Improve API server's git rev-list calls.

This doesn't completely silence errors, but it makes them less verbose
and prevents git from trying to look up paths, which we never want.

3195: Improve error handling in Job creation API.

* Express the default filters using high-level operators, then convert
  them to SQL filters using the same conversion logic users get.

* Raise an ArgumentError when a git version search fails.

* Render normal error pages from ArgumentErrors.

Merge branch '2044-api-users-index-wip'

Refs #2044.  Closes #3217.

2044: Improve API test fixtures around projects.

This change adjusts the API server test fixtures to look more like
real data would: items in projects have the project's UUID as their
owner_uuid.

2044: API filters can search on boolean columns.

2044: Non-admins get all users' basic info from index API.

This will support a Workbench feature to let users at the same site
share projects with each other.  Adding kind to index requests with
select parameters is necessary to help Workbench understand the
result.

There was extensive discussion on IRC about whether or not e-mail
addresses should be included in this information.  We toyed with ideas
like providing an e-mail address checksum, so that you could find
exact but not partial matches.  Ultimately I decided that none of
those measures were worth the hassle, because the domain of addresses
at any given site would be small enough that they would easily be
discoverable through brute force.

3113: Make job task test more robust.

Per Tom's feedback in refs #3113.
I should've made this change before I merged; apologies.

Merge branch '3113-qsequence-serial'

Refs #3113.  This is a useful bugfix, but we need to test whether
this fully resolves the issue.

3113: API server assigns task qsequence from a PostgreSQL sequence.

We always wanted monotonically increasing qsequence values.  This
implements that.

Because sequences are specific to PostgreSQL, it can't be expressed in
schema.rb.  This commit switches our Rails configuration to dump the
database schema in SQL to capture that.

PostgreSQL supports assigning a column's default value from a
sequence, but this doesn't play well with ActiveRecord.  Without more
information, it always tries to assign NULL as the column value,
rather than leaving it unassigned to get the default.  We have to get
the value from inside the model.

3113: Remove qsequence assignment shim. Clarify "do not load tasks
queued by a failed task" logic in crunch-job.

The --pretty option was removed from arv some time ago. Do not refer to
it in under the 'Advanced' tab in workbench.

no issue #

Fix broken links to SSH key help page. no issue #

Merge branch '3219-further-docker-improvements'

refs #3219

Update the documentation to reflect the new, safer build.sh --realclean
behavior.

refs #3219

Be smarter about building and the --realclean option:

* remove intermediate containers after a successful build
* --realclean removes only images labelled arvados/*
* --realclean removes only arvados containers

refs #3219

Sanitize how we handle the --ssh option in the api docker container.

refs #3219

Merge branch '3219-further-docker-improvements'

refs #3219

Be consistent about the version of ruby that is installed by rvm and
used by the various containers. Be consistent about using rvm-exec and
bundle exec in every command that uses ruby.

Add documentation and warning about --realclean option to build.sh

refs #3219

Whitespace fix.

refs #3219

Another tweak to tutorial-job-debug.html.textile.liquid

no issue #

Be more explicit that hello-world.py is a script which is expected to fail.

no issue #

Improve arv-run-pipeline-instance's logging when it encounters an error.

no issue #

Give API server arv-run-pipeline-instance bugfix.

This commit ensures that crunch-dispatch gets the bugfix in b5b0f8c9.
No issue #.

3201: Simplify logic to decide "My Projects" is selectable.

Thinking about it on the commute home, I decided that my previous
implementation that inspected action_href (e007ef71) was too clever by
half.  Following the adage that explicit is better than implicit, this
version provides a knob you can turn to just say whether or not "My
Projects" is selectable.

Closes #3201.

closes #3203
Merge branch '3203-workbench-tutorial'

Merge branch 'master' into 3203-workbench-tutorial

3201: Only Projects can be moved to "My Projects."

Before this commit, it was possible to move any object that goes in
folders to "My Projects."  If you did, it would be removed from any
project, and owned by the user directly.  This is non-obvious.  Data
should be removed from projects by using the trash icon on the project
page instead.

Closes #3201.

arv-run-pipeline-instance doesn't submit nil Job parameters.

This is the same principle that we already take with POST parameters,
applied to the body of the Job itself.  It immediately prevents
sending nil runtime_constraints, which the API server doesn't accept.
It should also mean that any error messages passed on from the API
server are more likely to be helpful.

No issue # - reported by Abram on IRC.

Merge branch 'master' into 3203-workbench-tutorial

3203: fix doc issues with old dashboard references.

Start API pipeline integration test.

No issue #.  I wrote this while debugging the issue in the previous
commit.

3203: fix doc issues with compute references.

3209: arv-run-pipeline-instance sends instance body as JSON.

If we don't encode the body as JSON ourselves, the API client library
will omit empty attributes.  This can cause required component
attributes like script_parameters to be lost, so we need to circumvent
that behavior.  It also seems safe, since we already do the same
encoding in the update method.  Closes #3209.

Merge branch 'resumable-output-upload'. Adds signal handling and error recovery
when uploading job output to run-command wrapper.  refs #2342

Actually use the resume cache

Merge branch 'master' into 3203-workbench-tutorial

3203: Update the pipeline tutorial page to run pipeline from a project.

Turns out sys.exit runs finally: blocks.

Add debugging

Wrong num args

SigHandler object

Still messing with signals.

Fix wrong number of parameters

Record signals a different way

More work on signal handling

Forward signals to process.

3203: Update "Accessing Arvados Workbench" page.

refs #2380 Needed to updated all docs referencing to SSH documentation.
Merge branch '2380-ssh-doc'

2380: ssh doc references are updated to point to the right env.

Use resumable upload writing output in run-command

closes #2380
Merge branch '2380-ssh-doc'

Merge branch 'master' into 2380-ssh-doc

Merge branch '3206-keepproxy-use-client-token' closes #3206

Merge branch '3078-arv-put-name-links'

Closes #3078, #3176, #3205.

3176: Fix arv-put's resume cache writing.

Refactoring directory creation into _util accidentally broke this:
arv-put was trying to save the cache to a relatively directory that
almost never existed, and then silently ignored the error.

3078: Add arv-put options to add the upload to a Project.

3078: arv-put supports dynamic stderr.

3078: arv-put always writes progress before starting work.

It previously did this when resuming, but there's no reason we
shouldn't do it when starting fresh as well.

Merge branch 'master' into 2380-ssh-doc

2380: update the add key image and text

Keepproxy use client-supplied token when forwarding GET and PUT requests.

2380: more updates

2380: Extract common documentation items from Unix and Windows environments into include files.

missing paren typo in arvados-bcbio-nextgen.py.  refs #2991

bc-bio script links gemini reference data.  refs #2991

3204: Remove redundant pull-right from Workbench Collections search.

content_for :tab_line_buttons is already wrapped in a div.pull-right.
Doing that a second time forces the contents into an overly-small
box.

Closes #3204.

refs #3140
Revert back the UI to display only one tab instead of 5 content tabs since it is not working when accessing a project with large amounts of data.
Merge branch '3140-undo-project-content-tabs'

3140: revert multiple content tabs work

add 'import sys' to arvados-bcbio-nextgen.  no issue #

Don't use "arv" command wrapper, call arv-get/arv-put directly.  Avoids
dependency on arvados-cli gem being properly configured on compute node.
no issue #

2380: one more update

Update arvados-cli dependency to correct deployed version. no issue #

Merge branch '3123-pipeline-report-job-submit-errors' closes #3123

Google API client jsonifies the body, so we don't have to.

2380: rename ssh-access.html.textile.liquid as ssh-access-unix.html.textile.liquid

2380: minor updates

Update package version dependencies on arvados-cli to use commit:7bd2ee2

2380: more updates and also correct the link to unix page from within the windows page

arv-run-pipeline-instance sends error message to logs table when job submission
fails.  Pipeline instance view in workbench now shows messages for the pipeline
instance (in addition to the jobs) and shows messages when the pipeline is
failed (not only when it is running.)

Merge branch 'master' into 2380-ssh-doc

closes #3140
Merge branch '3140-project-content-tabs'

crunch-dispatch: make sure to update the info['slurm_state'] for the
correct node, not just the first one that happens to have a matching
hostname in our database.

no issue #

Merge branch 'master' into 3140-project-content-tabs

Merge branch 'master' into 3140-project-content-tabs

Merge branch 'master' into 2380-ssh-doc

2380: more doc updates

2380: minor doc updates

Don't render selection check boxes when using show_file partials from chooser
modal.  closes #3103.

2380: minor doc updates

Consider script_parameters in determining whether to merge script boxes in
pipeline graph drawing.  Also tweaks behavior generating label for
script_parameter boxes to be more compact.  closes #3100

2380: ssh to SSH where applicable

Merge branch 'master' into 2380-ssh-doc

Default arvados-bcbio-nextgen pipeline to use freebayes instead of gatk.  no issue #

arvados-bcbio-nextgen writes output now.  Put write_directory_tree under the
try/except block in run-command.  Tweaked return code output.  no issue #

Bugfix os.environ() -> os.environ[] no issue #

Merge branch 'bcbio-nextgen' refs #2991

Add -n cores to run bcbio in parallel on a multicore node.

Add $(node.cores) substitution to run-program, and add CRUNCH_NODE_SLOTS to
environment passed to docker jobs. no issue #

run-command retry after exception when writing output to keep.  no issue #

Doc: fix link to pipeline instances page in workbench.

no issue #