8465: Set proper container flags to provide data on stdin.

Merge branch '11237-google-api-python-client' refs #11237

11237: Tweak version dependencies.

11237: Don't build oauth2client on ubuntu1604

11237: Bump google-api-python-client to 1.6.2 for better compatability across
oauth2client and Python versions.

Merge branch '11209-unmount-subtype'

refs #11209

Increase ping delay in WatchdogActorTest to try and reduce spurious test failures.  no issue #

Add check that gnutls.h is available so pycurl can compile.  no issue #

Ensure chown does not fail on disappearing files and dirs

refs #11363

11209: Restrict --unmount* operations to given --subtype.

Add warnings about affecting other fuse mounts with --unmount flags.

8465: added stderr redirection and tests

Add missing test file refs #11423

Merge branch '8104-pycurl-721'

closes #8104

8104: Do not close sockets after giving them to pycurl. Reverts 7b31dd40b31bdbf7473b50fd407cd6f636657c69.

8104: Drop unnecessary lambda.

8465: do not wait in the go routine while doing io.Copy of stdin and also invoke runner.stop on error.

8104: Stop building pycurl package for ubuntu1604.

Merge branch '11423-cwl-collection-dir-ref' closes #11423

11423: Restore check to use pdh_path because it is only supposed to match Files
references.

Merge branch '7824-arvls-arvput-collection-api-usage'
Closes #7824

7824: Merge branch 'master' into 7824-arvls-arvput-collection-api-usage

8104: Remove pycurl<7.21.5 dependency.

8104: OPENSOCKETFUNCTION accepts calls from pycurl 7.21.

11308: Close socket after pycurl.

Merge branch 'master' into 8465-stdin-redirection

8465: test clean up

11423: Fix bug checking existence of Directories which refer to root of keep collections.

Merge branch '11413-nodemanager-gce-fixes' refs #11413

11308: Make imports epydoc-parseable.

8465: added stdin redirection for json mount.

11308: Remove superfluous hashbangs

11308: Move stub server setup to keepstub.StubKeepServers.

11308: Fix misleading argument name.

11308: Fix useless assertion.

11308: Fix exception handling in test case.

11308: Raise exception on invalid/unsupported open() mode.

6304: Avoid possible dns update race condition by writing the temp file with unique name to avoid collisions.
Catch IO specific exceptions when trying to write the config files.
Added test to assert that no config file is written when the update command is not set up but the config dir is.

7824: Added test cases.

8465: added stdin redirection for collection

11413: Use getattr() in exception handler.

11308: Create missing temp dir. Unset proxy env during tests.

11308: Remove obsolete test setup steps.

11413: Wrap destroy_node with similar logic to create_node: on exception check
the node list to determine if the node was actually destroyed successfully.

Merge branch '11100-cr-output-ttl'

refs #11100

11413: Fix issues with node manager on GCE:

* Always override Node.size with CloudSizeWrapper

* Get updated node record before setting metadata to minimize 'Supplied
  fingerprint does not match current metadata fingerprint.' error.

* Use ex_set_node_metadata() instead of issuing request directly.

11308: Fix key order sensitivity.

11308: Update assertion to accommodate different exception in py3.

11308: Add stderr assertion for easier debugging.

11308: Fix keepstub bugs and Python 3 compatibility.

11308: pep8

11308: Close socket after pycurl.

11308: Expect full class name in traceback.

11308: assertRegexpMatches -> assertRegex

11308: Fix traceback.format_exc() usage.

11308: Fix string/bytes confusion for Python 3

7824: Now a subdirectory can be asked to be listed. Also, enhanced error message when asking for a non existant collection.

7824: Several improvements:
* Added error reporting on cases where the user ask for downloading a nonexisting file/subdir inside a collection.
* Enhanced error message when the user ask to download a non existing collection.
* Improved the collection traversal when downloading a subcollection.
* Exit with an error message when asking for a subcollection name without the trailing '/'.
* Error out if asking to get a subcollection with '-' as destination.
* Test updated.

Merge branch '11407-go-sdk-debug' closes #11407

11407: keepclient checks for ARVADOS_DEBUG and enables debugging.

7824: Log errors when trying to read the collection specified.

7824: Closing file when finished writing

8567: Add workaround for "trap EXIT" in pid 1 bash process.  Add comments.

11308: run-tests --skip python2

11308: Fix deprecated logger.warn -> logger.warning.

11308: md5 -> hashlib.

11308: Fix bytes vs. str problems.

11308: Fix variable name conflict.

11308: Eliminate old_div().

11308: Import future module.

11308: Update python-gflags.

11308: md5 to hashlib.

11308: UserDict to Python 3.

11308: Futurize stage2.

11308: Fix futurize.

11308: Futurize.

11308: Test sdk/python with Python 3.

11308: fmt

11100: Adjust delete_at in before_validation hook instead of validation. Permit changing trash_at without extending delete_at.

11100: Specify units in output_ttl docs.

11402: Disable caching if $HOME/ is not writable, instead of returning a broken cache.

closes #11402

closes #11368
Merge branch '11368-collection-file-rename-warning'

11368: show error if user tries to rename a collection file with a duplicate name.

Merge branch '11398-nodes-items-available'

refs #11398

11398: Fix missing items_available in nodes#index response.

7824: Use logging facility to show error messages.

Merge branch '9132-dockerclient' closes #9132

7824: Updated code to use newer Collection APIs, leaving all_streams() and all_files() behind.

9132: Fix test errors due to rebase.

Fix package test for ubuntu1204.

refs #10797

11100: If caller sets collection.delete_at too early, set it to the earliest allowed time instead of failing.

9132: Fix ContainerCreate to include HostConfig, container UUID as name.

11100: Add comment about delete_at validation race.

11100: Clean up permission checks.

11100: Add container_requests.output_ttl field. Fix validation of output/log changes on finalized CRs.

8567: Log total bytes to migrate

8567: Use arvados.config instead of os.environ.  Tweak disk space accounting output.

7824: Moved arv-get code to arvados.commands and replaced bin/arv-get with a stub caller.

9132: Fix after rebase

9132: Use ThinDockerClientProxy to overcome the import issue around "github.com/docker/docker/vendor/golang.org/x/net/context".
Perform most of the test updates needed to use the new API.

9132: few more updates to use the new API