2857: fix flaky time-sensitive tests

Allow tests to inject a mock Time object into Blob, in order to generate
consistent behavior for tests that rely on permission signatures.

Closes #2857.

2872: update tests to match the new ui

Merge branch '2882-job-process-stats' refs #2882

2955: Renamed script to "cancel_stale_jobs".  Fixed spelling canceled_at -> cancelled_at.

2872: fix test

2961: Added tab_pane query parameter which returns just the desired tab pane partial.

2955: Moved logic to clean jobs table from crunch-dispatch into a standalone
script.

2872: Merge branch 'master' into 2872-folder-nav

Conflicts:
apps/workbench/app/controllers/application_controller.rb
apps/workbench/app/helpers/application_helper.rb
apps/workbench/app/models/authorized_key.rb
apps/workbench/app/models/job.rb
apps/workbench/app/models/pipeline_instance.rb
apps/workbench/app/models/user.rb
apps/workbench/app/models/virtual_machine.rb

2872: Make Show button say Show again. Fix links on collections index.

2871: handle if there is no friendly_link_name in link

2871: remove trailing white space

2871: some more comments

2871: preload objects for dashboard

Merge branch 'master' into 2871-preload-objects

2871: preload_objects_for_dataclass for pipeline instances in dashboard

2871: add preload_objects_for_dataclass method to application_controller

2871: improved link_name retrieval

2865: add traffic_test.py for testing Keep performance.

Refs #2865.

2871: metadata tab using preloaded objects. wow, i can't believe how many api calls are cut down with this :)

2871: add link head_uuids to the list of to be preloaded uuids

2882: Removed unnecessary no_reuse options

Merge branch 'master' into 2871-preload-objects

2955: Sets jobrecord.canceled_at when canceling/failing an orphan job.
arv-run-pipeline-instance recognizes canceled jobs when counting the number of ended jobs.

Merge branch 'master' into 2919-provenance-graph-cutoff

Merge branch 'master' into 2871-preload-objects

2871: metadata page updated to use some preloaded collections and links; not fully done yet.

Merge remote-tracking branch 'origin/master' into 2882-job-process-stats

2882: Improved re-run job buttons on job status page

Merge branch 'master' into 2882-job-process-stats refs #2882

Merge branch 'origin-2939-re-run-job-button' into 2882-job-process-stats

2882: arv-mount restores signal handlers after sp.wait().  Fixed spelling ellapsed -> elapsed.

2871: rename get collections and log collections method names to match the format of links method.

2933: Add Keep signing key configuration to Docker.

This is a little hypothetical until we Dockerize the new Keep server,
but it's necessary to get the API server running.

Refs #2933.

2933: Update Docker to use new Python package build process.

Refs #2933.

2871: get collections methods return all collections for the given uuid.

Merge branch 'master' into 2871-preload-objects

Merge branch 'master' into 2895-no-more-redis

Merge branch 'master' into 2871-preload-objects

2871: add preload methods for collections and logs in application_controller. Use the preload methods in dashboard.

2955: Fixed query of log table that checks for age of last log by an orphan
job.

2955: crunch-dispatch now sends a clean environment to crunch-job. (cherry-picked from #2882)

Conflicts:
services/api/script/crunch-dispatch.rb

2955: Added check that an orphan job hasn't produces any logs for 5 minutes
before automatically failing it.  arv-run-pipeline-instance will identify jobs
that are running=false and success=false as failed even if finished_at is null.

2955: Fixed refresh_running to set finished_at on failed jobs.  Increased
polling period to 30 seconds.

2865: reduce Keep memory usage.

Eliminate ioutil.ReadAll to reduce unnecessary 2x memory allocations.

* PutBlockHandler allocates a buffer exactly as long as
  req.ContentLength and fills it with io.ReadFull.

* GetBlock uses ioutil.ReadFile (which it arguably should have been
  doing in the first place).

Refs #2865.

2955: Periodically compare Job.running to @running and fail any jobs not in
@running.

2872: Fix breadcrumbs on pipeline instance compare page.

2882: Explicit polling frequency

2872: Fix links to collections from folder view.

2953: crunch-job strips permission hints from output manifests.

The API server also strips permission hints from submitted
collections, and will reject it if the specified UUID doesn't match
that result.  As a consequence, this is necessary for crunch-job to
register output with the API server.

Closes #2953.

Merge remote-tracking branch 'origin/master' into origin-2939-re-run-job-button refs #2939

Conflicts:
services/api/db/schema.rb

2872: Do not try to add name links for objects that have their own names

2872: Fix syntax

2882: Added crunchstat service to collect cgroup stats, and added support to
crunch-job.

2895: remove arvados.jobs.log_stream from arv

Merge branch 'master' into 2895-no-more-redis

2871: add helper method to get "n" number of objects of specific dataclass

2872: Fix up log message display on pipeline instance page.

2872: Check "optional" flag too when looking for required inputs.

2872: Fix empty name placeholders.

Merge branch 'master' into 2871-preload-objects

2871: preload links helper method is added to workbench application_controller.

2872: Fix crash on missing object.

2872: Fix total_bytes returning nil.

Fix workbench URL in inactive user notification e-mail.

refs #2681

2872: Treat HEAD same as GET in case we are behind a proxy.

Merge branch '2951-more-robust-fuse-test-teardown'

refs #2951

Retry the fusermount call up to 10 times with a small pause between
calls if it is not successful. This should make the teardown of the fuse
mount more reliable in automated testing.

refs #2951

2872: Filter by tail instead of owner in case api server rule is not in yet.

2872: Ensure friendly_name is always a string.

2872: Add selection checkboxes to folder view. Compare pipeline instances and remove multiple items.

2872: Make infinite scroll work with regular window scrollbars too.

2872: Add "clone and edit" button to pipeline instance page.

2872: Add free text search in chooser.

2872: Fix attribute_editable? to play nicer with group ownership. refs #2872

2893: API server accepts all serialized parameters as JSON.

This commit takes the bugfix that was applied in 135f306e, and ensures
it's applied to all serialized attributes.

2882: crunch-dispatch now sends a clean environment to crunch-job.

2872: Change default order of folder contents. refs #2872

2872: Ensure name link tail_uuid == owner_uuid. refs #2872

Merge branch '2681-new-inactive-user-notification'

refs #2681

Merge branch 'master' into 2681-new-inactive-user-notification

Merge branch 'master' into 2919-provenance-graph-cutoff

2882: Added button to cancel a running job.

2882: arv-mount --exec forwards SIGINT and SIGTERM to the underlying subprocess.

2903: rename db migrate script with clear description

Merge branch 'master' into 2903-remove-pi-active-and-success

Conflicts:
services/api/db/schema.rb

Merge branch 'master' into 2882-job-process-stats refs #2882

Merge branch 'master' into 2681-new-inactive-user-notification

DTRT with system_user in our user test case. Partial revocation of
commit:e9fc734b

Merge branch 'master' into 2919-provenance-graph-cutoff

2919: set the left postitioning for the provenance graph calculated based on the left-nav size

2872: Fix up tests

2872: Add job summary partial.

2872: Fix bugs

2872: Fix some tests and bugs

2752: Show arv-put output on stdin test failure.

2755: Adjust arv-put test invocation.

This method works better with the new test layout.

2919: Reinstated absolute positioning, changed font size so that text is no
longer overflowing the graph boxes and ovals.

2752: arv-put works when it can't write a cache file.

2752: Rename test_arv_put.py.

This allows us to run specific test cases from the command-line.  The
hyphen in the filename prevented that before.

2752/2755: Move test_cmdline code to test_arv-put.

Tim and I wrote tests for arv-put simultaneously.  This commit merges
them together.