2525: Java SDK does not need com.google.oauth-client library

Merge branch 'master' into 2525-java-sdk

2525: when using main method, print output to console.

Fix route name in nodes.create, add basic functional test.

2525: README file to serve as getting started guide.

2525: Minor updates to log4j configuration of log line format.

api: Make JSON the default response format.

Rails assumes that the request should be sent in HTML unless a format
parameter or the Accept header expressly overrides that.  This change
makes JSON the default unless the request specified it would like
HTML.

Merge branch '0000-ruby-client-config'

2525: Add ArvadosSDKJavaUser.java to serve as an example implementation of SDK usage example.

2525: What was that typo!!

Merge branch '1969-persistent-switch'

closes #1969

2525: Use log4j for logging from java SDK

Replace radio button group with a single click-to-toggle button.

Merge branch 'master' into 1969-persistent-switch

Fix error reporting, catch "=foo" in config file, add dev doc.

2525: Add pipeline template create testing. Use maven resources for input files.

2525: Address multithreading concerns in the sdk.

2525: Add sdk/java/target to gitignore list

2525: Cleanup and additional tests.

2525 - Arvados Java SDK. Eclipse project file. Since we are using maven, eclipse users may find it hard to setup eclipse project without this file.

2525 - Arvados Java SDK. API discovery and call methods working. Need logging, further cleanup, and more testing.

Merge branch '1904-object-scopes'

Closes #2642, #2662, #2682.

api: Support filters in API client auths index.

Per comments on Refs #1904.  filters is generally the preferred way to
do searching now.  I maintained existing limits on what can be
searched with this method.

api: Support scope searching in API token index.

api: Migrate VM auth scopes to new system.

VirtualMachinesController was the only one doing anything special with
API token scopes before we provided the more general-purpose system.
This commit removes its specialized code, and provides a database
migration to convert those specialized scopes to the general-purpose
schema.

api: Introduce path-based API token scopes.

Refs #1904, #2662 for background discussion.

api: Test VM login scopes.

The virtual machine controller is the only one doing anything
interesting with API token scopes right now.  I'm writing this test
for that functionality to make sure it stays effective through
refactoring.

api: Shorten name of authorized_keys index.

I had trouble running the new TimestampsNotNull migration, because I
ran into the index name limit described in the migration comments.
Running this migration first worked around the problem for me, and I
hope it saves others from tripping over it too.

workbench: Add pipeline instance tag render test.

Sasha just tickled this, so we want to prevent future recurrences.

Fix crash when tags exist for items offered in selection widget.

Merge branch 'master' into 1969-persistent-switch

Increase contrast between active/inactive sides of toggle switch.

Add tests for persistent/cache switch.

Bugfix.  Objects returned by owned_items are now sorted by uuid in order to get
a stable sort order when paging with limit and offset.

Merge branch 'master' into 1969-persistent-switch

Conflicts:
services/api/app/controllers/application_controller.rb

Merge branch '2505-update-docs'

refs #2505

Conflicts:
doc/api/methods/groups.html.textile.liquid
doc/api/methods/users.html.textile.liquid
doc/api/schema/Group.html.textile.liquid

Add UUIDs in TR tags so automated tests can find them.

Merge branch '2640-folder-api'

refs #2640

Conflicts:
services/api/app/controllers/application_controller.rb
services/api/config/routes.rb

Remove "Admin Guide" link from left nav.

Untabify.

Add persistent/cache toggle to collections table on dashboard.

Remove unused tutorial_group and tutorial_links queries.

Fix s/about/~/ substitution on dashboard.

Add persistent/cache toggle to collections#show page.

Move persistent/cache toggle into a partial.

Add persistent/cache switch to collections index page.

Fixing indentation. Closes #2688

Merge branch '2612-workbench-displays-user-storage'
closes #2612

Fixed indentation.

Merge branch 'master' of git.curoverse.com:arvados into 2612-workbench-displays-user-storage

Added link to storage page, replaced tabs with spaces.

Fix & test edge cases (no script_parameters), fix pipeline instance fixture UUIDs

Merge branch '2409-remove-unused-controllers'

closes #2409

Add detail about what script_version should look like.

Fix admin user setup instructions, add some missing "bundle exec",
remove unnecessary "Create an API token" section.

Check sanity when applying filters, and provide useful error messages.

Remove excess controllers and routes. Add tests to detect accidental future additions.

Improve examples, explanations, typography, tests

Merge branch 'master' into 2505-update-docs

Conflicts:
.gitignore

Added row to display totals.

Merge branch 'master' of git.curoverse.com:arvados into 2640-folder-api

Conflicts:
services/api/db/schema.rb
services/api/test/test_helper.rb

Rename jresponse test helper to json_response.

Merge branch 'master' of git.curoverse.com:arvados into 2612-workbench-displays-user-storage

Shortened date display, put long date view in mouseover text.

Support filters=[["attr","=",nil]]

Add tests, rename include_indirect to _linked, improve wording in
docs, improve offset/limit validation

Add explanation comments to assertions.

Made sizes human readable, added measurement date column.

Story 2352: Adding state and components_summary is completed.

Merge branch 'master' into 2352-phased-pipeline-instance-state

Added teardown to all tests which resets Thread.current[:user] and friends to
nil.  Fixed one faulty test that turned up as a result of this change.

Security bug fix to act_as_system_user to restore correct user if an
exception is raised.  Also adds tests for act_as_system_user.

Also a minor style cleanup of "== []" to ".empty?" and some additional
checks to test "refuse to activate a user before signing UA".

Merge branch 'master' of git.curoverse.com:arvados into 2612-workbench-displays-user-storage

Working users/storage page!

Have a new view showing users at /users/storage. No storage info yet, but it's a start.

Improve wording of the welcome e-mail a bit.

User.full_name should not contain just a space when first_name and
last_name are not set.

Add a test for that, too.

Properties should not have symbol keys. Our API runs on JSON, which does
not have symbol keys. We want to be consistent in our use of keys, so we
don't use symbol keys within the API server for object properties.

This fixes pre-authenticating users. Again.

Fix test that was expecting a (now) incorrect number of links.

Set default value for

  I18n.enforce_available_locales

in config/environments/test.rb.example

Merge branch 'master' into 2352-phased-pipeline-instance-state

Use the renamed components_look_ready? method during migration.

Rename is_ready method to components_look_ready? and add additional tests for state change.

Create a can_login link for a new user object, even if there are already
stray can_login link objects for another user object with the same
e-mail address in the database. Add a test for that scenario, too.

Add two missing sudo.

Set state during save

Build response objects based on item type rather than list type.

Add unit test for User#owned_items.

2352: Add state to pipeline_instance. Db migration and unit testing.

Add docs for owned_items.

Rename include_managed to include_indirect.

Support limit and offset params in owned_items.

Add owned_items action for groups and users.

Fill in "I'm in a folder" fixtures

Improve permission link examples.

Add some test fixtures that are owned by folders.

Set :null=>false explicitly on timestamp columns.

New versions of Rails do this automatically, but dev instances keep
having edit wars because some of them have never been told to add the
not-null constraint.

Remove _kind columns from schema.

(Seemingly reintroduced by accident in
cc5023d40182e503e8ba109fc86e09efd6337836)

Expose generate_uuid class method, e.g., for making test fixtures.

Add group_class attribute.