Merge branch '9277-trash-container-outputs' closes #9277

closes #11104
Merge branch '11104-work-unit-expand-on-caret'

11104: add fa-caret-down class to hyperlink rather than adding a span with icon.

9277: Include trashed collections when creating copy collection for container
request.

closes #11103
Merge branch '11103-fts-crs'

11103: ensure the index exists before attempting to drop it.

9277: crunch-run Log and output collections set is_trashed to true instead of
setting trash_at.

11103: Omit mounts from container_requests and definition from workflows for full text search index.

Merge branch '11017-docker-migration'

closes #11017

Merge branch '10797-ruby-2.3'

closes #10797

10797: Merge branch 'master' into 10797-ruby-2.3

10797: Ruby 2.3.3

Update golang version to 1.7.5. Also make the equivalent changes to the
(new) ubuntu1604 build scripts.

refs #10797

Merge branch 'master' into 10797-ruby-2.3

refs #10797

11017: Add arv-migrate-docker19 to package.

11017: When compute nodes use image format v2, prefer migrated docker images.

Merge branch 'arvbox-docker-imgfmt' no issue #

Update test_with_arvbox script.

Set docker_image_formats to v1.

Merge branch 'fix-arvbox' no issue #

Fix arvbox build.

* Set up fuse groups separately.
* Separate generating superuser token from writing file so as not to write file on failure.

Merge branch '10701-refactor-dispatch'

closes #10701

10701: Update error text in test.

10701: Improve comments and identifiers.

11017: Add arv-migrate-docker19

Merge branch '9397-cwl-initialworkdir-crunchv2' closes #9397

9397: Improve container InitialWorkDir test.

9397: Fix keep URI splitting.  Fix error when container has error log
collection with single file.

9397: arvados-cwl-runner implementation of InitialWorkDir on container API.

Update schema-salad pin. refs #10993

Update cwltool pin. closes #10993

Merge branch '9397-prepopulate-output-directory' refs #9397

Merge branch '10846-nodemanager-errors' closes #10846

Merge branch '11088-keep-cache-units'

closes #11088

Merge branch '11070-ws-listener-problem'

closes #11070

closes #10903
Merge branch '10903-wb-cancel-cascade'

11088: Fix keep_cache_ram units.

Merge branch '10956-arvput-pdh-fix'
Closes #10956

Merge branch '3900-trash-collections-delete-api'
Closes #3900

closes #10945
Merge branch '10945-used-in-section-for-cwl-jobs'

10903: support need_transaction for job and pipeline_instance cancel methods.

9397: Fix bind behavior to include Path.  Update tests to check container binds
as well as output manifest.

9397: Adjust stream normalization to use just digest (no hints) to de-duplicate
block locators.

10701: Get multiple pages of queue if necessary.

10701: Fix chan type.

10701: Add back MinRetryPeriod throttle. Update comments/identifiers.

3900: Merge branch 'master' into 3900-trash-collections-delete-api

3900: Flipped item.destroy call for semantics reasons

10945: "Used in jobs" panel placement

Merge branch 'master' into origin-9397-prepopulate-output-directory

Merge branch '9397-go-manifest' refs #9397

9397: Update comment & tests for CollectionFileReader to reflect it is more
lenient in the paths it accepts as a result of updates to implementation of
manifest.FileSegmentIterByName.

10701: cleanup

10701: Refactor dispatch library.

10945: show jobs in which this job is used in job#show page.

9397: Tweak method documentation for Extract()

9397: Update method documentation for Extract()

10956: Fixed cwl test mocks to match behaviour change on collection class.

9397: Fix major bug in firstBlock().  Refactor ManifestTextForPath() to
Extract().  Test returning errors from Extract().

9397: Fix collection.go to use blockdigest.LocatorPattern

9397: Fix collection.go to use blockdigest.LocatorPattern

9397: Use ManifestTextForPath

Merge branch '9397-go-manifest' into origin-9397-prepopulate-output-directory

9397: Remove conflicting code for easier merge

10846: Specify whether to try to resume the node when cancelling shutdown

9397: Use idomatic loop form.

9397: Move most functions into private API.

* Document ManifestTextForPath().
* Check for invalid file segments, and fix tests that were using invalid file segments(!)

10701: Tidy up error handling.

10701: Fix edge case: scheduling_parameters.partitions=[]

11070: Fix startup race: clients can safely connect before/during pq setup phase.

11070: Add some logs, ensure shutdown after a pq connection problem.

Merge branch '10700-dispatch'

refs #10700

10700: Fix error message.

10903: use cancel with cascade to cancel jobs and pause pipelines.

10956: When asked for the recently uploaded collection's pdh, arv-put will compute a pdh from the local collection's manifest and compare it with the API server provided version. If they differ, it will log a warning, always returning the API server's version.

10956: Get PDH from API server's response when saving a collection so that it doesn't have to be calculated when being asked for later on.
Updated tests to reflect this change.

3900: Reverted changes so that only Collection deletion from a project get deleted via an delete API call.

3900: When deleting items inside a project, use the delete API. In the special case of trashing collections, first remove them from its parent project.

9397: Add manifest normalization and sub-manifest extraction by path.

Introduces "SegmentedManifest" which stores streams -> files -> file segments.
Enables reexport of manifest in normalized form, as well as extraction of
individual files, streams or sets of streams.  Also adds binary search for
efficiently determining first block to access for some stream offset.

10903: Add cancel method with cascade to pipeline_instance and update a job's cancel method to accept a cascade parameter.

9397: add pre-population of output directory documentation

Merge branch 'master' into 9397-prepopulate-output-directory

9397: add normalized manifest test

9397: add handling of denormalized manifest

9397: NormalizeManifest

Merge branch '10968-arvput-resume-progress'
Closes #10968

10968: Deleted space char at the end of a comment

Merge branch 'master' into 10797-ruby-2.3

Conflicts:
build/package-build-dockerfiles/Makefile

9397: get manifest segment for a subdir or file using manifest from sdk.

10968: Added a notification when uploading at least one directory, just to let know the user that the expected bytes count can take some time when trying to upload lots of files.

Merge branch '10969-check-docker-format'

closes #10969

10968: Changed the periodic update thread to run every 1 second while arv-put is checking which files to skip, only notifying the user via the progress indicator.
When starts uploading the rest of the files, the update thread returns to the previous behaviour, running once every minute and checkpointing to the cache.

Merge branch '10932-arvput-slow-resuming'
Closes #10932

10932: Changed _file_paths from being a list to a set so we're not going to copy it when checking for missing files on local collection on resume start.
Added comments on cache saving explaining why is better to use json.dumps() instead of copy.deepcopy().

9397: Use manifest.FileSegmentForPath to get manifest segment for a file path. Cache collections to avoid fetching
the same collection repeatedly. If no manifest segment found for a mounted path, log that fact.

10846: Revise shutdown behavior.

* Remove node blacklisting.  Because of arvados node record reuse and assigning
  compute node ids based on record uuid, it was possible to boot a new node
  with the same id as a previously blacklisted node.  Previously blacklisted
  'broken' nodes are now considered 'down' when determining if it is necessary
  to bring up new nodes.

* Failure to destroy a node is no longer retried by the shutdown actor.  A
  failure cancels the shutdown.  The daemon is expected to schedule a new
  shutdown attempt.

* Restored the concept of "cancellable" shutdown, which checks if the node is
  still shutdown eligible before actually making the call to shut it down.

* Adjusted mocking behavior to fix tests which were producing suppressed
  errors (visible in debug logging but not failing the test) when node sizes
  were inconsistent between the wishlist, cloud_node objects, and
  ServerCalculator.

10969: Add docker_image_formats server config, and corresponding check in `arv keep docker`.

10932: Replaced the use of a list with a set to check if files on local collection are on the local file list, so that the resume start time is greatly reduced.
Also, the save_state method was taking too much time on two operations: deepcopy() and json.dump(). Replaced both with just one call to json.dumps() that's a lot faster than json.dump().
This will improve overall performance on big file collections uploads.

Merge branch '10990-keep-web-ranges'

closes #10990

10990: Add Seek tests.