Merge branch 'master' into 2761-diagnostic-suite

closes #2875
Merge branch '2875-pipeline-description'

2875: minor text update

2875: collection description is now textile and also the display is updated.

2875: remove junk migration lines

Merge branch 'master' into 2761-diagnostic-suite

Conflicts:
apps/workbench/config/application.default.yml

no issue # fix failing test to use selenium driver

2875: integration tests to verify description on pipeline templates, instances, and jobs.

Updated Gemfile to pull in changes from commit:ac594f1 refs #3187

2875: render template description as textile attribte in show recent page

2875: add description option

2875: add initial description to pipeline instance when created using arv-run-pipeline-instance script

Merge branch 'master' into 2875-pipeline-description

closes #3654
Merge branch '3654-combine-selections'

Merge branch 'master' into 3654-combine-selections

2875: initial description on pipeline instance when the template has no name.

Merge branch 'master' into 2875-pipeline-description

2875: set initial description on the new pipeline instance created by running a template.

Bug fix: manifests with extra spaces

Extend the regular expression to match manifest_text to permit more than
a single space in manifest entries (seen in e.g. 91534558193f42a2f7f8aca872e5a78d+15723)

No issue #

3654: disable search icon collection show page rather than hide it when it is not applicable.

Merge branch 'master' into 3654-combine-selections

Merge branch 'master' into 2875-pipeline-description

Conflicts:
services/api/app/models/pipeline_instance.rb
services/api/db/structure.sql

2875: add new partial to display name and description.

Merge branch '3187-start-finish-timestamps-tasks-pipelines' refs #3187

Fixed typo Y% -> %Y

3654: update tests to match the selection dropdown text changes.

2875: add description to jobs and pipeline_instances.

Merge branch 'master' into 3654-combine-selections

3654: move the checkbox to the left of the row in collection show page. also, fixed a bug where the newly added selection dropdown shows up in the collection file chooser popup.

3187: Update the task start time when the task actually starts.

Fallout from #3036: the test for the checkbox value on acceptance of the
user agreement was expecting a keep hash, rather than an Arvados UUID.

This fixes accepting the user agreement (if one or more are present).

refs #3036

3654: add a default name to newly created combined collection

Merge branch 'master' into 3654-combine-selections

Clean up manifest whitespace in split-fastq.

The previous code was generating two spaces between the stream name
and block list, because it had the space from as_manifest() as well as
its own join.  This yielded an invalid manifest.

No issue #.

2761: update comment

2761: input selection revisited

Merge branch 'master' into 3187-start-finish-timestamps-tasks-pipelines

Merge branch 'master' into 2761-diagnostic-suite

2761: file path needs lookup in prevew panel

Prevent PySDK CollectionReader from sending UUIDs to Keep.

No issue #.  I tickled this while I was working on #3147.  Ward saw
the apparent symptom come up in a Job log, so I'm pushing the fix at
his request.  I have a test prepared in my branch, along with a bunch
of test infrastructure.

2761: test in staging.

Merge branch 'master' into 2761-diagnostic-suite

2761: wait for the pipeline run to complete or until wait time exceeds.

3846: Improve timeout handling in PySDK KeepClient.

* Catch socket errors (including timeouts) and treat them as
  transient with regard to retry logic.
* Increase the default timeout to 5 minutes.  Given how long it can
  take to PUT 64MiB to a proxy and wait for two servers to return
  success, this seems like a reasonable default.  Future improvements
  could set different timeouts based on the request type and whether
  or not we're talking to a proxy.

Closes #3846.

Merge branch 'master' into 2761-diagnostic-suite

2761: test updates to be able to handle multiple inputs

3842: Keep::Manifest concatenates file information from manifest.

The previous implementation failed to consider the possibility that
file information would be spread across multiple lines of a manifest.
This would cause, e.g., the same file to be yielded many times from
each_file.

This requirement makes it impossible to return file size information
without parsing the entire manifest.  Because of that, I have reworked
the Ruby SDK API so that method names are more consistent with their
performance characteristics.  I have also added some methods to do
some basic file existence checking that do not require parsing the
whole manifest.

Closes #3842.  Refs #3720.

2761: load inputs dynamically

2761: diagnostics testing config in application.yml

3187: Record started_at and finished_at for tasks and pipelines.

2761: use application.yml to configure diagnostics testing

Merge branch 'master' into 2761-diagnostic-suite

Merge branch 'master' into 3654-combine-selections

3654: display show icon for files only when the file suffix is one of txt, gif etc. Also, fixed a bug in summary html where the collection show was failing when finished_at is not available.

#3830: Make crunch-job's git calls more robust.

* Check git's exit status and only continue on 0.
* Log git's exit status after optional calls.
* Always log the resolved commit hash when it's found.

Hopefully this will prevent a recurrence of refs #3830, or help rule
out some possibilities if it does happen.  Tested by hand on 4xphq.

3187: Migration to add started_at and finished_at to job_tasks and pipeline_instances.

Merge branch 'master' into 3654-combine-selections

Merge branch 'master' into 2761-diagnostic-suite

2761: diagnostics testing

Merge branch '3453-arv-list-docker-images' closes #3453, #3472, refs #3125

3453: Rename check_project_exists to desired_project_uuid.  Now raises and
catches distinct apiclient.errors.Error, ValueError errors for project not
found or invalid uuid.

Merge branch '3586-job-priority' closes #3586

Merge branch 'master' into 3586-job-priority closes #3586

Merge branch '3644-arv-mount-projects' closes #3644

3453: Refactored arv-put to remove support for name links, correctly use
ensure_name_unique to prevent name collisions.  arv-keepdocker should now
correctly handle cases where the user provides a image hash instead of
repository/tag. Fixed tests.

3644: Update tests broken by merge

3823: bug fixes for arvados-bcbio-nextgen.py

Refs #3823

3644: Moved some common regex patterns into SDK

Merge branch 'master' into 3644-arv-mount-projects

3644: Restore 'tag' tests and add 'SharedDirectory' and 'HomeDirectory' tests.
All tests should pass now.

Merge branch '3663-collection-reader-performance'

Closes #3663.

Merge branch 'master' into 3654-combine-selections

3453: Add ensure_unique_name=True to collection create.

3654: redirection to newly created collection is now working.

Merge branch 'master' into 3453-arv-list-docker-images

Added create#ensure_unique_name to discovery document.  "Add a subproject"
button now uses "ensure_unique_name" to avoid errors when the user creates more
than one project called "New project".  refs #3822

3453: Create links and collection objects in the specified project, even if
the docker image has already been uploaded to some other project.

Merge branch 'master' into 3654-combine-selections

3654: slight update to redirect to newly created collection

3654: little cleanup around the post method

3654: use POST method to combine selections.

Updated Gemfile again with published package version.  refs #3822

Merge branch '3822-ensure-unique-names' refs #3822

Conflicts:
services/api/Gemfile
services/api/Gemfile.lock

3822: Updated Gemfile

3822: Fixed use of string instead of symbol in hash, added missing list separator.

3822: Added 'ensure_unique_name' option to #create method for API server to
choose a unique name when there is a name collision in the database.
arv-run-pipeline-instance checks to see if there is an output file with the
same name and contents, and uses 'ensure_unique_name' when creating collection.

3654: combine options is enabled when only data collections are selected in project view.

3654: add selection dropdown to collections page

3654: test update

Merge branch 'master' into 3654-combine-selections

3654: add selection dropdown to collections page

3654: add selection dropdown to collections page

3654: add selection dropdown to collection#show page

3654: add integration and funtional tests for combining collections and collection contents.

Replace all remaining references to Clinical Future with Curoverse.

no issue #

3720: Update arvados Gem versions.

Gemfiles need to be in sync with the latest commit on master.
Refs #3720.

3644: minor control block indentation fix.

3644: Changed so ctime == mtime because ctime is not creation time (arg!).
Added atime.  Tweaked timestamps behavior be a bit more useful.

Merge branch '3720-big-manifest-performance-wip'

Closes #3720, #3806.

3720: Limit Workbench file rendering for large Collections.

Rendering too many files can cause rendering to take too long, and
there's not much point because it can really strain browsers too.
Arbitrarily cap rendering at 10,000 files.