Merge branch 'master' into 2767-doc-updates

Merge branch '1885-keep-proxy' closes #1885

1885: Added logging of invalid requests.  Added logging when the server list is
update.  Improved KeepClient error reporting.

Merge branch 'master' into 1885-keep-proxy refs #1885

1885: Fix bug in not returning from the handler on failed authorization.
Improved logging (which uncovered the previous bug.)  Tweaked go.sh and tests.

1885: Made ServiceRoots atomically updatable, so that KeepProxy can poll for
changes in the services list without disrupting any active flows.

Merge branch 'master' into 1885-keep-proxy refs #1885

1885: GET and HEAD through the proxy work correctly now.  Added invalid API token test.

1885: Full-stack integration test (api+keep+keepproxy+keepclient) works!

Merge remote-tracking branch 'origin/master' into 1885-keep-proxy refs #1885

1885: Integration test of proxy work in progress.

1885: Stubbed out integration test for proxy

Merge branch '2798-go-keep-client' into 1885-keep-proxy refs #1885

2754: Merge branch '2754-easy-run-pipeline' refs #2754

2754: Make default parameter label more explicit.

Merge branch 'master' into 2767-doc-updates

2754: Fix css selectors in test case.

2754: Allow template to specify form label, fix up wording and formatting.

Fix crash in jobs.queue API. Add test case.

Merge branch '2798-go-keep-client' closes #2798

Merge branch 'master' into 2767-doc-updates

Changed API server to use X-External-Client instead of
X-Keep-Proxy-Required. refs #2776

Merge branch 'master' into 2798-go-keep-client

2798: Adds client side support for Keep proxy X-Keep-Desired-Replicas and
X-Keep-Replicas-Stored headers, and ARVADOS_KEEP_PROXY environment variable.
Added tests.

Merge branch 'master' of git.curoverse.com:arvados

Refs #2755.

2755: fix blob signing bug. (refs #2755)

Merge branch '2755-api-collection-permissions'

closes #2784, closes #2787

2755: incorporate code review

* lib/locator.rb renamed => app/models/locator.rb
* Relaxed Locator.parse! handling of hint content.
* Locator.parse() rescues only from ArgumentError.
* Removed blob_signing_ttl from application.yml.example.
* Collections.show only matches locators that are preceded by a space,
  when parsing manifest_text.

2755: fix merge conflicts (refs #2755)

Merge branch '2755-api-collection-permissions' of git.curoverse.com:arvados into 2755-api-collection-permissions

Refs #2755

Conflicts:
services/api/app/controllers/arvados/v1/collections_controller.rb
services/api/config/application.default.yml
services/api/config/application.yml.example
services/api/test/functional/arvados/v1/collections_controller_test.rb

Merge branch '2764-wget-collections'

Closes #2764, #2774, #2830.

2764: UI overhaul to the Collection download page.

Refs #2764, based on feedback.

2764: Fixed active_all_collections scoped token to be able to access
keep_disks.  Also some minor code cleanup in FileStreamer.

2764: Fixed scopes_allow_request to use request.request_method (the effective
HTTP method) instead of request.method (the actual HTTP method) because
workbench uses POST even for GET.

2764: Add wget-friendly Collections file page.

This new route will become the way you share authless Collection links
with others.  They can pass it to `wget -r` to download the whole
collection, nicely organized, with nothing extraneous.  Since it
doesn't try to load user information or look up related Arvados items,
it can be rendered using an API token with a very narrow scope.

Because wget respects robots.txt, this branch stops using that in
favor of the corresponding <meta> tag.  The new view only limits
indexing, so wget can follow the links on the page.

Refs #2764.

2764: Introduce show_file_links route.

Right now this just takes advantage of the provided reader token, but
we're going to extend it to provide a wget-friendly view.

2765: Tear out general Workbench reader_tokens support.

Refs #2765.  This approach is not tenable in its current form, and the
callbacks are making further development confusing, so I'm getting rid
of them.

Conflicts:
apps/workbench/test/functional/collections_controller_test.rb

2764: Reset browser session between Workbench integration tests.

Peter and I just debugged an issue where a test was falsely passing
because the session had authorization state in it.  This prevents it
from passing.

2753: Properly close entire Collection file tree in Workbench.

1904: Make Keep file EPERM test stricter.

Refs #1904.  Tom said that we want the security benefits of a 404
result, so make sure that's exactly what we get.

Merge branch '2776-keep-services-table' closes #2776

Merge branch 'master' into 2776-keep-services-table

2776: Fixed misspelled accessable->accessible.  Thanks Brett!  Tweaked
workbench icons for keep services and compute nodes.  Removed spurious print
statements.  Tighted up definitions of service_host, service_port and
service_ssl_flag in keep_disk model.

Remove obsolete secret_token.rb.

Merge branch '2770-keep-sigterm' (closes #2770)

Merge branch '2753-collection-tree-view'

Closes #2777, #2828, #2753.

2753: Add space between Workspace file tree buttons and scrollbar.

2753: Move file tree CSS to collections.css.

2753: Refactor Collection view to use library CSS.

2753: Replace Workbench file tree backgrounds with hover effect.

Based on feedback from Tom in refs #2753.  I'm still concerned about
users being able to line up buttons with filenames, so the highlight
on :hover is intended to help with that.

2753: Workbench shows Collection files in a tree.

2753: Workbench renders "0 bytes" for empty file sizes.

2753: Add Workbench Collection#files_tree.

2753: Add tests for CollectionsHelper.file_path.

2753: Make Collection filenames with existing helper.

This is pure refactoring to make the code more consistent.

Add some basic request logging to Keep.

2798: Updated keep client with buffer/streamer changes.

2798: Renamed internal messaging structs in an attempt to use the word "reader"
slightly less.  Refactored tests to reduce redundancy slightly.  Added test with large number of concurrent readers.  Rewrote "how to use" package comments and wrote a small novel about the "theory of operation".

2754: Add integration test, fix selection bugs.

2798: Tracks opening and closing of readers, will block closing AsyncStream
until all readers are closed.  Additionally, will block if too many readers are
created.

2754: Fix up instruction text and formatting.

2754: Allow editing the same parameter in two different places on the page.

mend

2798: Renamed TransferBuffer->AsyncStream, BufferReader->StreamReader,
StartTransferFromReader->AsyncStreamFromReader,
StartTransferFromSlice->AsyncStreamFromSlice.  Changed structs to use pointer
receivers instead of embedded pointer fields.  Updated tests.

2798: Renamed 'buffer' package to 'streamer'

2754: Add easy "Inputs" tab for providing required/described inputs for a pipeline instance.

Merge branch '2753-collection-metadata'

Closes #2780, #2837.

2753: Show immediate relations on Workbench Collection page.

This concept and implementation borrows a lot from the new folder UI.

2753: Move Workbench object list rendering to application_helper.

I would like to be able to reuse this functionality in the upcoming
Collections view.

2753: Add event_at data to Log fixtures.

2753: Remove older, unused Workbench provenance code.

I do not see any code that would directly render these partials;
they're not indirectly referenced in the pane list; and I can remove
the controller code and run all our tests without tripping on a
NoMethodError exception from a nil.

2776: Added test for keep_services/accessable route.

2776: Added 'accessable' route to 'keep_services'

2776: Added stub API documentation for keep_services table.

2776: Fixed run_test_server.py to work with new 'keep_services' model

2776: Fixed backwards-compatible inclusion of service_host/port/ssl_flag for keep_disks.

2776: Added Keep services page to workbench (uses default layouts)

2776: Added controller and route for keep_services, fixed tests.

2776: Added keep_services model and migration.

2755: Verify permission signatures on create.

Phase 1 of #2755: when creating a new collection, verify any permission
signatures found in the manifest.  Unsigned locators in the manifest are
implicitly permitted (to be disabled in Phase 4)

* New "Locator" class to parse, examine and manipulate Keep locators.
* Collections.create checks permission signatures in a manifest.
* Collections.show signs locators in a manifest.
* collections_controller_test.rb: new unit tests to exercise signed
  manifests and related features:
    - "create collection with signed manifest"
    - "create collection with signed manifest and explicit TTL"
    - "create fails with invalid signature"
    - "create fails with uuid of signed manifest"
    - "multiple locators per line"
    - "multiple signed locators per line"
* application.yml.example: new configuration variables
    - Rails.configuration.blob_signing_key
    - Rails.configuration.blob_signing_ttl

(refs #2755)

2776: Started adding KeepServices model.

Fix crash when saving api_client_authorization during migration.

2798: Finished writing documentation comment for buffer package.

2352: Reset column information between adding a new serialized
attribute and using the model. Otherwise, Rails (4) fails to validate
the serialized attribute.

2798: Continued refactoring buffer reader into separate buffer package.  Made
internal buffer management functions package-internal and added a public API.
Updated keepclient to use buffer package public API.  Added HashCheckingReader
to provide transparent checking of checksums.  Added more package and API
comments.

Prevent admin from creating an object with empty string as UUID.

2770: terminate on SIGTERM.

When SIGTERM is received, the Keep server shuts down gracefully. (refs #2770)

2809: Fix arvados_api_client usage in FileStreamer. refs #2809

Remove debug log message. refs #1969

2809: Fix disappearing ArvadosApiClient in development mode. refs #2809

2755: Defer to CollectionReader to get manifests instead of going
directly to Keep (which only works when Keep has no permission
checks).

refs #2755

Merge branch '0000-arv-mount-bugfixes'

This closes #2831

CollectionReader can throw exceptions (for example, when passing an
argument that is not a manifest or collection UUID). Trap those and
print an error message, instead blowing up the fuse driver.

2798: Completed move of Transfer() related code out to 'buffer' package.

2798: Added AuthorizedGet(), Ask() and AuthorizedAsk().  Added BLOCKSIZE
constant and moved errors.New() declarations to the top of the file.  Improved
test server runner.  Changed some test methods to take copies of KeepClient
instead of pointer.

Moved non-keep-specific buffering code into a separate package.

1885: Renamed DiscoverKeepDisks to DiscoverKeepServers, moved error.New()
declarations to the top, changed some tests to use KeepClient copy instead of
pointer.

In daemon mode, arv-mount should set up the fuse connection before
forking to the background, so that any failures to set up are reported
to the user.

1885: First commit of most complete keep proxy, no tests yet.  Removed build.sh
in favor of go.sh that wraps 'go' with the desired GOPATH and 'go get'.  Added
keepclient.Ask() method which does HTTP HEAD.  Added AuthorizedGet() and
AuthorizedAsk() which provide signature and timestamp.

2809: Merge branch '2809-workbench-rails4' refs #2809