Ready for review

changed formatting of cluster1 and cluster2

changed arv-copy expectations and moved around words in the html file

changed formatting and added words

Added documentation for copying collections and pipeline templates and instances

Change _config.yaml to point to arv-copy.html.textile.liquid

6358: Declare FUSE driver's dependency on llfuse >= 0.40.

The workaround added in 08284382 requires this version.  Below that,
llfuse's Queue at least lives in a different place.  We may be able to
support older versions with more nuance, but for now, just codify the
current reality.

Closes #6358.  Refs #3198.

qiuck fix to arvados-pam vulnerability

no issue #

Merge branch '6377-dev-startup' refs #6377

Merge branch '6384-libpam-arvados'

closes #6384

Whitespace fixes

refs #6384

Merge branch 'master' into 6384-libpam-arvados

6384: reverting names

Rename file

refs #2256

Fix path for arvados_pam.py

refs #2256

Fix typo.

refs #2256

added /etc/default/arvados_pam as a parameter

refs #6512

Fix typo. No issue #

6377: Update docs to use application.yml instead of omniauth.rb for SSO config.

6377: Fix crash if no asset pipeline.

6377: Update ruby to 2.1.6. Remove bundler version pin (not needed since ca1d997).

6377: Avoid "incompatible encoding" errors by using blank template0 instead of site-specific template1.

6377: Fix reversed condition in "site application.yml is optional" fix.

6377: Use fork of themes_for_rails with fixed gemspec.

Allows installing with current bundler versions, which treat the invalid
gemspec as an error.

6377: Support loading omniauth config from application.yml.

Merge branch '5989-api-all-repos-permissions-wip'

Closes #5989, #6479.

5989: API repo perms method always returns all repos.

Previously the method would not return repositories that were not
accessible to any authorized key.  This change helps deployment tools
like update-gitolite do repository setup correctly with a single API
call.

6377: Missing application.yml is not an error.

Add arvados_pam.py and shellinabox pam configuration file.

Refs #2256

5989: bug_1 added puppet repository patch

this is duplicated code from:

puppet/modules/arvados-git-server/templates/usr-local-arvados-update-gitolite.rb.erb

I just copy the code that was there

5989: create directory structure for temp files

refs #5989 bug_1

Merge branch '5677-plpgsql-warning' closes #5677

5677: Edit structure.sql after db:structure:dump: avoid warnings when loading, and editwars when committing.

closes #6466
Merge branch '6466-disable-public-projects'

Merge branch 'master' into 6466-disable-public-projects

Merge branch '6438-multiplatform-install-guide-wip'

Closes #6438, #6455.  Refs #6388.

6455: Include more steps in Crunch install docs.

* Document the necessary API server configuration change for
  crunch-dispatch.
* Document Docker installation.
* Note compute node crunch users need to be in the fuse group.

6438: Modernize Rails server installation guides.

Document the package-based installation procedure, and associated
Nginx configuration.

6388: Add CentOS 6.6 instructions to install docs.

6466 - Update body html for enable public page and added tests to project controller test.

closes #6013
Merge branch '6013-cleanup-setup-impl'

6013: revert back the deactivate user button leading text in workbench user admin page.

6013: update user notification email upon setup.

6013: remove "repository" from user setup popup in workbench

6466:Added config parameter to disable public projects page and added a test to projects controller.

Merge branch '5989-bug_1' merge with puppet repo "copy and paste" to sync up duplicated code.

refs #5989

5989: bug_1 added puppet repository patch

this is duplicated code from:

puppet/modules/arvados-git-server/templates/usr-local-arvados-update-gitolite.rb.erb

I just copy the code that was there

Merge branch '6264-run-command-task-env' refs #6264

6264: Add task.env to documentation.

6264: Support setting environment variables.

5989: create directory structure for temp files

refs #5989 bug_1

Invoke crunch-job with `/usr/bin/env perl`.

No issue #.

Dockerfile had an error. fixed

no issue #

we need to manually install python-pyasn1=0.1.7 python-pyasn1-modules=0.0.5 because apt-get wont resolve correctly.
apt-get install are less quiet now too.

no issue #

6440: Display AJAX errors as text, not HTML. closes #6440

Fix bad CollectionReader reference in arv-put.

No issue #.

Merge branch '6432-pysdk-more-ca-certs-wip'

Closes #6432, #6434.

6432: Python SDK can find and use CA certs on Red Hat.

closes #6234
Merge branch '6234-user-edit-self'

Merge branch 'master' into 6234-user-edit-self

Update arvados_fuse version dependency on arvados-python-client.  refs #3198

Merge branch '3198-writable-fuse' closes #3198

3198: Rename --enable-write to --read-write.  Tweak docs.

refs #6218
Merge branch '6218-add-performance-profiling-to-python-sdk'

6218: update the exception handling.

6218: correct exception handling.

6320: Update Workbench test for active user VM setup.

Now that the test fixtures give the active user access to testvm2,
this test needs to be updated to account for it, just like the API
server tests were.  Refs #6320.

Remove unused modules from PySDK setup.py.

No issue #.

6218: update the symlink and comment

Merge branch '4410-slurm-fails-are-tempfails-wip'

Closes #4410, #6283.

6218: Refactor profiler as a decorator

4410: Crunch retries jobs when all SLURM nodes fail.

See the ticket for detailed background discussion and implementation
rationale, especially notes 13 and 14.

This required a couple of ancillary changes:

* crunch-job now makes a distinction between "task failed because a
  node failed," and "task failed for other temporary reason."  It uses
  this additional information to decide when it should retry tasks
  itself, and when it needs to give up and kick the problem up to
  crunch-dispatch.

* crunch-job now handles creating log collections itself from
  manifests generated by arv-put.  This enables it to append to logs
  generated during previous attempts to run the job.

4410: crunch-dispatch logs crunch-job exit later.

This makes it easier to log the exit code, and makes the logs look
nicer because the exit log doesn't interrupt crunch-job's stderr.

6218: fix typo in sample test

6218: add performance profiling and a sample test in python sdk.

3198: Fix test

3198: concurrency test and associated fixes

WIP

Merge branch '6320-api-logins-include-groups-wip'

Refs #6320.  Closes #6325.

6320: API virtual machines login method include groups information.

This is necessary for the virtual machine user setup script to see the
groups information added in #6254.

This required updating a few tests that assumed the active user had no
access to testvm2.

6320: Add tests for API virtual machines login method.

closes #6156
Merge branch '6156-hostnames-in-nodes'

6156: convert the ping-should-fail test when hostname config is malformed into a controller test.

Merge branch 'master' into 6156-hostnames-in-nodes

refs #6277
Merge branch '6277-manifest-validation-api'

6277: since locators are added to multilevel_collection_1 fixture, the collection retrieved after an update will have
a signed manifest; hence, the test needs to compare the old manifest with the new one after stripping signatures.

refs #6277
Merge branch '6277-manifest-validation-api'

6277: rename the before_validation filter check_manifest_validity as log_invalid_manifest_format until we are ready to actually validate manifest formats.

Merge branch 'master' into 6277-manifest-validation-api

6156: use only sprintf formatting for node slot_number config.

Merge branch 'master' into 6156-hostnames-in-nodes

6234: admin user can see other users' home projects; also add link to users' home projects in /users page rows.

6277: Simplify manifest-building loop, fix up truncation tests.

6234: In /users page, display the "Show" button to admin users as well; however, ensure redirection to
projects/{user-uuid} takes user to user's home project while /users/{user-uuid} takes to user's page.
Also, move should correctly display user's home project.

Merge branch '6272-index-eof' closes #6272

6272: Add blank line to indicate index response EOF. Error out of data manager if not received.

Do not blow up if HOME is not set. refs #2256

3198: Add enable_write flag to FUSE and --enable-write and --read-only to
arv-mount.  Update documentation.  Code cleanup in locators_and_ranges() and
set_state().

Merge branch '6222-precompile-regexps' refs #6222

6222: Precompile all regexps. Remove wasted effort in GetBlockHandler.