21020: Get default Keep cache directory from environment

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21020: Sort imports to follow PEP 8

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21020: Adjust spacing to follow PEP 8

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21020: Make arv-keepdocker use a cache from the environment

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21020: Make arvados.api.http_cache get a path from the environment

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21020: Make arv-copy search from environment

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21020: Make arvados.config search from environment

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21020: Introduce BaseDirectory classes to arvados.util

This is common functionality that will be used throughout the Python
tools to support base directory searching.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21705: Remove IAMRole config and update docs.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21705: Use context.Background() for aws sdk calls.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21705: Fixup error wrapping and logging.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

Merge branch '21640-max-nofile'

fixes #21640

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

Merge branch '12917-group-contents-include-container'

closes #12917

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21704: fixed auth-action test

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21660: Fix test race.

The test case needs to wait for the _inode_remove_queue tasks to be
completed, but _inode_remove method was calling task_done() too early
in the case of tasks that are deferred until evict_candidates.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21704: fixed auth-reducer test

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21834: Restore timestamps in stdout.txt, stderr.txt.

Removed inadvertently in 5dfd9a57f9d65ea91295e8502cf7f6e748fc4010.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

Merge branch '21705-go-deps'

refs #21705

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21704: Transform mime & tippy.js modules so that jest is happy.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

21704: removed excess config files accidentally added to previous commit

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21704: new branch

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

Arvbox want openssh-server, no issue #

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

21640: Stop accidentally reducing NOFILE limit.

LimitNOFILE=65536 used to increase softlimit from 1024 to 65536.  But
Go >= 1.19 automatically raises softlimit to hardlimit, so now
LimitNOFILE=65536 only serves to reduce hardlimit from 524288 to
65536, which we don't want.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

12917: Update documentation for "include" parameter.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

12917: Support include=container_uuid at groups#contents endpoint.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

Merge branch '21718-memoryview-decode' refs #21718

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

Merge branch '21718-memoryview-readfrom-v2'  refs #21718

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

Merge branch '21712-favorites-overwrite-bug'

closes #21712

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21720: updated modulePaths

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21718: Review comments

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

21718: Add "return_memoryview" flag to read() and readfrom()

If return_memoryview is true, always return memoryview.  This makes
for more consistent read() and readfrom() behavior.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

21718: Update cwltool dependency

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

21718: Remove unused import

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

21718: Replace .decode method with str(bytes, "utf-8")

This is because some bytes-like objects (such as memoryview) don't
have a "decode()" method. It appears that the preferred way to get a
decoded string is to simply call the constructor with the bytes-like
object and the desired encoding.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

21720: changed runTimersToTime to advanceTimersByTime

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21720: upgraded mime to 4.0.3

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21720: added type assertions for AxiosInstance get

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21720: added missing user properties in auth-reducer.test

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21720: added type assertions for AxiosInstance post

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21720: added canwrite & canmanage to user.test

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21720: ejected, add path fallback in webpackConfig, added mockwindow in redirect.test

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21720: added react-scripts@5.0.0

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21712: added category param in link verification function

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21224: removed stray .only

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21224: fixed project card test

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21224: fixed user card test

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21224: renamed DetailsCardRoot

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21224: removed vestigial parser

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21224: fixed description width

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21224: fixed description html rendering

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21224: changed project details order

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21224: changed user card toolbar item order

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21224: css tweaks

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21224: moved project card to separate file

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21224: moved user card to separate file

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

Merge branch '21535-multi-wf-delete'

closes #21535

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

Merge branch '21666-provision-test-improvement'

closes #21666

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

21666: Update --test help message

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21535: fixed deletion verify assertion Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21535: added test for individual wf not existinf in dom Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21535: changed test spec from select all to select each individually Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

Merge branch '21774-package-dependencies'

Closes #21774.
Refs #21663, #21664.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21774: Add libfuse2 dependency to FUSE package

Otherwise the `fuse` dependency can be satisfied entirely by
libfuse3. arv-mount doesn't work if you happen to install this way.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21535: removed hover assertion Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

Merge branch '21611-log-chunk-delay'

fixes #21611

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21611: Fix formatting of config keys.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

Log more politely via test logger.

No issue #

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21535: test spec tweaks Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21535: removed .only and added more assertions Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21535: added .only for testing Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

Merge branch '21766-disk-cache-size'

fixes #21766

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21535: moved MultiSelectMenuActionNames to its own file Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21535: added timeouts to test spec Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21535: added timeouts to test spec Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21535: replaced deleteWorkflow with removeWorkflowPermanently for consistency Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21705: Pass static credentials explicitly instead of using env vars.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21535: added multi wf delete test Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21705: Go mod tidy.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21705: Update adal to unretracted version.

go: warning: github.com/Azure/go-autorest/autorest/adal@v0.9.17: retracted by module author: retracted due to token refresh errors

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21705: Migrate keep-web s3 tests to aws-sdk-go-v2.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21766: Enable keepclient debug logging in keep-web.

Clients can now specify where to send logs by setting the Logger field
on an arvados.Client or arvadosclient.ArvadosClient.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21705: Migrate keepstore s3 driver to latest aws-sdk-go-v2.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21705: Upgrade go-retryablehttp and remove workaround.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21705: Migrate lib/cloud/ec2 from aws-sdk-go to aws-sdk-go-v2.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21705: Update go runtime to 1.22.2.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

Merge branch '21678-installer-diagnostics-internal'. Closes #21678

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

21678: Removes unused variables and trailing whitespaces.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

21535: added wf delete dialog Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21678: Improves credentials passing even further.

By using a here-doc, the token doesn't get leaked on any of the process lists.
This also has the advantage of not needing any config file management.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

21678: Passes credentials through conf file instead of env vars.

To avoid leaking the token to the remote host process list, and also
minimize the exposure on the local host, instead of passing the credentials
through environment variables, we build a conf file that get piped to ssh
via stdout/stdin.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

21535: changed wf and process to use new delete icon Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21535: made ownerUuid param optional and removed it for multiselect Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21678: Copyedit installer diagnostics documentation

Small wording and punctuation changes that I hope make things a little
clearer.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21766: Fix WebDAVCache.DiskCacheSize config being ignored.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

Merge branch '21207-pytest'

Closes #21207, #21733.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

Merge branch '21635-banner-test-fix' into main. Closes #21635

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Stephen Smith <stephen@curii.com>

21766: Fix disk cache size percentage calculation.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21207: Move FUSE test abort logs into pytest exit message

Since pytest doesn't display live logs, they're no longer helpful. We
could configure pytest to display live logs, but overall just moving the
information to the exit message seems like a cleaner solution.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21207: Abort FUSE tests with exit status 2

See comments for rationale.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21635: Add checks to wait for banner to close in tooltip test

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Stephen Smith <stephen@curii.com>