closes #4902
Merge branch '4902-use-fixture-to-rerun-pipelines'

Merge branch 'master' into 4902-use-fixture-to-rerun-pipelines

refs #4878
Merge branch '4878-rerun-job'

4878: add back the tab buttons partial.

Merge branch '4878-rerun-job-bcs-wip'

Closes #4878, #5067.

4878: Refactor Workbench "Re-run job" button for more code reuse.

* Avoid adding new routes: add the modal directly to the job show
  page, and submit the new work with the existing job creation route.
* Fix id references; e.g., for labels.

4902: re-run pipeline instance tests use fixtures instead of creating a new pipeline to be re-run.

4878: update the popup display to not display radio button when only "use same" option is available.

Merge branch 'master' into 4878-rerun-job

refs #4523
Merge branch '4523-search-index'

4523: a little bit simpler script

Merge branch 'master' into 4523-search-index

Merge branch '5087-fix-crunch-sigpipe-wip'

Closes #5087, #5089.

5087: crunch-job installer feeds tar incrementally.

When the input we give to tar is large enough (greater than 4-5MiB),
writing it all in one shot causes tar to die, and crunch-job to get
SIGPIPE.  Prevent this by feeding the input to tar in a series of
smaller writes.

4878: show only the re-run popup option

Merge branch 'master' into 4878-rerun-job

Wording tweaks for doc.arvados.org.

No issue #

Merge branch '4340-arv-ws-fix-ssl-warning'

Closes #4340

Merge branch 'master' into 4340-arv-ws-fix-ssl-warning

A few tweaks based on review feedback.

refs #4340

Merge branch '5010-trash-button-for-collections'

Fixes #5010.

5010: fixed integration test

Fixed a failing integration test that checked for the presence of a
collection in the Home project after being deleted.  Removed the
assertion that checked the Home project post-deletion.

arv-ws should prefer system's CA certificates (if available).

closes #4340

Merge branch '0000-workbench-user-profile-wording-changes'

No issue #

Merge branch 'master' into 0000-workbench-user-profile-wording-changes

refs #4926 Merge branch '4926-getting-started'

more typos

minor typos

5010: updated functional tests for new trash behavior

Renamed "project admin can remove items from the project" to "project
admin can remove collections from the project" and updated it to verify
that the target collection has actually been made inaccessible to API
queries.

Added "project admin can remove items from project other than
collections" test to verify that objects which don't support expires_at
continue to exhibit the old behavior.

4878: now the test works!

4878: add integration test for Re-run job with options.

Merge branch 'master' into 4878-rerun-job

4878: rerun job with options popup

Merge branch '4889-crunch-deadlock'

Fixes #4889.

4889: improve error message, unit test

Per review in #4889-17:

Updated the CopyPipeToChan error message to be more descriptive, for the
benefit of anyone reading log output.

Corrected the test to confirm that the error message is received even if
the child process does not close the stderr log (which matches the usage
patterns in production).

Merge branch 'master' into 0000-workbench-user-profile-wording-changes

4926: typos & rewording

4889: added CopyPipeToChan unit test

Added TestCopyPipeToChanLongLines test to confirm that when
CopyPipeToChan attempts to read a line too long for bufio.Scanner, that
it generates an error message on the output channel.

Merge branch 'master' into 4523-search-index

4523: add a new migration script that invokes search_index migration down and up methods when a search_index with description is found (due to an earlier migration of search_index with descriptions).

refs #4523
Merge branch '4523-search-index'

4523: do not include descriptions in search index and update tests accordingly.

5010: remove_items sets the expired_at date if available

On objects which support expired_at, remove_items will set that date
rather than moving them out of the current project.

4889: close the child stderr pipe before returning

Updated CopyPipeToChan to close the child's stderr pipe before
returning, so that even if it returns for some reason other than
EOF (e.g. line too long) the child will not deadlock on writing stderr
output.

Merge branch '3021-api-performance' refs #3021

4967: Fix API server Gemfile.

I'm kind of at a loss to explain what happened here.  Refs #4967.

4967: API server bundle uses bugfixed crunch-job.

Refs #4967, #4970.

Merge branch '4967-crunch-mount-cleanup-wip'

Closes #4967, #4970, #5039.

4967: crunch-job unmounts old Keep mounts more robustly.

The previous version looked for mounts under $JOB_WORK before
unmounting anything.  We long ago started mounting under $TASK_WORK,
so unmounting hasn't been working for a while.  This version unmounts
every FUSE mount with "keep" in the path, so it will be much more
flexible.

I also changed the cleanup to use bash -e, so the logs are more likely
to indicate if there was trouble during the cleanup step.

4926: Added 'getting started' section with three image galleries.

Merge branch '5016-ctrl-c-arv-ws' closes #5016

5029: API server uses bugfixed crunch-job.

Refs #5029.

5029: Fix crunch-job logging when SDK requested+virtualenv unavailable.

* Properly concatenate the message.

* Query and log installed SDK packages in this scenario, since we
  might fall back to what's available in the Docker image.

Closes #5029.

refs #4926
Merge branch '4926-browser-based-upload'

4926: move tutorial_expectations into sections that are describing command line tools.

Merge branch '4838-fuse-executable-files' closes #4838

4838: Set +x on all StreamReaderFiles

3021: Merge branch 'master' into 3021-api-performance

3021: Use Marshal dump/load to save @old_attributes. Otherwise, hashes
in @old_attributes can contain references to objects that can be
mutated by callers, which could result in the new attributes being
logged incorrectly as old_attributes.

3021: Replace more "render json:..." with faster Oj.

4926: add description with section links

Merge branch '4840-workbench-selections-action-forms-wip'

Closes #4840, #4996.

4840: Workbench selection actions are submitted by POST.

The previous implementation could get 414 Request URI Too Long
responses by stuffing a large number of selections into the link href.
This commit sidesteps that problem by POSTing the data with a hidden
form instead.  It's based on rails-ujs' strategy for handling links
with data-method that we were already using for some selection
actions, so it should be minimally disruptive.

4840: All Workbench selection links toggle dropdown.

4840: Restore checkbox to project Pipelines and Jobs tab.

Merge branch 'master' into 4926-browser-based-upload

5016: PollClient.run_forever() polls self.stop() in order to have a chance to process KeyboardInterrupt.

closes #3686
Merge branch '3686-sharing-repositories'

3686: ensure Advanced is always the last pane even after adding the Sharing pane.

Merge branch 'master' into 3686-sharing-repositories

Merge branch '4922-google-api-client-force-install'

Fixes #4922.

4922: force google-api-python-client install

Install google-api-python-client with 'pip install -I' to fix the case
where the Docker image already has an older version of
google-api-python-client installed.

Update bundle. refs #3021

Merge branch '3021-workbench-perf' refs #3021

3021: Reset API fixtures before running the first test case.

3021: Do not drop/create API database at startup if run-tests.sh has done that for us.

3021: Revert "3021: Do not drop/create API database at startup: run-tests.sh does that for us."

This reverts commit 591446b97754292031a4214f08039adebd56cfe8.

3021: Merge branch 'master' into 3021-workbench-perf

3021: Do not show user notifications on error pages.

3021: Update Gemfile for Ruby SDK bugfix.

Merge branch '3835-pysdk-keep-exceptions-wip'

Closes #3835, #4972.

3021: Remove reference to deleted speclist arg.

3835: PySDK raises NotFoundError when all Keep services report such.

Previously, we raised this error when >= 75% of services reported
such, as the most reasonable available cutoff to make the
distinction.  Now that Keep exceptions include detailed information
about the error from each service, it seems useful to make this
threshold stricter, and only raise NotFoundError when we're sure
that's the problem.  See further discussion from
<https://arvados.org/issues/3835#note-11>.

3835: Improve error reporting in PySDK Keep client.

* Create a KeepRequestError base exception to store information about
  errors encountered when talking to Keep services, and include those
  in the default formatting.
* Include Keep service error information in exceptions raised by the
  Keep client.

Merge branch 'master' into 3686-sharing-repositories

4926: trailing white space

Merge branch 'master' into 4926-browser-based-upload

4926: minor text update

Reduce file_names limit to 2^12. refs #4523.

4926: improved image quality

Merge branch 'master' into 4926-browser-based-upload

closes #4523
Merge branch '4523-search-index'

4926: download images

4926: expand downloading data section

Merge branch '4523-search-index-TC' into 4523-search-index

Conflicts:
services/api/test/integration/collections_api_test.rb

4523: Clear up manifest-signing vs. locator-signing.

4523: update signed_locator in test

Merge branch 'master' into 4926-browser-based-upload

Merge branch 'master' into 4523-search-index

4523: try to resolve column order by down and up migrations through VERSION=20140817035914