2929: provenance graph is cutoff on the left. Removed the absolute positioning on the div to resolve the issue.
We now have functioning provenance graph display for pipeline instances, jobs, and collections.

2762: Do not try to auto-destroy referring links when destroying a model with no uuid. refs #2762

2754: Change "create pipeline" label to "run", to match others in same workflow.

Another fix to sharing scope to use keep_services/accessible. refs #2766

Added proper sharing scope to permit actually downloading shared files. refs #2766

2753: Fix Collection inline file view.

The height limit needs to be applied to the images themselves, rather
than the containing div.

Added rescue AccessForbiddenException to collections controller and view to
disable the "sharing link" feature when the client is untrusted. refs #2766

Merge branch '2044-share-button' refs #2766

Go Keep client correctly closes response body on client requests, should fix
lingering connections problem.  Also added graceful shutdown on SIGINT to
keepproxy. refs #1885

Merge branch 'master' of git.curoverse.com:arvados

An equivalent of this script is now at services/api/script. This was done as part of Feature #2272.

2754: Merge branch '2754-pipeline-template-description' refs #2754

2754: Add migration missing from commit:fe84c84827af6092784408629e4cde0663fe6af8

2044: Fixed CollectionsController#search_scopes to use 'filter' correctly
instead of using 'where' incorrectly.  Reverted most changes to
ArvadosModel#ensure_owner_uuid_is_permitted.  Added rescue to
collections/show.html.erb when log.event_at is nil.

Do not use symbol keys in the properties of permission links.

Merge branch 'master' into 2044-share-button

2892: Fix user agreement routing. closes #2892

2862: Use ?format=js so browser does not think js and html views are
interchangeable. closes #2862

2760: Merge branch '2760-not-all-objects-in-folders' refs #2760

Merge branch 'master' of git.curoverse.com:arvados

Adjusted timeout on websocket_test from 3 seconds to 4 in an attempt to reduce
the number of spurious timeouts on jenkins.

Merge branch 'master' of git.curoverse.com:arvados

Merge branch 'master' of git.curoverse.com:arvados #2751

Merge branch '2756-eventbus-in-workbench' into 2678-owned_by

Conflicts:
services/api/script/crunch-dispatch.rb

2756: fix error where partial lines were potentially logged

Merge branch 'master' of git.curoverse.com:arvados refs #2751

Merge branch '2751-python-sdk-keep-proxy-support' closes #2751

Merge branch 'master' into 2756-eventbus-in-workbench

2756: log span title

2756: fix typo in helper method signature

2756: update the ui to show job progress, and links in one column

2525: add some javadoc comments

2678: upon Tom's feedback, setting owner_uuid of the pi whether or not the pi belongs to a group.

2754: Add pipeline template description attribute.

Merge branch 'master' into 2525-java-sdk

Merge branch 'master' into 2678-owned_by

Merge branch 'master' into 2756-eventbus-in-workbench

Merge branch 'master' into 2525-java-sdk

Merge branch 'master' into 2767-doc-updates

2760: Exclude system objects like VMs and repos from folder behavior.

Merge branch '2755-python-sdk-permissions'

Refs #2755.

Merge branch 'master' into 2525-java-sdk

2760: Merge branch '2760-folder-hierarchy' refs #2760

2751: Test tweak to clear settings after changing environment variables.

2865: collect garbage after each GET and PUT.

Quick fix for Keep OOM errors: reclaim memory aggressively.
Fixes #2865.

Merge branch '2756-eventbus-in-workbench' into 2678-owned_by

Merge branch 'master' into 2756-eventbus-in-workbench

Merge branch 'master' into 2678-owned_by

2751: Changed to "except:" to "except Exception:".  Refactored environment setup in keep_client_Test to be a bit more robust.

2678: update a-r-p-i to set the owner_uuid on the newly created job when the pi belongs to a group. also, update crunch-dspatch to create the log lines with the group's owner_uuid.

Merge branch 'master' of git.curoverse.com:arvados refs #1885

1885: Tests and bugfixes for -no-get and -no-put options.

2760: Merge branch 'master' into 2760-folder-hierarchy

Merge branch 'master' into 2756-eventbus-in-workbench

2863: Remove debugging print from Python KeepClient.

Other tools like crunch-job parse the output of tools like arv-get and
arv-put.  Right now crunch-job is saving this debug output in the log
attribute of running jobs, which confuses several other tools like
Workbench.

Closes #2863.

2756: added a link to job when a job is chosen

2756: log write

2756: fix issue from merge conflict

Merge branch 'master' into 2756-eventbus-in-workbench

Conflicts:
apps/workbench/app/assets/javascripts/pipeline_instances.js

2829: add X-Block-Size response header

Responses to successful GET or HEAD requests include an X-Block-Size
header.

Merge branch 'master' into 2767-doc-updates

2755: incorporate code review.

* Unit tests cover all permutations of signature/authorization when
  --enforce-permissions=false

* Keep is more forgiving about the structure of locators, permits
  locator hints of unknown type (as long as they begin with an uppercase
  letter)

* Keep delivers 400 Bad Request for requests that do not match any
  route, or are lexically invalid. 404 Not Found only for requests with
  a syntactically valid hash not found on disk.

Refs #2755.

2760: Merge branch 'master' into 2760-folder-hierarchy

2760: Disambiguate "hover" from "selected" style. Do not highlight
non-selectable rows on hover.

2755: add support for signed locators in the Python SDK.

* arvados.Keep.put() saves the response body (which may contain a
  signed locator) and returns it to the caller.

* arvados.Keep.get() passes the full signed locator to the remote Keep
  server. The bare MD5 hash is still used for caching and for
  shuffled_service_roots

* run_test_server.run_keep() takes arguments 'blob_signing_key' and
  'enforce_permissions', for testing permission signatures in unit
  tests.

* test_keep_client: new unit tests for permissions:
    - with --enforce-permissions=true:
        - GET with a signed locator works
        - GET with an unsigned locator fails
        - unauthenticated GET fails
    - with --enforce-permissions=false:
        - GET with a signed locator works
- GET with an unsigned locator works
- unauthenticated GET works

Bug fixes to permission handling in the Keep server:

* Locator hints may appear in any order; be flexible. Parse them in
  GetBlockHandler rather than in the REST router.

* Returned locators are terminated with newline (consistent with
  Warehouse, and more friendly for human debugging).

* The locator returned from a PUT request always has a size hint.

* The correct Authorization header keyword is "OAuth2", not
  "OAuth". D'oh.

* Updated unit tests to accommodate newlines, size hints and OAuth2.

Refs #2755.

2760: Merge branch 'master' into 2760-folder-hierarchy

Merge branch 'master' into 2044-share-button refs #2044

2760: Use "My Folders" to indicate the root of my folder hierarchy.

Merge branch 'master' into 2751-python-sdk-keep-proxy-support refs #2751

Merge branch '1885-keep-proxy' closes #1885

1885: Added logging of invalid requests.  Added logging when the server list is
update.  Improved KeepClient error reporting.

Merge branch 'master' into 1885-keep-proxy refs #1885

1885: Fix bug in not returning from the handler on failed authorization.
Improved logging (which uncovered the previous bug.)  Tweaked go.sh and tests.

1885: Made ServiceRoots atomically updatable, so that KeepProxy can poll for
changes in the services list without disrupting any active flows.

Merge branch 'master' into 1885-keep-proxy refs #1885

1885: GET and HEAD through the proxy work correctly now.  Added invalid API token test.

1885: Full-stack integration test (api+keep+keepproxy+keepclient) works!

Merge remote-tracking branch 'origin/master' into 1885-keep-proxy refs #1885

1885: Integration test of proxy work in progress.

1885: Stubbed out integration test for proxy

Merge branch '2798-go-keep-client' into 1885-keep-proxy refs #1885

2751: Teaching run_test_server how to run the proxy server for testing.  Added -pid option to keep server.

Merge branch '1885-keep-proxy' into 2751-python-sdk-keep-proxy-support

1885: Added logging of invalid requests.  Added logging when the server list is
update.  Improved KeepClient error reporting.

2754: Merge branch '2754-easy-run-pipeline' refs #2754

2754: Make default parameter label more explicit.

2044: Sharing link now shown in "Sharing and permissions" panel, no longer uses
a modal popup.  Produces download link that is confirmed works.

Merge branch 'master' into 1885-keep-proxy

1885: Fix bug in not returning from the handler on failed authorization.
Improved logging (which uncovered the previous bug.)  Tweaked go.sh and tests.

Merge branch 'master' into 2767-doc-updates

Merge branch 'master' into 2756-eventbus-in-workbench

2756: rescue any exceptions. do not write to redis. use log properties, instead of summary to store the potentially big strings.

2760: Use lambdas instead of defining methods with misleading scope.

2754: Fix css selectors in test case.

2754: Allow template to specify form label, fix up wording and formatting.

Fix crash in jobs.queue API. Add test case.

Merge remote-tracking branch 'origin/master' into 2044-share-button

1885: Made ServiceRoots atomically updatable, so that KeepProxy can poll for
changes in the services list without disrupting any active flows.

Merge branch 'master' into 1885-keep-proxy

Merge branch '2798-go-keep-client' closes #2798