Script to build python documentation (requires epydoc)

Added Python SDK section to documentation

Renamed Keep/Stream/Collection submodules to keep/stream/collection (lower case)

Moving Collection, Stream and Keep classes into their own files

Render token with ApplicationController#show instead of calling
as_api_response directly from
api_client_authorizations.create_system_auth.

Resolves:

Error: #<ActsAsApi::TemplateNotFoundError: acts_as_api template
:superuser was not found for model ApiClientAuthorization>

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

Updated `arv' command line format options. Default now generates JSON. (refs #1889)

Replaced --pretty, --json, --uuid, --yaml, --human with
--format={json,uuid,yaml}, and added --short for --format=uuid.

Default output format is now JSON (pretty-printed).

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

Changed upload path in scp command to load to /scratch/you instead of just /scratch, tweaked markup to try and emphasize that "you" that should be replaced by your own username.

Merge branch '1880-check-duplicate-public-key'

closes #1880

Add themes to .gitignore in apps/workbench

Removed spurious '>' (typo)

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

refs #1912
* ssh-access tweaked to emphasize need for user to use their own user name and not 'you' and changed example ssh config to use *.qr1hi to *.arvados
* tutorial-firstscript suggests using nano to edit files instead of leaving the user hanging
* Fixed inconsistent keep locators for manifests caused by removal of +K@qr1hi from locators
* Removed +K@qr1hi from all locators used in examples

Accept DSA public keys ("ssh-dss"), not just RSA.

refs #1880

Reduce boilerplate on error messages.

"The error message [API 422]" instead of "#<RuntimeError: API error
422: The error message>"

refs #1880

Tweak error messages to render nicely as Rails "full messages".

"Public key does not appear to be ..."

refs #1880

Use render_error instead of custom error logic in update method.

Respond with an error status if save fails during create method.

refs #1880

Use AJAX when adding a new authorized_key from the user home page.

On success, replace reminder box with a "Key added" message. On
failure, display the error message below the form.

refs #1880

More clinicalfuture.com -> curoverse.com

Fixed spaces in manifest stream names.  Refs #1849.

Fixed spacing on dashboard and generic table page when tables are empty.

Adds validate :public_key_must_be_unique to AuthorizedKey which checks to see if the key
a) looks like a ssh-rsa key
b) that the key isn't already in the table

Merge branch 'master' into 1880-check-duplicate-public-key

Do not attempt to load authentication config file unless it exists.

closes #1915

Fix "ignore client-provided values for protected auditing attributes"

(Broken by 976a754dc7fceee767322ae964c287b63595211f)

Added validate step, needs testing

Remove boilerplate comments and unused test fixtures.

refs #1696

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

Fixed Python SDK to quote/unquote spaces when reading/writing manifests.  Refs #1849

Inactive users can get a list of Keep disks.

(Otherwise they cannot retrieve user agreements.)

arv-get replaces spaces in get_prefix with \040 to match the manifest.  Refs #1849

Merge branch '1510-arv-tag-unit-tests' of git.clinicalfuture.com:arvados into 1510-arv-tag-unit-tests

Conflicts:
sdk/cli/test/test_arv-tag.rb

Clean up tests with "assert_tag" method, remove non-working test. Fixes #1510.

Adding arv-tag unit tests.

Also:
Fix return value for deleting multiple links.
Clean up arv-put unit test code.

Command-line clients use $HOME/.config/arvados for config settings.

Logging out now returns you to the login page, rather than an empty "you have logged out" page.  Refs #1865

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

Moves "add new item" button from bottom of the page to the top.  Refs #1877

Do not show user agreement inline unless site config says so. Remove
superfluous dialog box presentation, and use agreement filename as
page title if there is only one.

refs #1694

Fix user_agreements.sign when collection uuid has +size hint.

refs #1694

Fix user_agreements_controller.table_name so generic list method works.

refs #1871

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

# Please enter a commit message to explain why this merge is necessary,
# especially if it merges an updated upstream into a topic branch.
#
# Lines starting with '#' will be ignored, and an empty message aborts
# the commit.

Story 1879 "log" link on dashboard links directly to log file.

Fix incorrect find(), should have been find_by_uuid()

refs #1871
amends 463e996ae5276dc41deca98cb444c802e6f5e251

Reload the target object before updating if it is marked read-only
(e.g., it was retrieved using a join). Also, fix error response when
update is called on a non-existent object.

Prevents ActiveRecord::ReadOnlyRecord error.

refs #1871
amends 92d1022d103b58ddad0427736a776a27f198667e

With where={"any":["contains",X]}, search all text and string columns.

closes #1867

If a GET fails while looking up a friendly name, skip the hyperlink
instead of crashing.

Also, move the "choose a friendly name" logic from helper to model.

refs #1871

Adding arv-tag unit tests.

Also:
Fix return value for deleting multiple links.
Clean up arv-put unit test code.

In collections.create, set owner to root and add a permission link
rather than setting owner to current_user. This gives the expected
behavior when two different users create identical collections: both
users can read the resulting object.

closes #1870

Obey permissions when retrieving object by UUID.

closes #1871

Lowercase model name in discovery document, like the real parameter name.

closes #1869

Fix sending resource body to server.

Resolves "Error: #<ArgumentError: No {model} hash provided with request>"

refs #1869

Merge branch '1510-arv-tag-unit-tests' of git.clinicalfuture.com:arvados into 1510-arv-tag-unit-tests

Command-line clients use $HOME/.config/arvados for config settings.

Merge branch '1748-workbench-view-files'

Moved "size" column to last and added SI order of magnitude suffixes instead of showing raw byte counts.

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

# Please enter a commit message to explain why this merge is necessary,
# especially if it merges an updated upstream into a topic branch.
#
# Lines starting with '#' will be ignored, and an empty message aborts
# the commit.

Merge branch '1499-workbench-tags'

Switch to rounded search box style on collections page, to match home page.

refs #1499

Merged 1862-show-object-links into master

Merge branch '1499-workbench-tags'

closes #1499

Fix test setup.

Even if ./tmp/ already exists, we might need mkdir ./tmp/empty_dir

Add collection search box on home page.

refs #1499

Use symbol keys to access request parameters.

Allow admin client to create API tokens for other users.

refs #1680

Unescape filenames from manifests. refs #1849

Update query in browser location bar when showing search results.

refs #1499

Fix crash if no search parameter given.

refs #1499

Reworked Files tab of collection view a bit.

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

Finished improving rendering of UUIDs for now.

Merge commit '030d673e455ac7fa92732eafe95f1db12f6a46b6' into 1862-show-object-links

Merge remote-tracking branch 'origin' into 1862-show-object-links

Add AJAX tag search box to collections.index page.

refs #1499

Update collections index to match front page table, and add tags column.

refs #1511

Still working on link naming

Improving link names

Command-line clients use $HOME/.config/arvados for config settings.

Add arv-tag to arvados-cli package

Typo fix

Hide fetch_url column on repositories page. closes #1863

Remove debug message

Fix crash when a discovered parameter is not supplied. closes #1866

Workbench explicitly requests 1000 results instead of getting the default
result list from the API server (which is only 100 results)

Object pages now show incoming/outgoing links.

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

# Please enter a commit message to explain why this merge is necessary,
# especially if it merges an updated upstream into a topic branch.
#
# Lines starting with '#' will be ignored, and an empty message aborts
# the commit.

Documentation tweaks based on Nadia's feedback.

Merge branch '1530-arv-tag-commands'

Complete `arv tag add' and `arv tag remove' support (fixes #1530)

Default redirect to workbench in production configuration to workbench.`hostname`

Fix mime-type lookup.

refs #1813

Added redirect to config file.

Merge branch 'master' of git.curoverse.com:arvados

Remove hardcoded references to Arvados Workbench, replace with
config.site_name. Also improve wording on the welcome page.

Add "Links" entry to Data menu. closes #1852

Add "arv delete" example.

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

Add "Links" entry to Data menu. closes #1852