5493: add pager-count where text such as "1 of 10" is shown.

Merge branch 'master' into 5493-getting-started-modal

5493: remove the helper method update_getting_started_shown_user_pref, and instead perform prefs update in the view itself.

Merge branch '5502-node-manager-gce-ssd-wip'

Refs #5502.

5493: add test for the getting_started help menu item.

5493: update user_profile test to expect getting_started modal for users with no previous profile configuration;
also, add one more user scenario where prefs exists with getting_started_shown but no profile.

5493: (thanks to tom) modal paging is awesome.

5493: fix a bug in user profile handling where any pre-existing prefs are being lost.

5493: wiring for 'getting started' popup

5502: Node Manager attaches a local SSD to GCE compute nodes.

This is the best option to provide temporary working space for compute
work on GCE.

5502: Adjust id and name of Node Manager cloud object mocks.

Some GCE objects like disk types have predictable names, so it's
helpful to be able to mock objects with the same name.  Use the
name_id argument is the literal name, and generate an id from it.

closes #5556
Merge branch '5556-collection-show-timeout'

Merge branch 'master' into 5556-collection-show-timeout

refs #5247
closes #5248
Merge branch '5247-anonymous-doc'

5247: couple more caption updates.

Merge branch 'master' into 5556-collection-show-timeout

5247: some caption updates.

Merge branch 'master' into 5247-anonymous-doc

closes #5534
Merge branch '5534-limit-log-lines'

Merge branch 'master' into 5534-limit-log-lines

closes #3762
Merge branch '3762-delete-list-worker'

Merge branch 'master' into 3762-delete-list-worker

Merge branch '4253-user-usernames-wip'

Refs #4253.  Closes #5512.

Added a comment to volume Delete() about race condition.

4253: Use new username to set up repository and VM logins.

The usernames added in 4253 have stricter limits than past usernames
generated to set up a repository and VM login.  Use the new generated
username to avoid a weird disconnect between that and these related
objects.  Do a little cleanup in the tests, including removing some
test parameters that now seem redundant under the new rules.

4253: Clean up some user setup methods.

As much as possible, use more methods provided by Rails, rather than
reimplementing them ourselves.

4253: Add a username attribute to users.

* Add the column, and propagate it based on available VM logins or
  e-mail address, if possible.
* Add format validation and tests.
* Set new usernames based on e-mail address, with tests.

5556: add test to invoke collection#show with and without include_accept_encoding_header_in_api_requests config parameter.

5556: Added select() to @logs in CollectionsController#show to avoid trasporting the unneeded log properties.
Also, added Accept-Encoding request header in workbench request to api server.

Documentation: installation pages improvements. Be clear about the
purpose of each installation method, and its limitations.

No issue #

5247: white space

5247: anonymous access documentation

5534: When a pipeline has long running jobs with hundreds of thousands of log lines, the log line display is timing out
fetching all those lines. Limiting the number of log lines retrieved helped resolve this issue. Using limit size of 2000.
I was able to see log when I limited to 10000 log lines as well, but it took much longer wait time and I felt a quicker
response might provide a better user experience and hence using 2000 log lines as the limit. Thus the most recent 2000
log lines are fetched, followed by newer log lines from event log if the job is still running.

Merge branch '5536-retry-discover-servers' closes #5536

Merge branch '5529-add-keepproxy-docker-image'

refs #5529

Merge branch 'master' into 5529-add-keepproxy-docker-image

Merge branch '5524-crunch-temp-keep-errors' closes #5524

5524: Match magic string arvados.errors.Keep as likely part of an exception
backtrace and mark task as temporary failure.

5536: Keepproxy retry keep server discovery on error or empty list.

Merge branch '5425-set-docker-memory-limits' refs #5425

Merge branch 'master' into 3762-delete-list-worker

3762: create NewWorkQueue instances of pullq and trashq in handers_test and remove this logic from handlers.
it is expected that keepstore or the tests will create these objects and handlers should not have to.

3762: undo the api server discovery document update. trash worker can instead use permission_ttl in place of defaultTrashLifetime because these two will be the same.

Merge branch '5198-remote-link-ctrl-click' refs #5198

Merge branch 'master' of git.curoverse.com:arvados into 3762-delete-list-worker

Merge branch '5318-git-sharing-note' closes #5318

5198: Merge branch 'master' into 5198-remote-link-ctrl-click

5198: Update comment.

Add a keepproxy docker image

refs #5529

Go SDK improvements:

- keepclient now respects the ARVADOS_API_HOST_INSECURE environment
  variable

- arvadosclient and keepclient accept (1,yes,true) to enable the
  insecure api host flag, case insensitive.

No issue #

Merge branch '5276-job-graph-phantom-tooltip' closes #5276

5276: Merge branch 'master' into 5276-job-graph-phantom-tooltip

5276: Name log fixtures. Fix over-sensitive test.

refs #5375
Merge branch '5375-preview-collection-text-files'

5375: added javascript and rtf application types to white-listed application types after observing that these were disabled when testing in staging.

closes #5375
Merge branch '5375-preview-collection-text-files'

5375: small updates on comments

5375: and add the new test file

5375: move the mime type tests into a new collections_helper_test.

Merge branch 'master' into 5375-preview-collection-text-files

Merge branch 'master' into 3762-delete-list-worker

3762: Expose Discovery func in arvadosclient. Use Discovery to get defaultTrashLifetime in trash worker.

5319: Bound search in collection PDH fix migration.

Only search collections that exist when the migration begins.  This
helps avoid an infinite loop where we yield a bad collection, it gets
fixed a new replacement is created, and then we find and yield the
replacement…  Refs #5319.

Merge branch 'master' into 3762-delete-list-worker

5375: update the fixture pdh with the value got from keep put.

5375: improved mime_types initializer. enhance collections_helper to use mime_type sub_type instead of relying on suffix.
update config param name, value, and comment. add .seq, which is another supported extension of fasta to test.

Merge branch '5319-collection-pdh-fix-performance-2-wip'

Refs #5319.

5319: Improve collection PDH fix performance with LIKE searches.

PostgreSQL regexp searches use a lot of RAM, and these queries run out
of RAM on qr1hi.  Prefer LIKE queries, which use less RAM and are more
portable.  We have to do multiple searches, but that's life.

Merge branch 'master' into 5375-preview-collection-text-files

3762: Run trash worker. Add tests to test the trash worker.

5276: Use using_wait_time 0 instead of evaluate_script.

5276: Reveal and update the log graph as soon as the first data point
arrives, rather than waiting for the redraw timer.

Return an empty hover tooltip for the placeholder data point. (The
placeholder series is only added when the graph is empty and hideHover
is true, but it doesn't get deleted later when hideHover goes false.)

Render the graph in a show() callback to ensure the div is visible
when Morris creates its SVG element: otherwise the SVG can end up
being created with height=1px. This addresses bugs like "graph doesn't
show up sometimes" and "data point hover tooltips show up, but there's
no graph".

5276: Improve job log graph tests.

* Run tests as a non-admin user. (This just needed an update in the
  log simulator to insert the logs with the same owner_uuid as the
  target job.)

* Test graph display/update behavior both with and without an existing
  log entry in the database during initial page display.

5276: Remove redundant test teardown.

Merge branch '5285-arpi-use-settings' closes #5285

5425: Set memory limit on container as a fraction of total system memory
allocated to task each when invoking Docker.

5198: Remove href attributes from remote:true links to prevent ctrl-click et al. from doing the wrong thing.

5318: Add note on sharing page for repository object about lag time taking effect.

5285: Remove cruft made redundant by Ruby SDK

Merge branch '5500-crunch-temporary-failure' refs #5500

5500: Add TASK_TEMPFAIL constant.  shell_or_die always exits non-zero on error.

5500: Add SLURM "Communication connection failure" to pattern of temporary node
failures.  "pip install" failure returns temporary error status (111) so the
task can be retried.

5375: white space

5375: enhance the mime_types initializer to add a new type only when that type is not yet supported by the MIME types gem.

5375: after much hair pulling, found the syntax to replace MIME::Types.add(MIME::Type.from_array... since from_array is deprecated; now using MIME::Types.add(MIME::Type.new...

Merge branch 'master' into 5375-preview-collection-text-files

refs #5383
Merge branch '5383-api-db-current-time'

Merge branch 'master' into 5383-api-db-current-time

5383: Add back Time.parse(). Without it the value returned would be of the format 2015-03-18 13:37:11 UTC,
and with Time.parse it would be 2015-03-18 09:37:11 -0400, which is the same as Time.now.

Merge branch '5313-node-manager-node-naming-tag-wip'

Refs #5313.  Closes #5434, #5467.

5313: Node Manager has cloud-specific logic to get node FQDNs.

On AWS, we put compute nodes' FQDN in the name field.  On GCE, we
can't do that: it can't contain dots.  Add a node_fqdn classmethod to
cloud drivers to get a node's FQDN from the right place, and use that
method when deciding whether or not to sync a node.

Syncing a node will occasionally raise an "Invalid fingerprint"
exception on GCE.  This is nonfatal.  Add a comment explaining why.

Merge branch 'master' into 5375-preview-collection-text-files

closes #5383
Merge branch '5383-api-db-current-time'

5383: better test assertion

Merge branch 'master' into 5383-api-db-current-time

5375: add test to verify that collection#show page enalbles / disables file viewing correctly.

5375: add some of the mime types not supported by mime_types gem to mime_types.rb initializer.

When copying a collection that already exists on the destination, fetch
manifest text from the destination in order to create a new collection with the
correct signing tokens.  closes #5475

5383: minor test assertion updates

Merge branch 'master' into 5383-api-db-current-time