Merge branch 'master' into 2060-edit-tags-in-workbench

Conflicts:
apps/workbench/app/assets/javascripts/application.js
apps/workbench/app/assets/stylesheets/application.css.scss

Merge branch '2179-demo-feedback'

refs #2179

Render collection provenance graph top-down like other graphs.

closes #2184

Merge branch 'master' into 2179-demo-feedback

Fix symbol key used in serialized attribute. closes #2186

Fix crash if @notifications is nil.

Return only true or false for is_invited, never group uuid.

Hide top nav notifications and links to tokens/keys pages until user
is active.

closes #2188

Say when re-using existing jobs, even without debug mode. closes #2183

Output a blank line between pipeline status updates. closes #2182

Move HeaderRowFixer out to application.js and application.css.scss

refs #2180

Prevent table headings from scrolling out of view on collections index
table.

closes #2180

Hide left nav panel if current_user is not active. refs #2078

Provide manifest_text in collections.get API response. refs #2070

Fix crash in collections.provenance when a script_parameter is a Fixnum.

Normalize collection hashes provided by clients as attribute values
before storing in the database.

closes #2088
refs #1881

Fix crash when a script_parameter value is a Fixnum. fixes #2167

Fixed {% include alert-stub %} that shouldn't have been there on a couple of pages.

Fix 404 at api_client_authorizations.create_system_auth and add tests.

Merge branch '2099-CORRECT-docker-stop-and-restart' (documentation update)

Updated Docker documentation to reference "arvdock". (refs #2099)

Change color of "running" job label to blue.

Merge branch '2096-demo-feedback'

In the pipeline instance comparison, do not blow up when a row component
is not defined (for example, when one or more of the pipeline instances
in the comparison has not yet been executed).

Merge branch '2099-CORRECT-docker-stop-and-restart'

Merge branch 'master' into 2096-demo-feedback

Show owner name instead of uuid on pipeline_templates#index. Closes #2097

Hide "Create" button on pipeline_instances and pipeline_templates pages. Closes #2098

Limit "compare" selection mechanism to 2 or 3 pipelines. Closes #2101

Add missing curly bracket in assets/stylesheets/application.css.scss

Rename clinicalfuture -> curoverse everywhere.

Fix up legend colors and labels on pipeline_instances > compare > graph.

Fix terminology agreement between left nav and elsewhere in docs/pages.

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

Make sure to abort nicely when run with a version of ruby older than 1.9.3

Fix pipeline_instances#show by renaming partial.

Merge branch '2061-update-docs'

Rename to "arvdock" per code review.

Finished updating tutorials for latest sprint

Correct comments to account for new verbs.

Renamed run.sh -> arvctl, added per-service "stop" and "restart" commands (fixes #2099)

Fix regular expression for collection UUIDs to it can also handle with UUIDs like

  8764db1235674a08afabcdef709f6c49+2986

Hack to fix job log links (because crunch still produces identifiers with +K@qr1hi)

The list-inactive-users.rb script has been moved to the puppet tree for
now.

Fix git_dir path in CommitAncestor model. Fixes #2089

Fill in missing example locators for crunch wrappers.

Allow passing hashes as resource attributes. This lets crunch-job keep
jobs.tasks_summary up to date.

Show first 200 items on index page, not 1000.

Apply usual parameter encoding logic to method[request] parameter too.

Amends fbd62569bca926fc12917eb60eada82a6d8a83b0

Fixes:

encountered object 'Arvados::ResourceProxy=HASH(0x31fb2f8)', but neither allow_blessed nor convert_blessed settings are enabled at arvados/sdk/perl/lib/Arvados/Request.pm line 42.

Replace weird "loading" animation with a nice plain glyphicon.

Merge branch 'master' of git.curoverse.com:arvados

Handle the situation where config.workbench_address is unset more
gracefully: do not try to redirect and blow up, instead send a
json-encoded error message.

Look in method[request][properties][$ref] for resource object
argument.

Fixes #2084

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

Update docserver build process for zenweb (refs #1786)

Can now click through to group pages on groups table

Fixed bug with incoming links not showing in metadata tab.  Resolves #2080

Updating documentation

Dismiss "paste your SSH key here" notification when key successfully saved.

fixes #2079

Merge branch '2072-workbench-docker'

Added missing workbench configuration directives to Docker (fixes #2072)

Merge remote-tracking branch 'origin/master' into 2061-update-docs

Fixed bug with notification triggering on wrong condition.  Also removed old "notifications" partial.

Merge remote-tracking branch 'origin/master' into 2061-update-docs

Merge branch '2070-read-remote-arvados'

closes #2070

Return log buffer "(not available)" instead of crashing if redis is down.

Updated theme to bootstrap 3 to match workbench.  Started updating ssh keys tutorial.

Fix up incorrect dependency on google-api-client

Fix comment - location of arvados configuration file has changed.

Added "vendor" to doc generation ignore list for deployment situations

Started updating docs page to bootstrap 3.0

Removed mkpydoc.sh which is obsoleted by Rakefile task

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

Python documentation step will now report a warning if epydoc isn't in PATH.
Fixed liquid include errors.

Mock up add/remove tag UI.

Fix Gemfile(.lock) in sdk/cli

Update api/production.rb.in with changes from services/api.

Merge branch '2008-show-log-buffer'

closes #2008

Fix dashboard auto-refresh, and show last line of log_buffer (if any)
for jobs whose logs have not yet been written to Keep.

Include log buffer in Job API response.

Merge remote-tracking branch 'origin/master' into 1786-replace-jekyll-with-zenweb

Jekyll is dead, long live Zenweb!

When retrieving a blob, if local Keep servers don't have it and the
locator has +K@xyzzy, try GET http://keep.xyzzy.arvadosapi.com/hash.

Retrieve manifest_text from API server. If that fails, emit a warning
and fall back to reading directly from Keep.

This gives the API server an opportunity to provide additional
metadata, like hints about where the data blobs are stored.

Merge branch 'master' into 1786-replace-jekyll-with-zenweb

Merge branch '1979-workbench-ui-TC'

Fix top nav behavior when window is narrow.

Fill col-sm-3 space with left nav, and move it to the bottom when
window is narrow.

Fixed/refactored "smart-sizing" to adjust the content area to the size of the window so that the content area scrolls but the page as a whole shouldn't scroll.

Clean up groups/index and add delete buttons.

Merge branch '1979-workbench-ui-TC'

refs #1979
refs #1976
closes #2005
closes #2006
refs #2008

Add section headings to API examples.

Add space under tab row.

Fix up tab titles.

Fix up collections#index search box with bootstrap3 styles.

Fix up collections search box on dashboard.

Fix up pipeline_instances#index and #compare.

Remove extra divider in notifications list.

Rearrange thread_with_api_token around_filters so current_user is
available even when using thread_with_optional_api_token.

This makes notifications show up on users#home when accessed via root
url.

Highlight "Dashboard" instead "Users" in left nav when on
dashboard. Also bring back "System" nav links.