Merge branch '5288-arv-copy-documentation' refs #5288

Note #16

Note #15

added note #13

closes #6219
Merge branch '6219-fuse-performance-testing'

Merge branch 'master' into 6219-fuse-performance-testing

Fixed more syntax errors

Fixed syntax

Fixed more comments

Fixed some changes but need to add copy git repos

added png and need to switch to 6014 to grab the url

Merge branch '6484-fuse-fsync-erofs' closes #6484

Merge branch 'github-3408-production-datamanager' refs #3408

Merge branch 'master' into github-3408-production-datamanager

Conflicts:
services/datamanager/keep/keep.go

Merge branch 'master' into 6219-fuse-performance-testing

closes #6014
Merge branch '6014-repo-creation-doc'

Merge branch 'master' into 6014-repo-creation-doc

added _arv_copy_expectations

API server installation doc clones arvados over the network.

Now that we've moved away from a source-based install, there isn't
necessarily a checkout anywhere on the host.  This is most likely to
work.  No issue #.

6484: Ignore filehandle flush if object is not writable.

closes #6445
Merge branch '6445-incorrect-task-runtime-calc'

6014: minor updates

6445: update the job status line also to use the job's finished_at time when task has none.

Merge branch 'master' into 6445-incorrect-task-runtime-calc

6014: Add "add new repository" page to create a tutorial repository, and update the tutorial-submit-job page to use the tutorial repository.

Ready for review

changed formatting of cluster1 and cluster2

changed arv-copy expectations and moved around words in the html file

changed formatting and added words

Added documentation for copying collections and pipeline templates and instances

refs #6279
Merge branch '6279-web-shell-client'

6279: open the webshell client in a blank window.

Merge branch '6569-smarter-jobs-image'

closes #6569

Merge branch 'master' into 6569-smarter-jobs-image

Change _config.yaml to point to arv-copy.html.textile.liquid

Merge branch '6279-web-shell-client' closes #6279

6279: Hide "reconnect" button because it doesn't auto-login.

6279: Provide feedback that authentication token has been sent.

6279: Do not retry a request that "timed out" in less than 2 seconds.

In this case it's probably not a timeout -- more likely a CORS problem
that the browser is not allowed to report to the Javascript program.
In such cases, retrying ad infinitum will not help.

6279: Do not set content-length headers in XHR.

According to error messages in Chrome console:

Refused to set unsafe header "Content-Length"
  ShellInABox.sendRequest @ shell_in_a_box.js:178
  ShellInABox.onReadyStateChange @ shell_in_a_box.js:206
  (anonymous function) @ shell_in_a_box.js:183

6279: Move keyboard assets to /public/webshell/

Make sure to add python-virtualenv to the Docker arvados/jobs image.

refs #6569

6445: when a task does not have finished_at time, use the finished_at time from it's job - if one is available.

Merge branch '6222-memory-status' refs #6222

Merge branch 'master' into 6569-smarter-jobs-image

Merge branch '6218-python-sdk-perf' closes #6218

6218: Generate profiling data for a few arvados.collection.Collection scenarios.

Make sure that mkimage-debootstrap.sh uses -f when tagging docker
images.

refs #6528

Make sure that mkimage-debootstrap.sh does not try to do an interactive
docker run when there's no tty.

refs #6528

Make the arvados/jobs image leaner.

refs #6569

6279: Move webshell action into VirtualMachinesController, tweak formatting & config.

* Document config var

* Accept formatting references like %{hostname} and %{uuid} in config
  var instead of always appending "/#{hostname}"

* Fix favicon, js, and stylesheet paths (use asset_path helper); move
  js and css into public/webshell/

* Use j() quoting helper in js.erb

6279: added shell_in_a_box url as comment

6279: Noticed that enabled.gif is also needed. I see this one when I use the right mouse click in shell_in_a_box terminal,
and use the reset option. Added this gif.

6279: add some comments

i6279: The '-' and '_' are not working in Firefox. Upon googling, found this URL that suggested a workaround:
https://code.google.com/p/shellinabox/issues/detail?id=202

Merge branch 'master' into 6279-web-shell-client

6279: if hostname ends with .shell, strip it.

6358: Declare FUSE driver's dependency on llfuse >= 0.40.

The workaround added in 08284382 requires this version.  Below that,
llfuse's Queue at least lives in a different place.  We may be able to
support older versions with more nuance, but for now, just codify the
current reality.

Closes #6358.  Refs #3198.

qiuck fix to arvados-pam vulnerability

no issue #

Merge branch '6377-dev-startup' refs #6377

Merge branch 'master' into 6279-web-shell-client

Merge branch '6384-libpam-arvados'

closes #6384

Whitespace fixes

refs #6384

Merge branch 'master' into 6384-libpam-arvados

6384: reverting names

Rename file

refs #2256

Fix path for arvados_pam.py

refs #2256

Fix typo.

refs #2256

added /etc/default/arvados_pam as a parameter

refs #6512

Fix typo. No issue #

6377: Update docs to use application.yml instead of omniauth.rb for SSO config.

6377: Fix crash if no asset pipeline.

6377: Update ruby to 2.1.6. Remove bundler version pin (not needed since ca1d997).

6377: Avoid "incompatible encoding" errors by using blank template0 instead of site-specific template1.

6377: Fix reversed condition in "site application.yml is optional" fix.

6377: Use fork of themes_for_rails with fixed gemspec.

Allows installing with current bundler versions, which treat the invalid
gemspec as an error.

6377: Support loading omniauth config from application.yml.

Merge branch 'master' into 6279-web-shell-client

6279: add login link in VM panel of manage_account page that takes user to shell_in_a_box.

Merge branch '5989-api-all-repos-permissions-wip'

Closes #5989, #6479.

5989: API repo perms method always returns all repos.

Previously the method would not return repositories that were not
accessible to any authorized key.  This change helps deployment tools
like update-gitolite do repository setup correctly with a single API
call.

6377: Missing application.yml is not an error.

6222: Add memory stats to status.json.

Reduce malloc activity in status.json.

Remove abandoned GetVolumeStatus, and move its tests over to
volume_unix_test.go.

Add arvados_pam.py and shellinabox pam configuration file.

Refs #2256

5989: bug_1 added puppet repository patch

this is duplicated code from:

puppet/modules/arvados-git-server/templates/usr-local-arvados-update-gitolite.rb.erb

I just copy the code that was there

5989: create directory structure for temp files

refs #5989 bug_1

Merge branch '5677-plpgsql-warning' closes #5677

5677: Edit structure.sql after db:structure:dump: avoid warnings when loading, and editwars when committing.

closes #6466
Merge branch '6466-disable-public-projects'

Merge branch 'master' into 6466-disable-public-projects

Merge branch '6438-multiplatform-install-guide-wip'

Closes #6438, #6455.  Refs #6388.

6455: Include more steps in Crunch install docs.

* Document the necessary API server configuration change for
  crunch-dispatch.
* Document Docker installation.
* Note compute node crunch users need to be in the fuse group.

6438: Modernize Rails server installation guides.

Document the package-based installation procedure, and associated
Nginx configuration.

6388: Add CentOS 6.6 instructions to install docs.

6219: remove couple profiling statements for the tests.

6219: refactor functions and profile smaller fuse related blocks of code

6466 - Update body html for enable public page and added tests to project controller test.

6219: profile even smaller portions of code

closes #6013
Merge branch '6013-cleanup-setup-impl'

6013: revert back the deactivate user button leading text in workbench user admin page.