fixed file page to sort by stream name, then by file name

Do a partial normalization of file list before sending to client.

Put some code into collection model to do normalization but I don't think that is the right place for it.

Added arv keep normalized

Added arv-normalize

added -s option

implemented arv-ls to replace whls

Working on arv-ls

Tests pass

Added readfrom()

Unit tests for arvados.locators_and_ranges

Fixing things up

Work in progress

Collections are now automatically normalized on both read and write.  Tests updated.

Normalize method seems to work pretty well now.

working on normalization

Fixed {% include alert-stub %} that shouldn't have been there on a couple of pages.

Fix 404 at api_client_authorizations.create_system_auth and add tests.

Merge branch '2099-CORRECT-docker-stop-and-restart' (documentation update)

Updated Docker documentation to reference "arvdock". (refs #2099)

Change color of "running" job label to blue.

Merge branch '2096-demo-feedback'

In the pipeline instance comparison, do not blow up when a row component
is not defined (for example, when one or more of the pipeline instances
in the comparison has not yet been executed).

Merge branch '2099-CORRECT-docker-stop-and-restart'

Merge branch 'master' into 2096-demo-feedback

Show owner name instead of uuid on pipeline_templates#index. Closes #2097

Hide "Create" button on pipeline_instances and pipeline_templates pages. Closes #2098

Limit "compare" selection mechanism to 2 or 3 pipelines. Closes #2101

Add missing curly bracket in assets/stylesheets/application.css.scss

Rename clinicalfuture -> curoverse everywhere.

Fix up legend colors and labels on pipeline_instances > compare > graph.

Fix terminology agreement between left nav and elsewhere in docs/pages.

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

Make sure to abort nicely when run with a version of ruby older than 1.9.3

Fix pipeline_instances#show by renaming partial.

Merge branch '2061-update-docs'

Rename to "arvdock" per code review.

Finished updating tutorials for latest sprint

Correct comments to account for new verbs.

Renamed run.sh -> arvctl, added per-service "stop" and "restart" commands (fixes #2099)

Fix regular expression for collection UUIDs to it can also handle with UUIDs like

  8764db1235674a08afabcdef709f6c49+2986

Hack to fix job log links (because crunch still produces identifiers with +K@qr1hi)

The list-inactive-users.rb script has been moved to the puppet tree for
now.

Fix git_dir path in CommitAncestor model. Fixes #2089

Fill in missing example locators for crunch wrappers.

Allow passing hashes as resource attributes. This lets crunch-job keep
jobs.tasks_summary up to date.

Show first 200 items on index page, not 1000.

Apply usual parameter encoding logic to method[request] parameter too.

Amends fbd62569bca926fc12917eb60eada82a6d8a83b0

Fixes:

encountered object 'Arvados::ResourceProxy=HASH(0x31fb2f8)', but neither allow_blessed nor convert_blessed settings are enabled at arvados/sdk/perl/lib/Arvados/Request.pm line 42.

Replace weird "loading" animation with a nice plain glyphicon.

Merge branch 'master' of git.curoverse.com:arvados

Handle the situation where config.workbench_address is unset more
gracefully: do not try to redirect and blow up, instead send a
json-encoded error message.

Look in method[request][properties][$ref] for resource object
argument.

Fixes #2084

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

Update docserver build process for zenweb (refs #1786)

Can now click through to group pages on groups table

Fixed bug with incoming links not showing in metadata tab.  Resolves #2080

Updating documentation

Dismiss "paste your SSH key here" notification when key successfully saved.

fixes #2079

Merge branch '2072-workbench-docker'

Added missing workbench configuration directives to Docker (fixes #2072)

Merge remote-tracking branch 'origin/master' into 2061-update-docs

Fixed bug with notification triggering on wrong condition.  Also removed old "notifications" partial.

Merge remote-tracking branch 'origin/master' into 2061-update-docs

Merge branch '2070-read-remote-arvados'

closes #2070

Return log buffer "(not available)" instead of crashing if redis is down.

Updated theme to bootstrap 3 to match workbench.  Started updating ssh keys tutorial.

Fix up incorrect dependency on google-api-client

Fix comment - location of arvados configuration file has changed.

Added "vendor" to doc generation ignore list for deployment situations

Started updating docs page to bootstrap 3.0

Removed mkpydoc.sh which is obsoleted by Rakefile task

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

Python documentation step will now report a warning if epydoc isn't in PATH.
Fixed liquid include errors.

Fix Gemfile(.lock) in sdk/cli

Update api/production.rb.in with changes from services/api.

Merge branch '2008-show-log-buffer'

closes #2008

Fix dashboard auto-refresh, and show last line of log_buffer (if any)
for jobs whose logs have not yet been written to Keep.

Include log buffer in Job API response.

Merge remote-tracking branch 'origin/master' into 1786-replace-jekyll-with-zenweb