2525: correct indentation for pom.xml

2525: use -Dmaven.test.skip=true when packaging the SDK.

Merge branch 'master' into 2525-java-sdk

Fix so that a present but empty select parameter in queries no longer yields
an error.

Fix broken test case.

Merge branch 'master' of git.curoverse.com:arvados

Documentation tweaks:
* Python SDK requires Python 2.7, make that clear up front
* Remove duplicated SDK installation instructions

Merge branch '2640-folder-api'

Merge branch 'master' into 2640-folder-api

Conflicts:
apps/workbench/app/models/arvados_api_client.rb

Raise PermissionDeniedError even more consistently

Raise PermissionDeniedError more consistently

Comment mysterious testing code.

Add test for links_for + multiple link_classes.

Merge branch '1904-workbench-reader-tokens'

Refs #1904.  Closes #2663, #2736.

workbench: Reader tokens show collection files.

Fundamentally, this commit aims to support reader tokens when showing
a file from a Collection.  Because this requires changing the token
handling generally, I also took this opportunity to improve error
reporting by checking the request's validity against the API server
before we pipe out to arv-get to render the file.

As a consequence, Workbench now returns a 404 if you request a file
using a token that does not have permission to read the collection.
Maybe this is not the best result, but previously it returned a 422,
so I think this counts as an improvement.

workbench: Add initial reader tokens support.

The API server recently gained support for reader tokens, which
optionally supplement the user's permissions for read-only
operations.  This commit extends Workbench to pass on reader tokens
for general index and show operations.

workbench: Add Collections controller tests.

Working to establish a baseline of behavior before I go mucking with
this.

workbench: Remove trailing whitespace.

Merge branch '2328-keep-permission-hints'

Resolve code review (closes #2328)

Fix doc comments and argument names for the expiry timestamp arguments
for SignLocator and makePermSignature.

2525: Now that we have the doc page updated with Java SDK details, updated the README file to
point to the doc page instead of maintaining two copies of the same content.

2525: Add java SDK to documentation site.

Behave nicer if supplied owner_uuid is not a valid uuid at all.

2525: Remove unused imports

2525: Better handling of unsupported api name and version

Merge branch 'master' into 2525-java-sdk

2525: return map instead of json string for the call method.

2525: small refactoring

2525: add map parameter type handling to request processing

2525: add float handling to request parameters

Do not try to record object_owner_uuid during earlier migrations.

2525: Add support for array request parameter type

Merge branch 'master' into 2525-java-sdk

2525: readme and test updates

Merge branch 'master' into 2640-folder-api

Fix crashing "grant access to my own object" permission check.

Prevent ownership cycles.

2525: updated README

2525: More tests

2525: override the default name for the generated package

2525: Rename  ArvadosSDKJavaUser.java as  ArvadosSDKJavaExample.java

2525: delete object created during test.

2525: a little cleanup of variable names

2525: call method invocation should match arvados api documentation, instead of discover document format.

2525: call method invocation should match arvados api documentation, instead of discover document format.

2525: call method invocation should match arvados api documentation, instead of discover document format.

2525: token, host name, and host insecure can also be passed to constructor similar to other SDKs. If so, the environment variables are ignored and passed in values are used.

Merge branch 'master' into 2525-java-sdk

Improve code formatting

Return all links if link_class is not provided. Add docs.

Return empty list if no "links" supplied in api response. Add tests.

Incorporating code review. (refs #2328)

Merge branch '2223-repo-owner-admin-perms'

closes #2223

Merge branch 'query-select-distinct'

Restored support for old-style 'order' strings and added test.  Clarified
documentation for 'distinct' as to the default behavior.

Fixed botched 'distinct' parameter, now is a boolean instead of taking a
column.  New tests.  Also changed syntax of 'order' to take a JSON array for
consistency with 'filters' and 'select'.

Update docs. (refs #2328)

Added permission helper functions.

GeneratePerms returns a string representing the signed permission hint
for the blob identified by blob_hash, api_token and timestamp.

SignLocator takes a blob_locator, an api_token and a timestamp, and
returns a signed locator string.

VerifySignature returns true if the signature on the signed_locator can
be verified using the given api_token.

Refs #2328.

Take into account owner_uuid and is_admin when exporting repository permissions.

Fix crash if item has no name (backported from 1970-folder-view)

Fix for interaction between 'select' and 'order' (SQL requires that order
fields show up in select when doing select distinct; readable_by does 'select distinct' by default to avoid duplicate rows).

Name links do not need to be owned by tail_uuid.

Add unique and valid name constraints.

Fix wrong infixes in fixture uuids.

Merge branch 'master' into 2640-folder-api

Merge remote-tracking branch 'origin/master' into 2035-arv-mount-tags-folders

Conflicts:
services/api/app/controllers/application_controller.rb

Added 'select' and 'distinct' parameters to discovery document.  Improved
select parameter to parse strings as json.

Use partial unique index for name links.

Fix log permission case broken in merge.

Merge branch 'master' into 2640-folder-api

Conflicts:
services/api/app/controllers/application_controller.rb
services/api/app/models/arvados_model.rb

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

# Please enter a commit message to explain why this merge is necessary,
# especially if it merges an updated upstream into a topic branch.
#
# Lines starting with '#' will be ignored, and an empty message aborts
# the commit.

Another go at migration, uses batched loading and transactions, should have
improved performance.

Merge branch '2328-signatures-for-integration-testing'

refs #2328

Add partial unique index

Add test cases that produce predictable signatures with fixed expiry times.

Put back missing parentheses.

Changed Log.all.each to Log.find_each because Log.all loads all records (!) and
Log.find_each loads records in batches.  Hopefully this will enable migration
to run without being killed.

Fixed middleware customization so that it doesn't assume the presence or
location of ActionDispatch::Static.

2525: add apiVersion to constructor args

Merge branch 'master' into 2525-java-sdk

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

# Please enter a commit message to explain why this merge is necessary,
# especially if it merges an updated upstream into a topic branch.
#
# Lines starting with '#' will be ignored, and an empty message aborts
# the commit.

Merge branch 'origin-2608-websocket-event-bus-alt2'

Conflicts:
services/api/app/models/arvados_model.rb
services/api/test/test_helper.rb

Merge branch '2620-keep-serialize-io' (closes #2620)

Merge branch 'master' into 2640-folder-api

Replaced KeepVolumes with a VolumeManager interface.

A VolumeManager interface may be used to set policy for writing to a set
of Keep volumes. The sole implementation at present is RRVolumeManager,
which implements simple round-robin scheduling; other implementations
could include a manager which selects the least-loaded disk first, the
fastest one, the one with the fewest pending writes, etc. etc.

Refs #2620

Merge branch '1904-api-reader-tokens'

Closes #2702, #2707.

api: Accept JSON-formatted reader token array.

api: Introduce reader_tokens for extra access.

reader_tokens are API tokens whose read permissions will be added to
the primary API token's.  For actions that only read resources, like
:index and :show, you can now omit the API token as long as you
provide at least one reader_token.

This allows users to get access to one-off resources without
interrupting their primary session.  For example, Workbench will use
it to access Collections shared via secret link.

api: More consistency in test helper methods.

I keep accidentally rewriting the methods in ArvadosTestHelper, so I'm
putting them in one module loaded for all tests so I can use them
consistently.

Merge remote-tracking branch 'origin/master' into origin-2608-websocket-event-bus-alt2

Conflicts:
services/api/app/controllers/application_controller.rb
services/api/app/controllers/arvados/v1/schema_controller.rb
services/api/db/schema.rb

Moved message handling out to a separate method for clarity in eventbus.
Fixing name mismatch /websockets => /websocket in configuration
Added guards to various tests to ensure no more messages are processed after
the test is supposed to be done.

Short-circuts #readable_by when the user is admin.

Unsubscribe message now takes filter definition instead of filter_id, reducing
the state both the client and server have to maintain in order to support
unsubscribing.  Added code comments and updated tests.

Added code comments.

Now supports both websocket integrated (ARVADOS_WEBSOCKETS defined) and
websocket-only (ARVADOS_WEBSOCKETS=ws-only) server modes.  Added comment to
application.yml.example about setting websocket_address when running in
websocket-only mode.

525: Update the .classpath to reflect the latest trimmed down version of pom.xml

2525: Java SDK does not need com.google.oauth-client library

Merge branch 'master' into 2525-java-sdk

2525: when using main method, print output to console.

Fix route name in nodes.create, add basic functional test.