Merge branch 'master' into 2333-crunch-dispatch-token-management

Stylistic changes based on comments from Tom/Brett

Merge branch '2051-nondeterministic-jobs'

Merge branch '2291-new-keepd-read-blocks' (fixes #2291)

Incorporating code review comments (refs #2291, refs #2438)

Improve readability of unit tests. (refs #2291)

Pass *testing.T object into setup/store functions to reduce
error-checking overhead.

Add list of in-progress/planned SDKs.

Add Ruby SDK page.

Fix broken links and duplicate titles.

Add command line SDK page.

Add Perl SDK page.

Fixes "sec_error_reused_issuer_and_serial" SSL error in Firefox.

Added fix to workbench dashboard so that workbench integration tests pass.
Added slightly helpful failure message to test assertion.
Fixed non-normalized collection uuids in fixtures.

Merge branch 'master' into 2051-nondeterministic-jobs

Conflicts:
doc/README
doc/user/tutorials/tutorial-new-pipeline.html.textile.liquid

Added more tests and more aggressive input checking.

Merge branch '2412-do-not-reuse-task-work-dirs'

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

Fixes #2047: Catch connection errors in 'arv' and report the error nicely
instead of dumping a backtrace.

Incorporating comments from code review (refs #2438, refs #2291)

Reworked input validation on find_commit_range (for real this time!) and added tests.
Fixed descriptive text in tutorial-job1.
Removed dead code.

Merge branch '2288-smoke-test'

Removed trailing whitespace.

Fixed tests
Improved version string validation in find_commit_range
Removed spurious debugging flags
Removed dead code from commit.rb
Removed trailing whitespace
Fixed capitalization of Arvados in documentation

workbench: Timeout integration test Rails launch.

Merge branch 'master' into 2187-enhance-user-setup

Minor test updates

Merge branch 'master' into 2051-nondeterministic-jobs

workbench: Improve integration test Rails launch.

The previous version was susceptible to a race condition where it
would read the file after Rails created it, but before it actually
wrote a pid to it.  This would cause the rake test task to kill itself
later by running Process.kill('TERM', 0).

The controller invokes the create links method from the model when working on an existing user.

workbench: Document deployment Bundle testing.

Update controller action name in functional test. refs #1750

Merge branch '1750-remove-old-schema-doc'

closes #1750

setup method in user model assumes that the user object passed in is valid and hence no longer tries to find it.

Unit test TestGetBlockCorrupt. (refs #2291)

Ground work to remove found object logic from user model's setup method

Update all functional tests to work with the new response format of List

Added unit tests TestGetBlockOneKeepOK and TestGetBlockFail (refs #2291)

Update user model to return a List instead of HashList

some minor refactoring

When uuid is passed, openid_prefix can be optional

Merge branch 'master' into 2187-enhance-user-setup

More unit testing

Add unit test for user model

Adding unit tests for GetBlock. (refs #2291)

Allow disabling of output for rake config:check via a QUIET environment
variable.

Do not print secrets in the config:check rake task.

Merge branch 'master' into 2187-enhance-user-setup

Include first link of a given type even on reruns of the setup method.

Merge branch '2209-test-limit-offset'

closes #2209

Merge branch '2290-user-activity'

closes #2290

Merge branch 'master' into 2187-enhance-user-setup

Raise error if both uuid and user.email are omitted in input parameters

Avoid reusing per-task work directories.

Add tests for limit and offset parameters. refs #2075 refs #2209

Accept ...&filters=&... in query string as "none" instead of "unparseable JSON".

Raise ArgumentError when required openid_prefix is not passed.

Raise exceptions on errors such as 'All users' group does not exist and a vm for the vm_uuid param does not exist. Add additional functional tests and update previous tests accordingly.

Fix tabs in the test class

Make sure oid_login_perm exists when setup is executed for an existing user

Include all the newly created link objects in the response from the setup method. Update all functional tests to verify links found in teh response.

Repo name and VM are optional to the setup method

Render 404 if no user is found for the uuid provided

Expect openid_prefix from the clients instead of managing it on the api server.

API server: strip all arvados-specific settings from the .example
environment files. These are now all configured via
application(.defaults).yml

Fix link, this fixes bug 2403

Fix textile formatting.

Fix up README, convert to textile.

Initial checkin: simple Keep server handling block reads only. (refs #2291)

workbench: Add basic smoke test.

This visits all the link on a user's front page and makes sure they
all return 200.

It's easy to extend this to crawl the entire site, checking for
success.  I've included the code for that.  We need to squash some
bugs and check the timing before we start doing that, though.

This overlaps api_client_authorizations_test, so I deleted that.

workbench: Add ids to other navbar dropdowns.

This makes them easier to click in integration tests.

Fixed paging so that it won't fail if the necessary methods are missing on the results object.

Add negative functional tests where a non-admin user invokes create or setup actions

Typo.

One more print statement

Remove print statement

Pass openid_prefix to setup method only when -o option is used

Merge branch 'master' of git.curoverse.com:arvados

Strip all arvados-specific settings from the .example environment files.
These are now all configured via application(.defaults).yml

Fixed pipeline templates page that was broken by paging merge.

some more refactoring and attention to coding standards

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

Fixed syntax error typo.  We need tests for crunch-dispatcher.rb!

All functional tests passing with refactored code.

workbench: Add developer docs.

This adds a new README with information that's useful for people who
want to develop Workbench.  Right now it's just information about how
to run and write tests.  We can add to this as we go.

Some of this information was pulled from the installation guide.  I
also deleted Rails' stock README while I was at it.

Merge branch '1750-use-supported-discovery-doc'

refs #1750

Expiring pipeline tokens works.

Working on re-using token per pipeline and expiring token when the pipeline is done.

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

# Please enter a commit message to explain why this merge is necessary,
# especially if it merges an updated upstream into a topic branch.
#
# Lines starting with '#' will be ignored, and an empty message aborts
# the commit.

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

# Please enter a commit message to explain why this merge is necessary,
# especially if it merges an updated upstream into a topic branch.
#
# Lines starting with '#' will be ignored, and an empty message aborts
# the commit.

Merge branch '2316-no-clear-tmp-flag'

closes #2316
refs #2372

Merge branch 'master' into 2316-no-clear-tmp-flag

Remove old schema#show method used by Workbench before
14ea55f217bbd7061fafc1fe69f4f453ad7c3e59.

Use the supported discovery document instead of the old schema#show shim.

workbench: Bundle integration env bugfix.

The previous version did not unpack arguments correctly.

When running with WEBrick, auto-generate a new self-signed SSL
certificate for each run, rather than hardcoding a path to a certificate
and key file.

workbench: Expound Bundle+integration interaction.

Unsurprisingly, I don't write my best code and comments when I'm
frantically trying to fix the build.

workbench: Make SERVER_PID_PATH a constant.

workbench: Tweak integration test environment.

RUBYLIB and RUBYOPT seem to be necessary on the build server.

workbench: Improve API server integration launch.

The previous version sometimes tried (and failed) to find the server
pid before rails wrote it.  This provides some limited retry, and
avoids spawning a subshell too.

workbench: Improve integration test environment.

Removing too much from the environment causes builds to fail in
Jenkins.  Instead of using a whitelist of environment variables, use a
blacklist of variables that Bundle modifies.