moved api server code into new directory structure

add a bunch of API pages

highlight active side nav

use arvados.org favicon

add provenance, using git, using keep pages

rename ssh keys -> ssh access

tweak front page of doc

add ssh keys page

fix "active section" style

add jekyll doc tree

tweak serialized attribute search. refs #1447

hack search on serialized fields. refs #1447

fix crash on non-string job#script_parameters

Tweak git commit lookup. refs #1445

Support searching jobs by script_version_descends_from. refs #1445

add config.git_repositories_dir. refs #1445

do not include ApiClient* in discovery document. refs #1405 refs #1406

Fix up the discovery document - make sure we define 'items' in the the
various ObjectList definitions.

Also really fix up the issue with ObjectList vs ObjectsList.

This makes the Python SDK happy.

Make sure to pluralized object names in the List method as listed in the
REST discovery document.

This makes the Python SDK happy.

Do not assume

  session[:api_client_authorization_id]

exists when session[:user_id] is set.

add delete method. refs #1406

add update method. refs #1406

add create method. refs #1406

improve error checking

Now make sure we are really using the new rest file. refs #1406

fix call to api_client.uuid when api_client is nil

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:orvos-server

Move auto-generated REST discovery document to the right path.

refs #1406

use new permission methods to check model transactions. refs #1415

add per-user and per-session default_owner. refs #1415

rename job steps to job tasks. refs #1416

rename pipeline to pipeline template. refs #1416

rename pipeline invocation to pipeline instance. refs #1416

rename job command to script. refs #1416

fix cache keys

generate discovery document at /orvos/v1/rest. refs #1406

relocate permissions code, use resulting :read permissions in #index. refs #1415

current_group_permissions, groups_i_can(:read). refs #1415

amends cf70bb6f00f0ded0624bac59a909a1cf8602dbff

maxResults is really called limit, update the discovery document accordingly

add helpers: current_group_permissions, groups_i_can(:read). refs #1415

Add Job#resource_limits to API response. refs #1417

record started_at, and command_version reported by whjobmanager. refs #1417

add output to Job api response. refs #1417

fix dispatch_jobs restart in 3260a10f0a9396b1ad0b8abe34f9808927311876

Fix slurm node counting, and pass along min_nodes to salloc. refs #1417

Do not try to start a job when too few slurm nodes are idle. refs #1417

add Jobs#resource_limits attribute. refs #1417

fix no-tasks-todo -> success logic

restart dispatch_jobs service on deploy

upcase job command parameters when passing to whjobmanager

add script/dispatch_jobs.rb and related Job features

rename Project to Group

refuse to change ec2_instance_id once an EC2 instance has claimed a Node

use spot instances for compute nodes

ignore Keep hints when verifying collection uuid == md5sum

Remove superfluous fields from the Link object.

Weed out (most of) the unnecessary leftover bits in our rest discovery file.

show "sinfo" results on /nodes page

add PipelineInvocation#properties

let pipeline_invocation#active be a regular attribute

accept json-encoded pipeline[components] param

allow re-saving an existing collection without complaint

check serialized attribute types during create/update

set modified_by_user=nil instead of breaking if no user is logged in

do not require user login for node#ping

sort lists on modified_at by default

use old owner, not new owner, when checking permission to change attributes

include data_size and files list in Collection api response

Support

  where={"any":["contains","hu34"]}

style parameter. For now, 'any' just means a field called 'name'

When no limit is supplied, limit number of index results to 100.

support limit parameter in #index

add Job#dependencies

Back out upgrade to MultiJson for now until we upgrade to rails 3.2. See
comment in Gemfile.

Switch to MultiJson which uses Oj under the hood (since it is available).

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:orvos-server

Switch to Oj for JSON parsing.

add permission logging

add Job#priority

fix setting modified_* and default owner when creating objects

add Job and JobStep resources

Add deploy scripts for the Orvos instance on Ant.

fix login bug

support return_to after logout

add /users/current method

move development.rb to development.rb.example

fix permissions to accommodate nodes#ping and user_sessions#create exemptions

add /orvos/v1/users

create content-addressed collections with uuid=locator

tighten up automatic uuid assignment

fix (Time.now - nil) exception

add PipelineInvocation#active, and try to set success=false when needed

fix default Link#properties

add Specimen#properties

tweak eager loading

add some admin privileges to make bootstrapping possible

rename Metadatum to Link, head to head_uuid, tail to tail_uuid

fix db query

fix OrvosModel#index permissions

fix ownership-change permission check

fix check for owner==current_user