10655: Add arvbash to tools/

Merge branch '10651-cwl-submit-runner-ram' refs #10651

Merge branch 'origin-10293-cwl-cr-output' closes #10293

10293: Update test_done to test more stuff and remove redundant test_done_use_existing_collection.

10651: Check --submit-runner-ram has a valid value.  Add tests.

10293: Fix error message when wrong --api provided.

10651: Add --submit-runner-ram to specify amount of RAM that should be
allocated for workflow runner job or container.

10293: Avoid noisy and unhelpful error when cwl.output.json is missing.

10293: Improve error messages for --api and unsupported InitialWorkDirRequirement.

10293: Don't try to json decode empty output file to reduce spurious errors.

10293: Override workflow runner done() to get container from container request.

10293: Bug fixes

* Now polling state on self.poll_api.container_requests() table
* Runner object puts "self" into processes table
* Don't report spurious ApiError when not running in container

closes #10518
Merge branch '10518-crunch2-only-wb'

Merge branch '10599-run-build-packages' closes #10599

10599: Add run-build-packages-one-target.sh --only-build, run-build-packages looks for $ONLY_BUILD in its environment.

10518: update API groups_controller.contents method to exclude classes with index disabled and update user guide to use "Run a process" instead of "Run a pipeline"

Merge branch '10630-no-json-debug-dump' refs #10630

10630: Bump cwltool version to completely skip debug statements that make
expensive json.dumps() calls.

Merge branch '10586-writer-pool-deadlock' refs #10586

10586: Add extra notify_all() as deadlock insurance.

10586: Fix misuse of "!=" to mean "is not".

10586: Do not pile on more errors in the service.finished() case.

Install upgraded setuptools in arvbox, refs #10583

Merge branch 'master' into 10293-cwl-cr-output

10586: Suppress stack traces for expected http errors.

10586: Fix deadlock in KeepWriterThreadPool.

Previously, an unhandled exception in KeepWriterThread (including
KeepService.put()) would terminate the thread without calling
queue.task_done(), which would cause queue.join() to deadlock.

Additionally, this commit moves all of the "wait until work is needed"
logic from KeepWriterThread into KeepWriterQueue.

Update arvados-cwl-runner with compatible dependencies, refs #10583

refs #10290
Merge branch '10290-scheduling-parameters-doc'

10290: scheduling_parameters documentation

Merge branch '10484-count-clients' closes #10484

Update cwltool version with compatible dependencies, refs #10583

10535: Fix race-to-deadlock bugs in tests.test_events: use threading.Event, not threading.Condition. refs #10535

refs #10524
Merge branch '10524-crunch2-workbench'

10524: update test assertions

Merge branch 'master' into 10293-cwl-cr-output

10293: done_outputs in a try/except block

Merge branch '10583-cwl-salad-ver' refs #10583

10583: Bump versions.

10293: invoke output_callback in a try/except block

Merge branch 'master' into 10293-cwl-cr-output

closes #10524
Merge branch '10524-crunch2-workbench'

Merge branch '9897-log-block-prefetch-worker-exceptions' closes #9897

Merge branch '10473-keepstore-logrus' closes #10473

Merge branch '10498-arvdocker-project-uuid' refs #10498

10498: Handle project_uuid of None in arv_docker_get_image.

10524: add additional test assertions to disabled_api_test

9897: Changes as per discussion in #9897.

Arvbox sets PATH, GEM_HOME and GEM_PATH in common.sh.  refs #10410

10484: Report current client count.

Merge branch '10473-keepstore-logrus' closes #10473

10473: Tune up text-format logging.

10473: Use fixed-point timestamps and more human-readable field ordering, hide "incoming request" if level<debug.

10473: Fixed-width timestamps.

10473: Log requests/responses in JSON format by default; add config option for text format.

10524: update tests to look for 'Run a process' button instead of 'Run a pipeline'

Merge branch '10484-keepstore-stats' refs #10484

10524: update workbench titles to use "processes" instead of "pipelines and processes" when pipelines are disabled.

10484: Remove unused volumeStats.

10484: Test s3 bucket stats.

10484: Tidy up stats-tracking code into a bucket proxy type.

10484: Track non-s3 errors by Go type.

10484: Track s3 errors by response code.

10484: Report volume IO stats for S3 volumes.

10484: Serve MemStats at /debug.json instead of /status.json.

Merge branch '10499-cwl-crunch2-docs' refs #10499

Merge branch '10470-slurm-error'

refs #10470

10470: Recognize more slurm error messages.

Example from slurm 14.03.9:

srun: error: _server_read: fd 12 got error or unexpected eof reading header
srun: error: step_launch_notify_io_failure: aborting, io error with slurmstepd on node 0
srun: Job step aborted: Waiting up to 2 seconds for job step to finish.

Merge branch '10556-get_anonymous_user_token.rb-multiple-similar-records'

refs #10556

Merge branch '10498-register-with-chosen-api' closes #10498

10498: Check error message in "incompatible APIs" test.

10498: Tweak var names and help messages.

Update documentation about get_anonymous_user_token.rb to prevent duplicates

refs #10556

Merge branch 'master' into 10293-cwl-cr-output

Conflicts:
sdk/cwl/arvados_cwl/__init__.py
sdk/cwl/arvados_cwl/arvcontainer.py

10293: update documentation with scheduling_parameters, log_uuid and output_uuid.

Merge branch '10529-cwl-exception-stuck' closes #10529

Merge branch 'master' into 10293-cwl-cr-output

refs #10293
Merge branch '10293-container-request-output-uuid'

Merge branch 'master' into 10293-container-request-output-uuid

10293: add scheduling_parameters to containers controller

Permit use_existing in create-and-commit container requests.  refs #10216

10498: --create-workflow and --create-template do the same thing, depending on --api choice.

Also:

* --update-workflow works for pipeline templates, too.

* --update-workflow establishes --api=jobs or --api=containers
  depending on the UUID. (If this conflicts with an explicit --api
  argument, that is an error.)

* If no --project-uuid is given, the user's UUID is not passed
  explicitly with create/update requests. The API will default to the
  user's UUID or (when updating an existing object) leaving the
  existing object's owner unchanged.

Merge branch '10293-container-request-output-uuid' into 10293-cwl-cr-output

Merge branch 'master' into 10293-cwl-cr-output

Merge branch 'master' into 10293-container-request-output-uuid

closes #10290
Merge branch '10290-container-partitions'

Merge branch 'master' into 10293-cwl-cr-output

10293: update cwl runner

10529: Improve handling errors raised when collecting outputs.  If state
polling thread crashes, terminate executor.

10290: scheduling_parameters added to container_requests controller.

Merge branch 'master' into 10290-container-partitions

Merge branch '10290-container-partitions' of git.curoverse.com:arvados into 10290-container-partitions

Merge branch '10410-arvbox-ruby' refs #10410

closes #10435
Merge branch '10435-cwl-output-tags'

Merge master to output-tags branch and resolve conflict

10410: Add -o Acquire::Retries and combine package installation into single layer.
Add some packaging and arvbox-related files to .gitignore.

Fix typos.

refs #10346

10293: add output and log uuids to containter_request search index.

Merge branch 'master' into 10293-container-request-output-uuid

10293: added log_uuid to container_requests

Merge branch '10346-rearrange-api-docs' closes #10346