Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

refs #1912
* ssh-access tweaked to emphasize need for user to use their own user name and not 'you' and changed example ssh config to use *.qr1hi to *.arvados
* tutorial-firstscript suggests using nano to edit files instead of leaving the user hanging
* Fixed inconsistent keep locators for manifests caused by removal of +K@qr1hi from locators
* Removed +K@qr1hi from all locators used in examples

More clinicalfuture.com -> curoverse.com

Fixed spaces in manifest stream names.  Refs #1849.

Fixed spacing on dashboard and generic table page when tables are empty.

Do not attempt to load authentication config file unless it exists.

closes #1915

Fix "ignore client-provided values for protected auditing attributes"

(Broken by 976a754dc7fceee767322ae964c287b63595211f)

Remove boilerplate comments and unused test fixtures.

refs #1696

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

Fixed Python SDK to quote/unquote spaces when reading/writing manifests.  Refs #1849

Inactive users can get a list of Keep disks.

(Otherwise they cannot retrieve user agreements.)

arv-get replaces spaces in get_prefix with \040 to match the manifest.  Refs #1849

Merge branch '1510-arv-tag-unit-tests' of git.clinicalfuture.com:arvados into 1510-arv-tag-unit-tests

Conflicts:
sdk/cli/test/test_arv-tag.rb

Clean up tests with "assert_tag" method, remove non-working test. Fixes #1510.

Adding arv-tag unit tests.

Also:
Fix return value for deleting multiple links.
Clean up arv-put unit test code.

Command-line clients use $HOME/.config/arvados for config settings.

Logging out now returns you to the login page, rather than an empty "you have logged out" page.  Refs #1865

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

Moves "add new item" button from bottom of the page to the top.  Refs #1877

Do not show user agreement inline unless site config says so. Remove
superfluous dialog box presentation, and use agreement filename as
page title if there is only one.

refs #1694

Fix user_agreements.sign when collection uuid has +size hint.

refs #1694

Fix user_agreements_controller.table_name so generic list method works.

refs #1871

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

# Please enter a commit message to explain why this merge is necessary,
# especially if it merges an updated upstream into a topic branch.
#
# Lines starting with '#' will be ignored, and an empty message aborts
# the commit.

Story 1879 "log" link on dashboard links directly to log file.

Fix incorrect find(), should have been find_by_uuid()

refs #1871
amends 463e996ae5276dc41deca98cb444c802e6f5e251

Reload the target object before updating if it is marked read-only
(e.g., it was retrieved using a join). Also, fix error response when
update is called on a non-existent object.

Prevents ActiveRecord::ReadOnlyRecord error.

refs #1871
amends 92d1022d103b58ddad0427736a776a27f198667e

With where={"any":["contains",X]}, search all text and string columns.

closes #1867

If a GET fails while looking up a friendly name, skip the hyperlink
instead of crashing.

Also, move the "choose a friendly name" logic from helper to model.

refs #1871

Adding arv-tag unit tests.

Also:
Fix return value for deleting multiple links.
Clean up arv-put unit test code.

In collections.create, set owner to root and add a permission link
rather than setting owner to current_user. This gives the expected
behavior when two different users create identical collections: both
users can read the resulting object.

closes #1870

Obey permissions when retrieving object by UUID.

closes #1871

Lowercase model name in discovery document, like the real parameter name.

closes #1869

Fix sending resource body to server.

Resolves "Error: #<ArgumentError: No {model} hash provided with request>"

refs #1869

Merge branch '1510-arv-tag-unit-tests' of git.clinicalfuture.com:arvados into 1510-arv-tag-unit-tests

Command-line clients use $HOME/.config/arvados for config settings.

Merge branch '1748-workbench-view-files'

Moved "size" column to last and added SI order of magnitude suffixes instead of showing raw byte counts.

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

# Please enter a commit message to explain why this merge is necessary,
# especially if it merges an updated upstream into a topic branch.
#
# Lines starting with '#' will be ignored, and an empty message aborts
# the commit.

Merge branch '1499-workbench-tags'

Switch to rounded search box style on collections page, to match home page.

refs #1499

Merged 1862-show-object-links into master

Merge branch '1499-workbench-tags'

closes #1499

Fix test setup.

Even if ./tmp/ already exists, we might need mkdir ./tmp/empty_dir

Add collection search box on home page.

refs #1499

Use symbol keys to access request parameters.

Allow admin client to create API tokens for other users.

refs #1680

Unescape filenames from manifests. refs #1849

Update query in browser location bar when showing search results.

refs #1499

Fix crash if no search parameter given.

refs #1499

Reworked Files tab of collection view a bit.

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

Finished improving rendering of UUIDs for now.

Merge commit '030d673e455ac7fa92732eafe95f1db12f6a46b6' into 1862-show-object-links

Merge remote-tracking branch 'origin' into 1862-show-object-links

Add AJAX tag search box to collections.index page.

refs #1499

Update collections index to match front page table, and add tags column.

refs #1511

Still working on link naming

Improving link names

Command-line clients use $HOME/.config/arvados for config settings.

Add arv-tag to arvados-cli package

Typo fix

Hide fetch_url column on repositories page. closes #1863

Remove debug message

Fix crash when a discovered parameter is not supplied. closes #1866

Workbench explicitly requests 1000 results instead of getting the default
result list from the API server (which is only 100 results)

Object pages now show incoming/outgoing links.

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

# Please enter a commit message to explain why this merge is necessary,
# especially if it merges an updated upstream into a topic branch.
#
# Lines starting with '#' will be ignored, and an empty message aborts
# the commit.

Documentation tweaks based on Nadia's feedback.

Merge branch '1530-arv-tag-commands'

Complete `arv tag add' and `arv tag remove' support (fixes #1530)

Default redirect to workbench in production configuration to workbench.`hostname`

Fix mime-type lookup.

refs #1813

Added redirect to config file.

Merge branch 'master' of git.curoverse.com:arvados

Remove hardcoded references to Arvados Workbench, replace with
config.site_name. Also improve wording on the welcome page.

Add "Links" entry to Data menu. closes #1852

Add "arv delete" example.

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

Add "Links" entry to Data menu. closes #1852

Tweaked user home template to make theming easier.

Add "arv delete" example.

Bug fixes (API requires request to be delivered in request_body)

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

Added theme support to workbench.

Bug fixes.

Fix up collection links on workbench home page.

Fix up "age" column contents on workbench home page.

Fix check for whether adding response[:_profile] is safe. refs #1815

Merge branch '1788-support-and-feedback'

Merge branch '1792-workbench-performance'

Obey profiling_enabled config. refs #1815

Use operating system's bundled CA certificates if available.

refs #1782

Show some params in profiling output. refs #1815

Show profile data in log if config.profiling_enabled. refs #1815

Added 'add' and 'remove' functionality.

Missing period.

Added more links

Added mailing lists, irc

Provide response[_profile][request_time] if requested by client. refs #1815

Ask API server for profile information. refs #1815