Merge branch '10816-postgres-permissions'

refs #10816

10816: Add comments to poorly-documented name/binds args to exec_query().

10816: Merge branch 'master' into 10816-postgres-permissions

10816: Release savepoint after rollback. Use exec_query instead of execute. Move perms_for_val to a class constant.

10808: Fix crash in cache-ownership-mismatch warning message.

refs #10808

Merge branch '10682-localfs-stats'

closes #10682

10682: Track readdir ops.

10682: Report IO stats for filesystem-backed volumes.

Pin the python-pathlib2 dependency to 2.1.0, because 2.2 introduces more
dependencies and we've already got enough of those.

No issue #

10816: Use a recursive postgres query instead of building the permission graph in Ruby.

Merge branch 'arvbox-tmp-cache' no issue #

Fix run-tests.sh --only-install option.

No issue #

Create tmp/cache dir after cleaning old one.

Bump up rails package iteration.

refs #10838

Fix run-tests.sh --only option for the workbench suite.

refs #8345

Merge branch '10793-cwl-continue-on-error' closes #10793

10793: Ensure on_error is set if not present in job_order_object.

Merge branch '10838-fix-rails-package-postinst'

closes #10838

In our rails postinstall package script, preserve newlines when looking
for the '^database:' line, so that we match every line of the rake
db:migrate:status output, not just the first one.

refs #10838

Merge branch '10223-cr-set-output-name'
Closes #10223

10223: Added CR's output_name to FTS index

10223: Added test to check for missing full text search indexes

10793: Fix to return tuple for alternate exit points --create/update-workflow and --no-wait

Merge branch '10808-admin-cancel-job'

refs #10808

10808: Move comment.

10793: Move output_callback to finally block to ensure it is always called.

10808: Exempt "change state to Cancelled" from "locked by uuid" protection.

10223: Added relevant explanation on the rollback command

10793: Return output, status tuple from executor.

10223: Test simplification: better name, assertion error description added, and use of preexisting fixture.

Merge branch '10808-file-cache-ownership'

refs #10808

10793: Bump cwltool pin for workflow engine improvements.  Propagate on-error
behavior from command line to workflow runner job.

10808: Avoid using the disk cache if a different user owns it (e.g., running a rake task or crunch-dispatch as root).

10223: Merge branch 'master' into 10223-cr-set-output-name

10223: Added support to CR output_name on cwl-runner. Updated test.

Fix run-tests.sh --skip option.

No issue #

Merge branch '8345-revert-llfuse-to-0.41.1'

refs #8345

8345: Revert llfuse to 0.41.1.

8345: Compatibility with llfuse 0.41 and 1.x.

8345: Add run-tests.sh --repeat option.

Merge branch '10795-get-zero-block'

refs #10795

10795: For md5(""), skip the request and just return an empty reader.

10795: Remove test-selector code (use -check.f instead).

Merge branch '10682-azure-stats'

refs #10682

10682: Add GetMetadataOps and GetPropertiesOps to Azure backend stats.

10682: Add comments to statsTicker.

10682: Track Azure backend errors by type.

10682: Add backend stats for Azure volumes.

10223: Added output_name column to container_request. When being finalized, if output_name is set then the output
collection will be named accordingly. If there is a unique index violation, a date is added to its name.
Also, added output_name to CR search index.

10682: Avoid invoking special "test mode" behavior in Azure SDK.

Restores compatibility with latest azure-sdk-for-go.

refs #10682

run-build-packages-all-targets.sh: Make sure to build all packages once not twice.

No issue #

Merge branch '10786-remove-centos6-from-build-directory'

closes #10786

Remove additional CentOS6 files.

refs #10786

Remove CentOS6 support from the build directory.

refs #10786

Merge branch 'master' into 10786-remove-centos6-from-build-directory

Merge branch '10467-client-disconnect' closes #10467

Merge branch '10790-crunch-job-log-timeout' refs #10790

10790: Increase timeout reading from arv-put.

Merge branch '10538-trash-delete' closes #10538

10538: Mention fixture names in comments when not using fixture finders.

10467: Use BlockReader and BlockWriter interfaces instead of passing methods to get/putWithPipe.

10467: Remove debug printfs.

10467: Remove unneeded errorReadCloser, make getter/putter interfaces more like WriterTo/ReaderFrom.

Merge branch '10497-cwl-job-logs' closes #10497

Merge branch '10722-cwl-subworkflow' closes #10722

10538: Clarify error message.

10538: Clear up default_trash_interval logic

10538: Fix misspelled IsTrash -> IsTrashed

10497: Replace \d\d\d\d with \d{4}

8345: Build python27-python-contextlib2 for centos7.

refs #8345

Fix version# of centos7 llfuse backport.

No issue #

Bring back ca-certificates to package-testing images.

No issue #

Merge branch '8345-llfuse-1.0' closes #8345

Merge branch 'master' into 8345-llfuse-1.0

Conflicts:
build/package-test-dockerfiles/debian7/Dockerfile
build/run-build-packages.sh

Obey --only-build arg in "test packages" mode.

Update package-test images to ruby 2.3

Merge branch '10785-remove-debian7'

closes #10785

8345: Build python27-python-contextlib2 for centos6.

8345: Upgrade to llfuse 1.0

8345: Revert change to getattr() @catch_exceptions setup.

8345: Fix dirent timestamps.

8345: Pin llfuse to <1.0

8345: fix whitespace

updates test_mount to use st_mtime_ns instead of st_mtime

updates setattr for llfuse-python 0.42

adds backports specific to centos6

adds missing fix for llfuse 0.42+

llfuse.capi._notify_queue => llfuse._notify_queue

updates llfuse requirement and API to >=0.42

Remove debian7 from the build directory.

refs #10785

10467: local directory driver: skip disk IO if client disconnects before lock is acquired.

10722: Issue better error when 'id' is missing.

10497: Add logname (crunch-run, stdout, stderr) to container log tail

10497: Filter crunchstat lines to make more space for useful logs.

10497: Increase number of log lines shown by runner.  Turn off 'debug' mode on crunch script.

10497: Don't prefix every line of log from job.

10497: Add --no-log-timestamps to eliminate redundant timestamps when running in Arvados job or container.

Conflicts:
sdk/cwl/setup.py

10497: Print last 25 lines of log when job fails.

Merge branch '10782-container-retry' closes #10782

10782: Bugfix, on retry only update container_uuid on container requests
associated with the container in the first place.  Update container retry test.

Fix crunch script to construct toolpath before it is turned into a File object. refs #10497