Update api server Gemfile dependency on arvados-cli package so crunch-dispatch
uses commit:b7de0ac no issue #

Merge branch '2991-job-docker-images' refs #2991

Merge branch '2342-run-command-wrapper' refs #2342

Merge branch '3141-keep-logging-improvements'

This closes #3141

keep: MockVolume should return os.ErrNotExist instead of errors.New("not
found") when a block can not be found, just like a real volume.

Revert "Do not print an error when hitting 'not found' with a the MockVolume"

This reverts commit 97c9b2b49f94735c6d4d5b62b772089ef7e0e3bf.

Better solution in the next commit.

Update api server Gemfile dependency on arvados-cli package so crunch-dispatch uses commit:66efe78 no issue #

Merge branch 'master' into 3141-keep-logging-improvements

Don't send null job creation parameters in arv-run-pipeline-instance.  no issue #

Don't raise exception if filters parameter parses to
json "null".  no issue #

Don't set "too long" flag on websocket test timer if the websocket is already
closed.  Hopefully this will make the tests more robust.  no issue #

Update api server Gemfile dependency on arvados-cli package so crunch-dispatch
uses commit:ee99af1
no issue #

Added note about how to build bcbio-nextgen docker image.  Make
bcbio-nextgen-image depend on bcbio-nextgen/Dockerfile.

refs #3055
Merge branch '3055-advanced-tab-explanations'

Merge branch 'master' into 3055-advanced-tab-explanations

Merge branch 'master' into 3055-advanced-tab-explanations

job create method parameters need to be converted to json before being passed
to google API client.  no issue #

Do not blow up trying to run a job if runtime_constraints is set to nil

no issue #

Add some more detail to the docker installation page.

refs #3131

Merge branch '3174-arv-ls-size-fencepost' closes #3174

Merge branch '2873-permission-links-ownership'

Closes #2873. Huzzah!

Merge branch '2985-shared-projects-descriptions'

Refs #2985, closes #3083, closes #3158.

Update arvados-cli dependency of API server so crunch-dispatch.rb uses
arv-run-pipeline-instance from commit:c806ef1
no issue #

3174: Round up, not down, when reporting file sizes in KB.

3174: Heed "common" section of config yaml the same way apiserver does.

Merge remote-tracking branch 'origin/master' into job-docker-images

docker: mkimage-debootstrap.sh: wrap which calls that are expected to
fail in a set +e/set -e block

no issue #

"filters" is now propagated through from pipeline component to the job
submission.  Also added example filter to documentation.  no issue #

Docker job's $HOME is now inside docker container, we don't need a special
separate $HOME for arv-mount.

2873: more code review changes

* get_permissions sets @offset and @limit explicitly to ensure that
  render_list does the right thing.

* Tests updated to use permission links on Groups (permissions are not
  yet working for other objects)

* Added tests for "uuid exists but is unreadable" and "uuid is readable
  but not manageable"

Refs #2873.

2985: display project descriptions inline

Project descriptions in the "My Projects" and "Projects shared with
me" panels are displayed inline next to the project name, not in a
tooltip.

Refs #2985, refs #3083.

Improve output messages a bit

Do not mount $TASK_WORK inside the container; scratch space is entirely
contained so it can be cleaned up by docker when the container is deleted.  Add
--rm=true to automatically clean up docker containers when they exit.

Merge branch '3151-permission-ttl'

Closes #3151.

3151: use 2-week default permission TTL

Fixes #3151.

Typo fix ${HOME} -> $ENV{HOME}

3055: add explanation to the example commands in the advanced tab.

Should probably wait to install ruby before setting GEM_HOME and friends.

Use separate $HOME for commands run outside the docker
container (e.g. arv-mount) and commands inside the docker container because of
the user id mapping problem.  Converted docker command line to use long form
for readability.

Use 'install' to create /keep, /tmp/crunch-src, /tmp/crunch-job mountpoints in
the docker image.  Changed some commands to use long command line parameters
for readability.

Merge branch '3118-docker-fixes'

refs #3118

Remove superfluous cd commands

refs #3131

Fix up link in the docker alert box.

refs #3131

The linkchecker rake task should return with the exit code of linkchecker.

no issue #

Merge branch '3118-docker-fixes'

refs #3118

Add state of the docker installation alert to the top of the docker
installation page, too.

Merge branch 'master' into 3141-keep-logging-improvements

2873: changes for code review

Incorporating code review comments:

* @Link#get_permissions@ uses @Link.where@ instead of @find_objects_for_index@; @find_object_for_uuid@ just populates @@object@ with the head_uuid object and leaves @@objects@ alone.
* @ArvadosModel.lookup_by_uuid@ renamed @ArvadosModel.find_by_uuid@ and punts to the superclass if called as a subclass method.
* Test @get_permissions_returns_list@ checks that the :active user can get permissions. Also uses the group fixtures for testing permissions instead of collections (because can_manage permissions only work so far on users and groups.

(refs #2873)

Do not print an error when hitting 'not found' with a the MockVolume
backend.

Move error logging for block-not-found from GetBlock to GetBlockHandler.

It doesn't belong in GetBlock because GetBlock is also called from
PutBlock, which checks to see if a block exists before it writes it
again.

In other words, in the most common scenario (a PUT of a new block), Keep
should not print a bogus error message.

UnixVolume has no business being loud about files that can not be found.
Just pass on the error to the caller and be quiet.

Back story: for every PUT, Keep checks if the block already exists.
Prior to this patch, UnixVolume would complain loudly if the block did
not already exist in the volume (i.e. the normal case for a PUT).

Change crunch-dispatch to use "git fetch-pack --all" insted of "git fetch" to
fetch entire repository instead of just the history for HEAD.  This seems to be
the only way to ensure that arbitrary script version hashes not in the history
of the source's HEAD are fetched without using refs (tags or branches).
no issue #

Add documentation to doc.arvados.org for the local Docker install.

Merge branch 'master' into job-docker-images

Add explicit version constraint < 1.0.0 on 'jwt' gem for arvados-cli, because
google-api-client gem dependecy breaks with jwt 1.0.0.  no issue #

Dockerfiles for java-bwa-samtools, bcbio-nextgen

Merge branch '3118-docker-fixes'

refs #3118

Merge branch 'master' into 3118-docker-fixes

Add documentation to doc.arvados.org for the local Docker install.

fix find

More clever find

more status messages

Improve error messages

Set success/failed flag explicitly based on return code.

Change crunch-dispatch to use "git fetch-pack --all" insted of "git fetch" to
fetch entire repository instead of just the history for HEAD.  This seems to be
the only way to ensure that arbitrary script version hashes not in the history
of the source's HEAD are fetched without using refs (tags or branches).
no issue #

Make sure set return code non-zero.

Always initialize arvados.api() so it doesn't silently fail when
ARVADOS_API_HOST isn't set.  Improve error handing in arv-mount.  no issue #

Add dockerfile to build arvados/jobs-bwa-samtools image. no issue #

Merge branch '3099-spinner-assets' closes #3099

3099: Use appropriate tr>td markup if infinite scroll container is a table.
Remove unused class.

Update required arvados-cli package to get fix 55e1aaf (Fix 'arv' to handle
missing/non-writable $HOME). no issue #

Merge branch 'arv-crunch-HOME-envvar' no issue #

Set $HOME to /tmp/crunch-job for docker.

Merge branch '3118-docker-fixes'

refs #3118

Merge branch '2891-improve-workbench-errors'

Closes #3079, #3080, #2891, #3092.

Merge branch 'master' into 3118-docker-fixes

2891: Workbench details the requested item on its 404 page.

2891: Trying to show a non-UUID in Workbench renders 404.

2891: Workbench reliably reloads model columns after failure.

ArvadosBase @columns could get stuck as [] if the API server wasn't
available during Workbench's first API request.  This change ensures
that it keeps trying to reload column information until it receives
good data.

2891: Workbench renders login exceptions earlier.

These changes are designed to ensure that if there are any problems
getting information from the current API token (other than expected
401 Unauthorized responses), those problems are raised early and
propagated up to the exception handler.  This helps better ensure that
thread state is consistent when we get to later stages of request
processing.

2891: Workbench current_user copes when API server is unreachable.

2891: Workbench converts API HTTP errors to API exceptions.

2891: Guard against API server errors in Workbench layout.

The goal here is to generally avoid situations like #3031 where
trouble talking to the API server prevents us from even rendering an
error page.  Previous commits made us smarter about logged in status.
This guards against other API errors.

Clean redundant conditional from Workbench layout.

2891: Workbench displays more info about API errors.

2891: Add Workbench test for expired API token.

2891: Add index link to Workbench 404 responses.

2891: Workbench returns 404 when API object doesn't exist.

2891: Workbench API client raises structured exceptions.

These changes will make it easier for the rest of the Workbench code
to cope with these errors more gracefully—even if that just means
friendlier reporting of the error.

2891: API server assigns error tokens.

These unique tokens are both logged and sent along with the response,
making it easier to cross-reference what the client does with what
happens on the API server.

2891: API server ApplicationController style updates.

This ports over some of the niceties we've recently implemented in the
Workbench ApplicationController.

2891: Fix bug in Workbench error page test.

docker: arvdoc: start up doc and workbench last so it's less likely the
user will overlook the URL hint that is printed out.

docker: arvdock: whitespace cleanup

docker: usability improvements for arvdock.

Set $HOME to $TASK_WORK for tasks.  no issue #

Fix 'arv' to handle missing/non-writable $HOME.  no issue #

closes #3076
Merge branch '3076-topnav-help'

Merge branch 'master' into 3076-topnav-help

closes #3088
Merge branch '3088-project-chooser-on-run-pipeline-template'