Merge branch 'master' into 3889-functional-testing

3889: Since all offending tests are fixed, update test_helper to generate an error if any functional test performs more than one action in on test in the future.

3889: update the test "update script_parameters one at a time using merge param" to use fixture instead of create a new pipeline instance.

3889: add fixture "pipeline_with_tagged_collection_input"

bug fix: args_retries => args.retries

No issue #

3889: fix typo in test name

Merge branch 'master' into 3889-functional-testing

3889: Since all failing API server functional tests are fixed, update test_helper to fail any future tests that execute multiple acions in one single functional test.

3889: update the test "use ownership and permission links to determine which logs a user can see" to account for the newly added log fixture.

3889: split the test "get all pages of group-owned objects" into multiple tests that pull pages with offset of 5.

In our docker jobs image: use our debian packages for the python sdk and
fuse driver.

No issue #

In our docker base image: do not rely on pgp.mit.edu, use
pool.sks-keyservers.net instead.

No issue #

3889: add the job fixture "job_with_unnormalized_output_and_log"

3889: split the test "normalize output and log uuids when creating job" into two tests:
1) that creates a job with unnormalized output and log and verifies that normalization happened and
2) that updates a job with unnormalized output and log (a fixture) with normalized output and log.

3889: split the test "update a job without failing script_version check" into two tests instead of two action in one test.

3889: split the test "cancel a running job" into two tests: one that cancels a running job and another that cancels an already cancelled job.

3889: split test doing post and get requests into two different tests by using a fixture.

3889: break the "add keep disk with no filesystem_uuid" test into two tests, instead of doing two post actions in the same test.

3889: fix tests that were doing multiple actions in one test.

3889: update the test "non-admin user can limit index" to perform the limit check in two tests rather than twice in one test.

3889: split the test "setup user in multiple steps and verify response" into multiple tests invoking setup on active user,
rather than perform three setup actions in one test.

3889: remove the functional test "setup and unsetup user" that is performing two actions in one test,
since other tests in this file already cover the two actions and hence this test is not reduntant.

3889: fix a few tests that were performing multiple actions on a single instance of TestCase object.

3889: Fix two functional tests that were performing multiple actions on a single instance of TestCase object.

refs #3889: Merge monkey patch code updates to detect tests that are reusing ActionController::TestCase.
For now, print warning instead of raising error. After the tests are corrected, we can change this behavior to raise an error.
Merge branch '3889-functional-testing'

Merge branch 'master' into 3889-functional-testing

API server: setting workbench_address is not required. This unbreaks the
docker build for the api server image.

refs #3038

Protect the one place in the api server code where we assume the
workbench_address parameter is always set, it is in fact optional.

refs #3038

Merge branch 'master' into 3889-functional-testing

Merge branch '3960-show-more-repos' closes #3960

3960: Merge branch 'master' into 3960-show-more-repos

Merge branch '2881-node-has-job-wip'

Refs #2881.  Closes #3944.

2881: crunch-dispatch updates nodes' job assignments.

With this commit, crunch-dispatch updates all the information that
update_node_attributes used to, so it's removed.

2881: API server associates nodes with their assigned jobs.

This will enable us to write better administrative tools (like the
Node Manager) and dashboards.

Merge branch '3413-keep-trash-list'

Closes #3413.

Merge branch 'master' into 3889-functional-testing

closes #3038
Merge branch '3038-default-port-numbers'

3889: update test_helper.rb with Tom's updates.

Merge branch '3889-functional-testing-TC' into 3889-functional-testing

Merge branch 'master' into 3889-functional-testing

3038: address review feeback; change the config parametter values in default yml files to avoid conflicts

3413: code review update

3889: Clean up counter checks. For now, warn instead of failing.

3038: revert update to remove implementation that was accidentatlly pushed to this branch instead of 3836 branch!

Merge branch 'master' into 3038-default-port-numbers

3038: if there is a unique constraint violation when a collection is removed from a project,
which happens if there is already a collection with that same name in the Home project,
rename the collection to ensure the removal process can complete.

Merge branch '3967-improve-keepstore-logging'

refs #3967

Fix typos in workbench language.

No issue #

Make keepstore log normal operation with more detail, and follow the
standard apache logging pattern.

refs #3967

3960: Fix readonly/writable flag on repo list. Add tests.

* Do not blow up when arv-get requests a collection that gets a 404 from the api server.

* Be more consistent in naming of error variables.

no issue #

Bugfix time display, also bugfix for job state "Completed" -> "Complete".  refs #3187

Bugfix extra space in display in render_runtime and queued time for pipeline.
refs #3187

3960: Make editable? return false or true, never nil.

3960: Remove unused has_permission? method.

Merge branch '3605-improved-dashboard' refs #3605

3605: Remove total nodes from compute summary table.

Merge branch 'master' into 3038-default-port-numbers

3038: test needed minor update to match current pipeline instance display.

Merge remote-tracking branch 'origin/master' into 3605-improved-dashboard

3605: Rename "default_show" to "title_and_buttons".  Revert capitalization
change to "curl".  Eliminate excess top margin on page title.  Restored
RunningOnClient to running list.

3038: Recommended default port number related update. Now the defaults are as follows:
API server (dev mode): 3030
API server (test mode): 3000
Workbench (dev mode): 3031
Workbench (test mode): 3001

3605: Filter out nodes that have a last ping time of more than 1 hour.  Add
queue to compute status panel.  Refactor utc-date spans to
render_localized_date().

Report crunch_worker_state=down for nodes not occupying a worker slot. refs #3605

3605: Fallback to 0 (instead of nil) when tasks is empty

3605: Check that a pipeline component entry is a hash before trying to render it.

Revert "Bugfix: do not try to overwrite docker_image_locator if it is already set." refs #3898

This reverts commit 7e27eb2cca7e9e22ad1f56a6f0ecbbc40ad4cb64.

Merge branch '3898-job-state-attr-TC' closes #3898

3898: Merge branch 'master' into 3898-job-state-attr-TC

3898: Assume a job Failed if it has started but state fields indicate Queued.

3898: Assume a job Failed if it is locked but state fields indicate Queued.

Bugfix: do not try to overwrite docker_image_locator if it is already set.

refs #3898

3605: fix test text

3605: Make compute node summary table no longer clickable since it was a little
bit confusing.  Can still click on the titlebar.

3605: Render individual job status using the same partial as the pipeline
instance page.  Also list pipelines that reference this job.

3898: Update tests to match the updated job status handling.

Merge branch '3894-gem-version' refs #3894

3894: Set arvados version in Gemfile.lock to one that exists.

3605: More improvements to overflow rendering.  More fixes to rendering when
started_at and finished_at are missing.

3898: Populate state column using SQL transaction instead of load/save N times.

3605: Change runtime() to render_runtime().  Improve rendering when started_at
and finished_at are missing from pipelines and tasks.  Include count of days
when rendering run times.  Add comments.

3898: Add error messages to assertions. Use assert_raise.

3898: Clean up job state hooks and validations.

3413: code review

3413: update for code review

3894: Merge branch 'master' into 3894-gem-version

3605: Additional layout fixes.  Better handling of pipelines where started_at and finished_at is missing or bogus.

3894: Remove outdated README.

3894: Use git log --first-parent to get nearest commit/merge on
current branch to label package version, rather than nearest
commit. This ensures the package version number increases when an
older commit is merged after a newer commit.

Merge branch '3605-improved-dashboard' refs #3605

3605: Fix tab param['tab_pane'] merge conflicts causing tests to fail.

3889: update ActionController::TestCase to monkey patch GET/POST/PUT/DELETE methods

3605: Fix tab_pane rendering.  Remove spurious console.log.

3894: Merge branch 'master' into 3894-gem-version

3894: Fix up runtime dependency specs to make bundle comfortable.

Merge remote-tracking branch 'origin/master' into 3605-improved-dashboard

3413: added TrashHandler

* added a trashq WorkQueue to manage the trash list
* added TrashHandler to process "PUT /trash" requests
* added TestTrashHandler

refs #3898
Merge branch '3898-job-state-attr'

Merge branch 'master' into 3898-job-state-attr

3898: added include statement