22141: Always filter intermediates/logs, use count: none

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

Merge branch '13327-include-container-uuid' refs #13327

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

Merge branch '22133-dependency-upgrades-part-deux'

refs #22133

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

22133: Removes unused lodash.template & lodash.mergewith packages.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

22133: Upgrades path-to-regexp where possible.

There's one package (express) that keeps asking for a vulnerable
version of path-to-regexp.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

22133: Upgrades socks to get a replacement for the vulnerable ip package

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

13327: Fix test

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

22133: Upgrades ws to address CVE-2024-37890

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

Merge branch '22133-dependency-upgrades'

refs #22133

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

13327: Add missing import

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

13327: Fix warnings

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

13327: Remove unused imports

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

13327: Remove commented out code

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

13327: Display an error snackbar if container request can't be loaded.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

13327: Move API revision numbers to symbolic constants

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

13327: Tests should be mostly passing

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

13327: "should show runtime status indicators" test passes again

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

13327: Fix typecheck errors

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

13327: More efficient implementation of the filterResources method

Firefox's built-in javascript profiler indicated that this one method
was accounted for something like 30% of the runtime to load a new page
of results.  (i.e. if it took 1 second to go to the next page, this
accounted for 0.3s of that).

The previous implementation was in a functional programming style that
was egregiously inefficient, by using a reducer that made a copy of
the entire array for every item added to it.

Replaced with a basic imperative implementation that minimizes
redundant copies.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

13327: Fix favorites/public favorites to use group contents API

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

13327: Add test case for using container.state in group contents

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

13327: Fix progress bar and workflow panel.

I think this covers everywhere containers are loaded/displayed.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

13327: Use 'container' filter on container requests with group contents

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

13327: Fix table prefix

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

13327: Working on all processes

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

13327: Using group contents include container_uuid WIP

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

Fix race-sensitive test.

refs #2960

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

22133: Upgrades google.golang.org/grpc to mitigate a potential CWE-200

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

22133: Upgrades styled-components and postcss to address CVE-2023-44270

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

22133: Upgrades micromatch to address CVE-2024-4067

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

22133: Upgrades braces to address CVE-2024-4068

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

22133: Upgrades express to address CVE-2024-43796

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

Merge branch '22124-keepstore-double-slash'

fixes #22124

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

Merge branch '21702-keep-web-replace_files'

closes #21702

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

Update gh action test command. Refs #21720

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Stephen Smith <stephen@curii.com>

22124: Reject requests with double slash, except GET //locator.

Previously we responded to "PUT //locator" with a 301 to a cleaned
path, which did not work because 301 tells clients to repeat the PUT
request as a GET.  Better to just respond 400, since this means the
client is broken or misconfigured.

There may be some clients that have been working successfully with the
301 redirect behavior because they only do GET and HEAD requests.  To
avoid breaking these, we continue to accept "GET //locator" -- but now
we just return the data instead of a redirect to "GET /locator".

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

Merge branch '21121-cluster-activity' refs #21121

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

21121: Fixed upgrading page typo

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

22124: Trim trailing slashes in ARVADOS_KEEP_SERVICES env var.

Accept http://foo:12345/ as a synonym of http://foo:12345 instead of
failing requests with 400 errors later.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21702: Merge branch 'main' into 21702-keep-web-replace_files

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21702: Use Assert when subsequent trials depend on condition.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21702: Clean up formatting of RFC references.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

22133: Upgrades Workbench dependencies to address security issues

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

22133: Upgrades github.com/docker/docker to address CVE-2024-41110

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

21121: Update documentation, some code cleanup and comments.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

Merge branch '21720-material-ui-upgrade'

closes #21720

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21720: changed padding in code-snippet logs

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21720: fixed project test

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21720: fixed flaky process test

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21720: converted groups-panel-middleware-service test

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

Merge branch '21909-r-sdk-3.0'

Refs #21909.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21909: Add Brett Smith to R SDK authors list

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21720: fixed data-explorer-middleware test

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21720: fixed data-explorer.cy spec

* unrecognized char to "-"

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21720: fixed spec in data-explorer.cy.js

* removed an autofocuslistener that didnt matter because it gets covered by popover anyway

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21720: merge cleanup

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

Merge branch 'main' into 21720-material-ui-upgrade

refs #21720

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21720: fixed padding in panel log card lines

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21720: moved search input adornment to fix occlusion with.placeholder text

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21720: removed unnecessary divider

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21720: fixed text color in data explorer

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21720: fixed styling in multi-panel-view

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21720: remobed vestigial info button

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

Merge branch '21893-input-collections-virtual-list' into main. Closes #21893

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Stephen Smith <stephen@curii.com>

21720: refectored listitem icon spacing

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21893: Make linter happy

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Stephen Smith <stephen@curii.com>

Merge branch '17074-optimize-itemsavailable' into main. Closes #17074

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Stephen Smith <stephen@curii.com>

Merge branch '21751-installer-cmk-support'

closes #21751

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

21751: Fixes typo in resource naming.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

Merge branch '22079-pysdk-reference-bugfixes'

Refs #22079.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21893: Add separate custom column width styles for collection input table

Also fix ellipses-ing of collection link

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Stephen Smith <stephen@curii.com>

21751: Adds CMK access policies to compute and dispatcher roles.

When using customer-managed keys, access should be granted explicitly: the
dispatcher needs it to create instances with their EBS volume encrypted
and the compute nodes themselves need it too so that they can start the
ebs-autoscale feature.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

21893: Implement virtual list for process io card input collections tab

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Stephen Smith <stephen@curii.com>

22126: Improve parsing of default values in PySDK reference

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

22126: Improve formatting of method parameter docstrings

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

22126: Improve whitespace in ArvadosAPIClient reference

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

22126: Add defaults to PySDK methods reference

Resolve the issue in the earlier comment by marking parameters with no
advertised default as Optional[T] with a default value None.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

22079: Improve PySDK list method reference

* Add a pointer to the iterator wrapper directly to the `list` method
  docstring.
* Accommodate the special case of the computed permissions wrapper.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

Merge branch '22124-keepstore-put-moved'

refs #22124

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

Merge branch '21900-groups-panel-toolbar'

closes #21900

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

22124: Strip trailing slash on keepstore endpoint.

Fixes double-slash in outgoing requests.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

Merge branch '22017-instance-type-quotas'

fixes #22017

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21702: Revert double-size test case.

Bigger version uses too much memory.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21702: Test & fix COPY with depth 0 and no trailing slash on source.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21909: Add duplicate name error handling in generateApi.R

Special code for this case was added to collections_create in
de8cd4c6a56cac85dbcf7fe1fcb29abe98fe9f18. This extends the code
generation tool to add the check to all create methods where a name
conflict could occur.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21909: Add project permission methods to generateApi.R

This gets generateApi.R to generate the methods that were added in
de8cd4c6a56cac85dbcf7fe1fcb29abe98fe9f18.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21909: Add project properties methods to generateApi.R

This gets generateApi.R to generate the methods that were added in
de8cd4c6a56cac85dbcf7fe1fcb29abe98fe9f18.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21909: Add project_exists method to generateApi.R

This gets generateApi.R to generate the method added in
de8cd4c6a56cac85dbcf7fe1fcb29abe98fe9f18.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21909: Update function and parameter names for compatibility

This gets generateApi.R to generate the same names that were committed
in de8cd4c6a56cac85dbcf7fe1fcb29abe98fe9f18.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

22017: Add interface assertions.

These act as a compile-time unit test for the stub driver.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

22017: Rename InstanceFamily to InstanceQuotaGroup.

"Instance family" is an existing AWS term, and each quota group covers
multiple instance families.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21909: Update R SDK documentation to use R6 style

This provides a nicer presentation, with the class and all its methods
on a single page.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21909: Fix case mismatch between function signature and @param doc

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21909: Remove unused createDoc.R script

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21909: Update R SDK Version

This is usually overridden during the build process anyway, but might as
well update it while I'm at it.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21909: Add a basic build system to R SDK

The R SDK includes committed code and documentation that are generated
from other sources, mainly the discovery document and inline
documentation. Remove those and introduce a Makefile with recipes to
build them all. This will make it easier to keep the R SDK in sync with
Arvados API changes in the future.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21909: Improve R SDK recipe readability

* Use Dir.glob instead of implementing it ourselves
* Use File.basename instead of string slices
* Use system() to avoid a shell and needless output capture

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21909: Turn autoGenAPI.R into a standalone script

This lets someone run it from source before installing the ArvadosR
package.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21909: Add a canonical discovery document to sdk/R

The R SDK uses this to build code and documentation much like the Python
SDK does. We can share infrastructure to keep them in sync.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21909: Remove obsolete API filtering

This code is a noop now that these APIs have been removed entirely.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>