Missing from previous commit

Harmonized all sections to use the new content template and layout

Fixed up some glyphicons

Editable fields works again

Updating bootstrap-editable to bootstrap3-x-editable
Almost works, just need to figure one thing out.

* Left nav correctly highlights current section
* Refactored pipeline instances and job pages to use tabs
* Uses javascript to adjust height of tab pane so that scrollbars show up in the right place
* Fixed some glyphicons broken by bootstrap 3

Fixed search box for chrome

Menubar and left nav redesign in progress.

Reworked top menu.  Started upgrading to bootstrap 3.

Skip repeated find() calls for the same object during a single page
request.

Fix script_parameters comparison on pipeline_instances.compare.

refs #1978

Added stroke-linecap: round to make lines look nicer.

Merge branch '1977-provenance-report' of git.clinicalfuture.com:arvados into 1977-provenance-report

# Please enter a commit message to explain why this merge is necessary,
# especially if it merges an updated upstream into a topic branch.
#
# Lines starting with '#' will be ignored, and an empty message aborts
# the commit.

* Added used_by query for collections
* Fixed svg div javascript/layouts after Tom's changes
* Added hover css effect for graph lines
* Added graph to pipeline instance comparison page

Merge branch '1979-workbench-ui'

Remove old views/collections/show template.

refs #1979

Fix (and add test for) 404 at repositories.get_all_permissions.

Merge branch '1977-provenance-report' of git.clinicalfuture.com:arvados into 1977-provenance-report

# Please enter a commit message to explain why this merge is necessary,
# especially if it merges an updated upstream into a topic branch.
#
# Lines starting with '#' will be ignored, and an empty message aborts
# the commit.

Can now use 'contains' to query individual columns in where() queries, not just any: contains.

Move show-object content into tabs.

refs #1979

Use object type or friendly_link_name as browser title.

refs #1979

Move all index content into Recent and Help tabs.

refs #1979

Merge branch 'master' into 1979-workbench-ui

Hide loading indicator after refreshing dashboard tables.

refs #1976

Merge top nav menus into brand dropdown, move breadcrumbs into top
nav, and lighten up the top nav.

refs #1979

Merge branch '1977-provenance-report'

Move can_read permission logic into ArvadosModel.readable_by scope,
and use that in collections.provenance instead of plain where().

refs #1977
refs #2037

Add tests for permissions enforcement in collections.provenance.

refs #2037
refs #1977

Ensure permissions can be propagated via group owner_uuid attribute.

Closes #1945
Closes #2022

Hide this/other/both legend if only one pipeline_instance is shown.

Merge branch '1976-pipeline-progress'

Conflicts:
apps/workbench/app/views/pipeline_instances/show.html.erb

Merge branch 'master' into 1977-provenance-report

Conflicts:
apps/workbench/app/controllers/pipeline_instances_controller.rb
apps/workbench/app/views/jobs/show.html.erb

Fix build.sh bugs.

Fix breadcrumbs crash if link has no tail_kind or head_kind.

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

Tweaked text a little to make tail/subject head/object correspondence a little clearer.

Ensure util.mkdir_dash_p() fails if its target is a non-directory, and
succeeds if the target directory exists after an mkdir() race with
another process.

Show "loading" indicator in nav bar while waiting for AJAX requests.

refs #1976
closes #2040

Refresh dashboard with AJAX every 60 seconds.

refs #1976
closes #2004

Use AJAX/remote requests when deleting objects. Add delete button to
pipeline_instances index.

refs #1976

Improve progress view on pipeline_instances.show page and add AJAX
auto-refresh.

refs #1976
refs #2004

Add arv-mount.

Add StreamFileReader.seek() method.

Fix scoping for error classes.

Fix crash when component has missing attributes (e.g., no job was run).

refs #1978

Add basic select-and-compare interface to pipeline_instances#index.

refs #1978

Merge branch 'master' into 1978-compare-pipelines

Conflicts:
apps/workbench/app/controllers/pipeline_instances_controller.rb
apps/workbench/app/views/pipeline_instances/compare.html.erb

Remove extra breadcrumbs bar.

Allow controller to override page name for breadcrumbs.

Add breadcrumbs bar to #index and #show pages.

Use generic index page for /users

Show condensed data about pipeline instances side by side on "compare"
page.

refs #1978

Add pipeline_instances/compare page

Fix "show all pipeline templates" link target on dashboard page.

Fixed bug in vertical scrolling by setting padding to size of graph or max size instead of dynamic size based on screen position.

Fix some arv unit tests.

Tweak to account for width of scrolbar

Working on javascript magic to resize svg div so scrolling works nicely.  Seems to work pretty well except when the svg div is the last thing on the page.

Refactored code for managing divs containing svg (manages scrollbars, zoom buttons).

Color-coded graphical pipeline comparison, alternate approach to Tom's

Further improvements to provenance graphs, added ability to select a few jobs and shows the graph for those jobs.

Merge branch '2036-fix-python-sdk' of git.clinicalfuture.com:arvados into 2036-fix-python-sdk

Conflicts:
sdk/python/arvados/__init__.py
sdk/python/arvados/api.py
sdk/python/arvados/collection.py
sdk/python/arvados/keep.py

Resolving scoping problems. Python unit tests now pass. (fixes #2036)

Rearranging modules to eliminate recursive imports.

Rearranging modules to eliminate recursive imports.

Now renders collections using up to the first three files in the collection

Very nice provenance diagram for pipelines.

Add functional test for "skip script_version validation when not
changing that attribute".

Merge remote-tracking branch 'origin/master' into 1977-provenance-report

Started refactoring

Skip "specified commit exists" validation when updating an existing
job without modifying script_version.

Merge branch 'master' into 1977-provenance-report

Fix jobs.cancelled_by_*_changed? calls to jobs.cancelled_by_*_uuid_changed?

Missed in 64f3cccd176b214b2e9a571c54973c4e546c606a

Merge commit '2728f59' into 1977-provenance-report

Working on visualization of pipelines

Remove +K@foo parts from collection uuids in jobs' script_parameters
and other job fields cached in PipelineInstances.

refs #1881

Fix regular expressions in database migration.

refs #1881

Fixed bugs in creating graph from API provenance report.

Show condensed data about pipeline instances side by side on "compare"
page.

refs #1978

Python SDK uses ~/.config/arvados/settings.conf like other SDKs.

Also: Update ~/.config/arvados/settings.conf when docker images are restarted.

Workbench is able to put together a graph from the provenance document served by the API server.  Needs more testing.

Updating dependencies.

Updating dependencies to satisfy RubyGems.

API server /collections/uuid/provenance endpoint works.

Merge commit 'e17169e05c2e69d5bb46792bc33ef3c92f9c5237' into 1977-provenance-report

Clean up /arvados/v1/../../discovery/v1/ hack before sending request
to server.

Add pipeline_instances/compare page

Merge branch 'master' into 1977-provenance-report

Work in progress

Provenance graph now uses full width of window

Initial work adding provenance query to API server

Left navbar uses bootstrap "nav-header" class for section headers.

Hooked into bootstrap/jquery to resize svg box when tab is shown.

Adjusts scrollbar to maintain center of image when zooming

Merge branch '1946-request-body-vs-parameters'

closes #1946

Remove request body object from parameters lists in *.create and
*.update -- mark it required in the request body instead.

refs #1946

Add version string to arv (assume "gem install" makes the version
apparent in the executable path).

Do not add body object to discovery parameters.

Fix up dependencies, pin google-api-client at 0.6.x

Add Gemfile.lock