Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

# Please enter a commit message to explain why this merge is necessary,
# especially if it merges an updated upstream into a topic branch.
#
# Lines starting with '#' will be ignored, and an empty message aborts
# the commit.

Merge branch '1499-workbench-tags'

Switch to rounded search box style on collections page, to match home page.

refs #1499

Merged 1862-show-object-links into master

Merge branch '1499-workbench-tags'

closes #1499

Fix test setup.

Even if ./tmp/ already exists, we might need mkdir ./tmp/empty_dir

Add collection search box on home page.

refs #1499

Use symbol keys to access request parameters.

Allow admin client to create API tokens for other users.

refs #1680

Unescape filenames from manifests. refs #1849

Update query in browser location bar when showing search results.

refs #1499

Fix crash if no search parameter given.

refs #1499

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

Finished improving rendering of UUIDs for now.

Merge commit '030d673e455ac7fa92732eafe95f1db12f6a46b6' into 1862-show-object-links

Merge remote-tracking branch 'origin' into 1862-show-object-links

Add AJAX tag search box to collections.index page.

refs #1499

Update collections index to match front page table, and add tags column.

refs #1511

Still working on link naming

Improving link names

Add arv-tag to arvados-cli package

Typo fix

Hide fetch_url column on repositories page. closes #1863

Remove debug message

Fix crash when a discovered parameter is not supplied. closes #1866

Workbench explicitly requests 1000 results instead of getting the default
result list from the API server (which is only 100 results)

Object pages now show incoming/outgoing links.

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

# Please enter a commit message to explain why this merge is necessary,
# especially if it merges an updated upstream into a topic branch.
#
# Lines starting with '#' will be ignored, and an empty message aborts
# the commit.

Documentation tweaks based on Nadia's feedback.

Merge branch '1530-arv-tag-commands'

Complete `arv tag add' and `arv tag remove' support (fixes #1530)

Default redirect to workbench in production configuration to workbench.`hostname`

Fix mime-type lookup.

refs #1813

Added redirect to config file.

Merge branch 'master' of git.curoverse.com:arvados

Remove hardcoded references to Arvados Workbench, replace with
config.site_name. Also improve wording on the welcome page.

Add "Links" entry to Data menu. closes #1852

Add "arv delete" example.

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

Add "Links" entry to Data menu. closes #1852

Tweaked user home template to make theming easier.

Add "arv delete" example.

Bug fixes (API requires request to be delivered in request_body)

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

Added theme support to workbench.

Bug fixes.

Fix up collection links on workbench home page.

Fix up "age" column contents on workbench home page.

Fix check for whether adding response[:_profile] is safe. refs #1815

Merge branch '1788-support-and-feedback'

Merge branch '1792-workbench-performance'

Obey profiling_enabled config. refs #1815

Use operating system's bundled CA certificates if available.

refs #1782

Show some params in profiling output. refs #1815

Show profile data in log if config.profiling_enabled. refs #1815

Added 'add' and 'remove' functionality.

Missing period.

Added more links

Added mailing lists, irc

Provide response[_profile][request_time] if requested by client. refs #1815

Ask API server for profile information. refs #1815

Check HTTP status before using API responses.

Added config.arvados_docsite, updated links, all tested and working.

Merge branch '1685-api-server-redirect-to-workbench'

Default redirect to workbench in production configuration to workbench.`hostname`

Adding `tag' command: initial commit.

Fix mime-type lookup.

refs #1813

Use docker build -q to fix Docker build failures.
(see https://github.com/dotcloud/docker/issues/3172)

Also fix deprecated `docker tag' statements in mkimage-debootstrap.sh.

If there is only one user agreement, show it inline with an OBJECT tag
instead of making the user open it in a separate window.

closes #1797
closes #1813

Read data from local file if an absolute filename is given for an
object or array parameter.

Remove extra line breaks in textile paragraphs.

Reword tag convention. refs #1508

Accept comma-separated list of locators in Keep.get()

Document a convention for using Links to define tags on Collections.

Documentation for `Log'.

Remove json.dumps() from example and tutorial code.

(Not necessary since 4c69fbec263b5eeea23d11ee93fb002d028e2b6f)

closes #1819

Serialize objects/arrays in query params with json.dumps() instead of str().

closes #1818

Merge branch '1694-user-agreement'

Merge branch '1748-workbench-view-files'

closes #1748

Fix error message: print the exit status, not the string "$?".

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados into 1685-api-server-redirect-to-workbench

Added redirect to config file.

Offer to show html files in browser, too. refs #1748

Link to show/download files from collections. refs #1748

Added `gen_api_schema_docs.py' used to generate schema documentation pages.

Fix error message: print the exit status, not the string "$?".

Added gen_api_method_docs.py used to generate API documentation files.

Use items_available in API response instead of retrieving all items.

Add "items_available" (integer) to generic list response.

Do not check for user agreement signature before showing user agreement.

refs #1699

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

Better CSS fix for menu bar obscuring the target when following intra-document links.

Fix unexpected nil in @required_user_agreements. refs #1699

Merge branch '1692-redesign-dashboard'

* Updated ssh-access documentation for workbench dashboard changes
* Fixed problem where links within the document were cut off by top menu bar

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

Fix makefile brittleness.

* `clean' should remove any empty */generated directories (so
  base/generated will be marked as a target to rebuild)

* Dockerfiles should use && instead of ; whenever possible so
  `docker build' will properly fail if a critical step cannot
  be completed.

Do not set is_active flag for new users. They do that themselves now,
after accepting user agreements.

refs #1699

Merge branch '1675-preactivation'

closes #1722
closes #1785

Request activation if is_active==false but no user agreements seem to
be required.

refs #1699