Merge branch '3112-report-bug' into 3620-admin-only-gear-menu

3112: update issue report routes config and some other minor test updates.

3112: fix indentation

3112: add some space below the submit button and alert panel

3112: minor cleanup

Merge branch '3112-report-bug' into 3620-admin-only-gear-menu

Merge branch 'master' into 3112-report-bug

Merge branch '3171-group-membership' refs #3171

3171: Merge branch 'master' into 3171-group-membership

Conflicts:
services/api/test/fixtures/links.yml

3620: display gear menu to admin users only. update the layout tests accordingly.

Merge branch '3448-keep-put-timestamps'

Closes #3448.

Merge branch 'master' into 3112-report-bug

3112: minor update in application layout test

Merge branch 'master' into 3112-report-bug

3112: Move profile testing out of application_layout_test.rb into it's own file for better testability.

Do not blow up in crunch-dispatch.rb: do not pass --jobs and --pipelines
arguments to Rails.

no issue #

Do not blow up in crunch-dispatch: fix syntax error. Ouch.

no issue #

Merge branch 'master' into 3112-report-bug

3448: update tests with "untouchable" volumes

Added a "Touchable" flag to MockVolume, so that we can test that
PutBlock does the right thing when Touch fails.  Previous code was using
volume.Bad as an attempt to test this, but that short-circuited the Put
request before it ever attempted to call Touch.

Added TODOs with more testing improvements we can make as time permits.

Merge branch 'multiple-dispatch' no issue #

crunch-dispatch can run --jobs, --pipelines, or both.

With new apiserver, after upload, arv-put prints portable data hash instead of
collection uuid for compatibility with crunch.  refs #3504

Merge branch 'master' into 3112-report-bug

Conflicts:
services/api/config/application.default.yml

closes #3153
Merge branch '3153-auto-setup-user'

3153: update the newly added vm login link to not point to the "active" user

closes #3153
Merge branch '3153-auto-setup-user'

Merge branch 'master' into 3153-auto-setup-user

Fix user agreements page when no signatures needed. Add tests. No issue #

Fix disabled Continue button on user agreements page. No issue #

3112: trailing white space

3112: report issue success event handling working in 404 error page.

3112: update report_issue.js to confine event handling to report issue. WIP: mostly working, except from the 404 error page.

Merge branch 'master' into 3153-auto-setup-user

3153: minor test updates: rename the variable "active_recipients" as "new_user_recipients" to ensure test readability.

3153: update tests to look for new user created message also when an inactive user is being created.

3153: when new_users_are_active config param is set, even blacklisted users will be "active", and hence the email notification would say the user is setup when auto_setup_new_users is set.

Merge branch '3153-auto-setup-tests' into 3153-auto-setup-user

3153: change variable name in test from valid_username to ok_to_auto_setup

3153: directly invoke setup method during auto-setup

3153: Add integration tests.

Merge branch 'master' into 3112-report-bug

Reject empty fields in job creation filters. no issue #

Merge branch 'master' into 3112-report-bug

closes #3183
Merge branch '3188-remove-selected-button'

Merge branch 'master' into 3188-remove-selected-button

3153: fix the while loop logic.

Improve error checking a bit on find_commit_range for bad revisions and missing
repositories.  no issue #

3112: reload current location when error report modal is closing. otherwise, the modal does not show up if the help menu dropdown option is used right after sending an error report from within the 404 page.

3112: modal is shown by js

Display first file in collection if name field is nil or empty. refs #3504

3448: unit tests, bug fixes

UnixVolume.Delete tests the return status of lockfile (oops, left out of
previous commit)

New unit/integration tests:

* TestPutTouch (volume_unix_test.go): issues a volume.Put for a block
  that already exists, and confirms that the mtime of the existing block
  is updated.

* TestPutBlockTouchFails (keepstore_test.go): issues PutBlock for a
  block that already exists but cannot be modified, confirms that the
  mtime on the old block is unchanged and that a new copy has been
  stored.

Added a volume.Mtime() method to return the block mtime, to assist in
testing.

3112: ajax event handling on form not working. reverting back to document for now.

3171: Do not use select param for database lookup during create/destroy actions.

3171: Skip find_object_by_uuid during :create action.

3171: Add fixtures to make Workbench tests pass under new permission rules.

3153: when exsiting repository name or vm login link is used as username, assert the generated unique username starts with the given username and ends with a number.

3153: when deriving unique name, look for all can_login links, not just the vm_uuid configured. update tests to assert the generated username ends with a number when using a preconfigured username for this link.

Merge branch 'master' into 3153-auto-setup-user

Merge branch 'master' into 3112-report-bug

3112: limit ajax event handling only to the report form

Merge branch '3504-clients-compatible-with-3036' refs #3504

3504: Don't create stand-in "name" links for post #3036 apiserver

3504: Support copy and moving collections on new apiserver

3504: Back out tags on project rows.  Revisit in a later story.

3171: Update tests to conform to new permission behavior.

Obey "select" parameter during #show too, not just #index.

3171: Do not follow permission graph through a User, unless permission on the User is can_manage. Restore usual permission model to user lookups. Add tests.

3171: Outdent giant "if ... else return self" construct.

3448: add error checking in volume.Touch()

Add error checking that was erroneously left out of previous commit.

Refs #3448.

3153: trailing white space

3153: return nil if no unique username can be derived from an email address. no setup will happen in that case.

3112: change submit button text

3448: add error checking

Code review comments in https://arvados.org/issues/3448#note-9

* volume.Touch() must fail if the file cannot be locked
* if volume.Touch() fails, continue looking for other volumes that can
  fulfill the request.

Refs #3448.

3448: unit tests for deleting new blocks

Added cases to TestDeleteHandler to test that blocks newer than
-permission_ttl will not be removed from the volume even if
volume.Delete() returned true.

Refs #3448.

Merge branch 'master' into 3112-report-bug

3448: code review comments.

Extend GetBlock() to optionally update the file modification time, so
PUT operations can update the timestamp of an existing block.

UnixVolume.Delete() returns nil if the file is too new to delete (the
reasoning here is that this is the correct thing for the server to do,
even if the result technically does not fulfill the user's request, so
the server should return success).

Refs #3448.

3153: use loop with counter than while(true) to derive unique username

3504: Remove link to links index page on tags.  Add comment to
CollectionsController#choose.  Adjust column width in collections file table.

3153: update tests to check for existing repo name

3504: Don't set owner_uuid redundantly.

3036: Use preload_objects to fetch owner_uuids in the controller instead of in the view.

3448: minor bugfixes

Refs #3448.

3171: Add tests for desired behavior. Start using FactoryGirl.

3153: username regexp is updated

3448: check block timestamp before DELETE

volume.Delete locks the target file and checks the timestamp before
proceeding. If the file is newer than permission_ttl specifies, return a
PermissionError. This way, a block that has been marked for recycling by
Data Manager but subsequently was re-added by a user will not be
prematurely deleted.

PutBlock now updates the timestamp on the target block if it already
exists on disk, to prevent DELETE from recycling old blocks that have
just been refreshed.

To update block timestamps, the blob server uses the new volume.Touch
method.  MockVolume and UnixVolume have been updated appropriately.

Refs #3448.

Be smarter about cleanup in crunch-job after a job finishes. This should
resolve the problem of the many leftover stale mount points.

no issue #

Merge branch 'master' into 3153-auto-setup-user

3153: update regexp, email message

3504: Set owner_uuid when creating collection (will set owner_uuid of name link
on old apiserver, and set owner of collection object directly on new
apiserver.)

3504: Set the capybara driver explicitly so tests pass again.

Merge remote-tracking branch 'origin/master' into 3504-clients-compatible-with-3036

3504: Fixed preload_links_for_objects to use @objects.to_a.  Fix collections
page to restore link names.  Remove obsolete tests for "persist" button.  Tweak
pipeline instance tests.

Merge branch 'master' into 3153-auto-setup-user

3112: move ajax event handling into a separate js file

3112: use jquery syntax for find buttons

3112: and it would help if that said partial is committed :)

Merge branch 'master' into 3112-report-bug

3112: use partial to report error

3504: Use preload_links_for_objects in projects_controller.  Use
self[:portable_data_hash] in collection.rb to avoid recursive definition of
.uuid and .portable_data_hash.  Revert change to show_attributes.  Removed
column from collections show_recent.  Reverted python tests to correspond to
behavior of pre-3036 API server so test pass.

Fix run_test_server Keep blob filename handling.

No issue #.

3504: CollectionReader accepts arvados object collection uuids.  'arv-put' sets
owner_uuid when collection is created.  Fixed indentation.