Merge branch 'master' into 3609-arv-run

Merge branch '3609-arv-ws' refs #3609

3609: Fix PollClient for case when there are no filters (get everything).

3609: Testing fixups.

3609: Set "name" to abbreviated form, put full command line in the description field.  Continuing work on documentation.

Merge branch '3609-arv-ws' into 3609-arv-run

3609: Back out setting api_version, api_host, and api_insecure on api client
and instead document that caller to arvados.events.subscribe() should pass in a
freshly created api client.  Add event variable to indicate when subscription
is a success instead of sleeping.  Removed unused "import time".  Fixed "web
sockets" -> "websockets".

Better documentation WIP

Merge branch '3609-arv-ws' into 3609-arv-run

3609: import signal; add_mutually_exclusive_group doesn't take any arguments.

Merge branch '3609-arv-ws' into 3609-arv-run

Python SDK is not compatible with apiclient 1.3.

Figuring out why this is needs more investigation.  It's something I'd
like to do, but it seems urgent to push this fix so builds can pass
again.  No issue #, but see
<https://ci.curoverse.com/job/arvados-api-server/980/>.

3609: Add additional api_ fields to api client object so that subscribe() can
create a new api client.  Change test to use event variable instead of
sleeping.  Fix "Web sockets" -> "Websockets".  Make some command line options
mutually exclusive.

Merge branch '4219-verify-with-hints' closes #4219

4219: Add test for missing size hint. Dry up "known signature hint" consts.

Making arv-run documentation more readable.

3609: Reenabled support for websockets.  Now sets name of pipeline to user's command line.

Merge branch '3609-arv-ws' into 3609-arv-run

Conflicts:
sdk/cli/bin/arv

Merge branch 'master' into 3609-arv-ws

3609: Prefetch pipeline components to find out which jobs to subscribe to.

4219: Use a precompiled global regexp for signature verification.

4219: Accept signatures even if other hints are present in URL.

Merge branch '4197-remove-enforce-permissions-check-from-index-handler'
Closes #4197

3609: PollClient waits on event object instead of time.sleep, fix filters.  Also fix --poll-interval and --no-poll

3609: Roll back schema change, not appropriate for this branch

Modified IndexHandler to match TrashHandler and PullHandler
* No longer checks for the enforce-permissions flag.
* Still checks for DataManager auth token.
* The HTTP error returned when we don't find the DataManager auth token is now Unauthorized instead of Forbidden.

Modified tests to check for new behavior.

Resolve race condition: wait for response before checking mock expectations. refs #3782

3609: Add test case for PollClient.  arvados.event.subscribe() starts a new
polling thread by default so as to provide the same behavior as websockets.
Add documentation strings to ws.py command line parameters.

3609: Fix schema so 'order' parameter of 'list' is an array instead of a string.

3609: Added documentation page.  Added to "arv" frontend command.  Bug fix to
print help when there are no command line arguments.

4196: arv-keepdocker uses Docker 1.0 pull syntax.

`docker pull -t` was the old way of pulling an image with a specific
tag.  Docker 1.0 introduced `docker pull repo:tag`, and Docker 1.2
removes support for `-t` completely.  We're well-standardized on 1.1+
at this point, and considering an upgrade to 1.2+, so now's the time
to switch.

Closes #4196.

4126: API server uses fixed a-r-p-i (again).

Refs #4126.

4126: a-r-p-i dereferences parameter values when creating jobs.

Refs #4126.  This is required to run jobs.

4126: API server uses fixed a-r-p-i.

Refs #4126.

Merge branch '3692-event-bus-fix-and' closes #3692

Merge branch '3656-arv-create' closes #3656

3609: Use run-command batch function instead implementing it in run.py.  Permit
arv-run output redirection to not have a space between > or < and the first
filename.

3609: Further improve list handling.  Update documentation to new preferred
syntax.  Add "batch" function to run-command.

3609: Add support for batch size, improve ability to pass lists of lists
without them getting flattened.

3609: Add --script-version and --repository to aid testing

3656: Delete unused documentation page

3656: Alphabetize list of subcommands.  Rename tmp -> tmp_file.  Small wording change on doc pages.

3692: Bug fix for inadequate grouping when constructing selection.

Merge branch '4139-blocking-node-manager-tests-wip'

Refs #2881, #4139.  Closes #4184.

4139: Node Manager README links to compute node lifecycle page.

4139: Speed up Node Manager tests.

Previously, the tests would poll interesting mocks, waiting for them
to be called.  This introduces significant overhead to the tests, and
they would frequently time out on Jenkins.  This modifies the tests to
get more information by blocking on the tested actors, which means
more predictability and less fighting for CPU (typical runtimes for
all the tests improved from 5 seconds to 0.5 seconds on my
workstation).

The downside to this approach is that it ties the tests more tightly
to the underlying actors' implementation.  In particular, they
sometimes send a message and block for a response to ensure that any
internal messages generated by the *last* message have been handled.
This is less than ideal, but I don't have a better idea right now.

3609: Add command line help strings

3609: Parallelizing on -- works, added tentative support for --group.

Search up path to see if a file is in a collection.  Refactor to work towards supporting pipelines.

New wait logic, report all exit codes.

sleep so it doesn't go haywire

Use branch

testing

Catch ECHILD from os.waitpid()

3609: Fix trimming redirect parts of the command line.
3609: Collect command line arguments, uploads files, builds arv-run submission.  Needs work on event listener.

3609: Now print log messages for submitted pipeline.

3609: Fix trimming redirect parts of the command line.

3609: Piped commands works

Start working on adding local unix pipe support to run-command.

Fix filters, subscribing to components of pipelines.

3692: Explicitly incorporate sequence number test into where clause

Websocket server side fix, perform database notify in after_save callback on
the log object instead of in log_change on ArvadosBase because crunch-dispatch
was creating Log objects directly and bypassing the notification in log_change.

3609: Add some options to control polling fallback, improve error logging a bit.

Websocket server side fix, perform database notify in after_save callback on
the log object instead of in log_change on ArvadosBase because crunch-dispatch
was creating Log objects directly and bypassing the notification in log_change.

3609: Logging should work for jobs but running into a bug in eventbus

3609: --job and --pipeline logging implemented, needs testing

3609: Refactoring arv-ws into a reusable command module.  Working on adding
ability to monitor pipeline/job log at command line.

closes #4126
Merge branch '4126-preserve-parameter-hash'

3692: Fixed test, and fixed the actual bug

3656: Add missing file

4139: Add README to Node Manager.

Refs #4139.

4139: Add *.egg to Node Manager's .gitignore.

`python setup.py test` will automatically download dependencies to the
source directory if you don't already have them available in your
environment.  Refs #2881, #4139.

4139: Add environment configuration knobs for Node Manager tests.

These are settings I've fiddled with regularly over the course of
development, and now it looks like we're going to need to fiddle them
some more to accommodate Jenkins.  I'm exposing them as environment
variables so I can stop messing with the code appropriately.
Refs #4139.

3656: Documentation updated to use "arv create".

3656: Support additional create parameters on the command line, only open
editor on the object itself, should be less confusing.

3656: Add arv-create command.  Refactor run_editor to be shared by arv_edit and arv_create.

Merge branch '4042-run-command-MxN' closes #4042

4042: Typo fixes.  Highlight run-command and script_parameters in text.  Rename
--job-parameters to --script-parameters and add mention of --dry-run mode.

Update install docs for keep→keepstore rename.

No issue #.  Reported on #arvados.

Merge branch '3381-job-progress-bar-bug' closes #3381

3381: Fix layout comment

4126: undo the hash parameter retention logic for value

Merge branch 'master' into 4126-preserve-parameter-hash

4126: when parameter is a hash, use it as value if nothing else matches.

Merge branch '2881-node-manager'

Closes #2881, #4106.

2881: Add Node Manager service.

Updated examples.

Merge branch '4042-run-command-MxN' of git.curoverse.com:arvados into 4042-run-command-MxN

# Please enter a commit message to explain why this merge is necessary,
# especially if it merges an updated upstream into a topic branch.
#
# Lines starting with '#' will be ignored, and an empty message aborts
# the commit.

4042: Update documentation samples.  Small fix to dry-run to allow supplying custom TASK_KEEPMOUNT.

4042: Rename bad reuse of 'p' to 'match' in expand_item.  Finish describing
$(task.outdir).  Clarify that list functions take a user parameter name.  Fix
other spelling and grammatical errors in documentation.

Merge branch '4044-crunchstat-wait' refs #4044

4044: Merge branch 'master' into 4044-crunchstat-wait

4044: Add comments to "continue" statements.

3381: Reorganize _running_components to be clearer.  Fixing workbench.

4126: Preserve hash form when populating component parameters.

closes #3990
Merge branch '3990-owner-when-rerunning-pipeline'

3990: minor test update

4044: Clean up channel and pipe usage.

* Remove code for using one goroutine to copy stdout and stderr from
  channels to pipes. Instead, copy stderr from channel to pipe in a
  simple goroutine, and use give the child our own Stdout to use (we
  don't use it ourselves anyway).

* Rename functions (OutputChannel -> CopyChanToPipe, ReadLineByLine ->
  CopyPipeToChan).

* Add "stop" channel to shut down polling loop when child process
  exits.

* Check for errors when opening cgroup stats files. Report errors
  instead of displaying bogus stats.

* Split main() into run() and a short main() with os.Exit logic, so
  deferred functions run regardless of exit path.

* Close dangling filehandle when cgroup_cidfile succeeds.

* Fix slight divide-by-zero opportunity when elapsed==0.

* Fix condition triggering the "could not read cid file" error
  message.

Merge branch 'master' into 3990-owner-when-rerunning-pipeline

closes #3882
Merge branch '3882-cancel-already-cancelled-job'

3882: update "after_validation :update_timestamps_when_state_changes" to "before_save :update_timestamps_when_state_changes",
and also add comple more test combinations around cancelled state.

Merge branch 'master' into 3882-cancel-already-cancelled-job