Merge branch '2505-update-docs'

refs #2505

Conflicts:
doc/api/methods/groups.html.textile.liquid
doc/api/methods/users.html.textile.liquid
doc/api/schema/Group.html.textile.liquid

Merge branch '2640-folder-api'

refs #2640

Conflicts:
services/api/app/controllers/application_controller.rb
services/api/config/routes.rb

Remove "Admin Guide" link from left nav.

Fixing indentation. Closes #2688

Merge branch '2612-workbench-displays-user-storage'
closes #2612

Fixed indentation.

Merge branch 'master' of git.curoverse.com:arvados into 2612-workbench-displays-user-storage

Added link to storage page, replaced tabs with spaces.

Fix & test edge cases (no script_parameters), fix pipeline instance fixture UUIDs

Merge branch '2409-remove-unused-controllers'

closes #2409

Add detail about what script_version should look like.

Fix admin user setup instructions, add some missing "bundle exec",
remove unnecessary "Create an API token" section.

Check sanity when applying filters, and provide useful error messages.

Remove excess controllers and routes. Add tests to detect accidental future additions.

Improve examples, explanations, typography, tests

Merge branch 'master' into 2505-update-docs

Conflicts:
.gitignore

Added row to display totals.

Merge branch 'master' of git.curoverse.com:arvados into 2640-folder-api

Conflicts:
services/api/db/schema.rb
services/api/test/test_helper.rb

Rename jresponse test helper to json_response.

Merge branch 'master' of git.curoverse.com:arvados into 2612-workbench-displays-user-storage

Shortened date display, put long date view in mouseover text.

Support filters=[["attr","=",nil]]

Add tests, rename include_indirect to _linked, improve wording in
docs, improve offset/limit validation

Add explanation comments to assertions.

Made sizes human readable, added measurement date column.

Story 2352: Adding state and components_summary is completed.

Merge branch 'master' into 2352-phased-pipeline-instance-state

Added teardown to all tests which resets Thread.current[:user] and friends to
nil.  Fixed one faulty test that turned up as a result of this change.

Security bug fix to act_as_system_user to restore correct user if an
exception is raised.  Also adds tests for act_as_system_user.

Also a minor style cleanup of "== []" to ".empty?" and some additional
checks to test "refuse to activate a user before signing UA".

Merge branch 'master' of git.curoverse.com:arvados into 2612-workbench-displays-user-storage

Working users/storage page!

Have a new view showing users at /users/storage. No storage info yet, but it's a start.

Improve wording of the welcome e-mail a bit.

User.full_name should not contain just a space when first_name and
last_name are not set.

Add a test for that, too.

Properties should not have symbol keys. Our API runs on JSON, which does
not have symbol keys. We want to be consistent in our use of keys, so we
don't use symbol keys within the API server for object properties.

This fixes pre-authenticating users. Again.

Fix test that was expecting a (now) incorrect number of links.

Set default value for

  I18n.enforce_available_locales

in config/environments/test.rb.example

Merge branch 'master' into 2352-phased-pipeline-instance-state

Use the renamed components_look_ready? method during migration.

Rename is_ready method to components_look_ready? and add additional tests for state change.

Create a can_login link for a new user object, even if there are already
stray can_login link objects for another user object with the same
e-mail address in the database. Add a test for that scenario, too.

Add two missing sudo.

Set state during save

Build response objects based on item type rather than list type.

Add unit test for User#owned_items.

2352: Add state to pipeline_instance. Db migration and unit testing.

Add docs for owned_items.

Rename include_managed to include_indirect.

Support limit and offset params in owned_items.

Add owned_items action for groups and users.

Fill in "I'm in a folder" fixtures

Improve permission link examples.

Add some test fixtures that are owned by folders.

Set :null=>false explicitly on timestamp columns.

New versions of Rails do this automatically, but dev instances keep
having edit wars because some of them have never been told to add the
not-null constraint.

Remove _kind columns from schema.

(Seemingly reintroduced by accident in
cc5023d40182e503e8ba109fc86e09efd6337836)

Expose generate_uuid class method, e.g., for making test fixtures.

Add group_class attribute.

Fix failing test in 8d6efcbfb559e377a8f21873b736390035bc44ed.

Permit a job to update its output and log attributes even if those
collections have not yet been registered with apiserver.

Hide refresh button on "show pipeline instance" page.

Add dependency info to Workbench install page. Fix "is_trusted" recipe.

Remove updated_at from API responses.

Describe logins and get_all_logins methods.

Fix up job create/cancel descriptions.

Clean up API schema and method pages.

Fill in missing object descriptions.
Remove redundant updated_at attributes.
Move methods sections from schema pages to method pages.
Remove some unnecessary empty sections.
Remove obsolete Commit and CommitAncestor.

Remove spurious "destroy" methods from API docs.

Remove spurious "show" methods from API docs.

Use "filters" instead of "where" in examples and docs. Remove
references to unsupported "q" and "pageToken" parameters.

Accept minimum_script_version, excluded_script_versions, and
find_or_create flag as parameters to create, instead of treating them
as if they were attributes of the Job resource.

Accept find_or_create as a positive flag, rather than no_reuse as a
negative flag.

Behave as requested by the find_or_create flag even if
nondeterministic=true in the submitted job: i.e., a client can use the
find_or_create feature when submitting a job which itself will never
be reused. (It's up to the client to decide whether this is ever
useful.)

For now, both old and new flag names/locations are accepted and
supplied by API server and arv-run-pipeline-instance respectively.

Extricate flags controlling jobs.create behavior from the Job resource itself.

Fix here-doc usage.

Clean up .gitignore files

Reorganize Keep code in preparation for dividing into modules.

Refs #2620

Add Postgres setup instructions. Fix missing "bundle exec".

Fix missing --format=uuid, fix obsolete version=repo:commit example.

Fix up MD5 and Git capitalization/typeface and some Git vocabulary

Fix up SSH capitalization/typeface

Add missing </span> tag.

Add instructions for Ruby and bundler. Add missing dependencies.

Fix typo

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

Conflicts:
apps/workbench/app/helpers/application_helper.rb

Thumbnail behavior now conforms to original story
Added documentation to a few methods

Merge branch '2596-refactor-pipeline-create'

closes #2596

Merge remote-tracking branch 'origin/master' into 1971-show-image-thumbnails

Fix errant use of symbol vs. string

Fix unwarranted use of instance variable.

Merge back-to-back condition blocks with the same condition.

Merge branch 'master' into 2596-refactor-pipeline-create

Conflicts:
apps/workbench/app/helpers/application_helper.rb

Remove bootstrap_components logic from Workbench, now that it happens
automatically on the API server side.

Fix, and tests for, PipelineInstance#bootstrap_components

Merge branch '2449-keep-index-status-handlers'

Closes #2449, closes #2603, closes #2561.

Increased wait time on capybara test to reduce chance of failure.

Merge branch '2376-show-collection-tags-everywhere'

Conflicts:
apps/workbench/app/controllers/actions_controller.rb

Check that specified Keep volumes actually exist.

Incorporates code review for #2449. Refs #2561.

Fixed error reporting when head/tail_uuid don't match head/tail_kind for links.
Added a couple more tests.

Merge branch '2488-jobs-pipeline-doc'

Fixed typo in application_helper.rb
Removed commented out line in application.html.erb

Merge branch 'master' into 2449-keep-index-status-handlers

Add a device_num field to status.json output.

Include the underlying device number (as returned by stat(2)) in
status.json output, so clients can see if two Keep directories are
located on the same underlying volume. Refs #2561.

Parameterize the 'arv' command so that it can be specified with an environment
variable to make it easier to run with the right environment for development.