6602: use min_nodes * (finished_at - started_at) to calculate the allocated node time for each job.

closes #6687
Merge branch '6687-install-guide-flow'

6687: revisit build tools text and other minor updates

6687: merge back nginx docs back into api server and workbench pages and remove the includes since they are not being shared.

Merge branch 'master' into 6687-install-guide-flow

refs #6279
Increased timeout to 2000ms; with the previous 1000ms value, the login to shell account was failing
sometimes as the token is being sent too early. With this value, it seems to work consistently.

6687: install guide updates aimed at reducing jumping around during the process

6750: API install guide doesn't tell users to copy omniauth.rb.example.

This completes the work started in
2ecf7efbab5ceb082739dcffd98c18bb4b14447e.  omniauth.rb.example doesn't
exist anymore, so users can't copy it.  The application.yml
configuration method is preferred.  Closes #6750.

Add standard Python .gitignore for CWL SDK.

No issue #.

Merge branch '6264-cwl-runner' closes #6264

closes #6473
Merge branch '6473-fetch-events-starting-at'

6473: update message for start_time input argument.

Merge branch 'master' into 6473-fetch-events-starting-at

refs #6465
Merge branch '6465-optimize-workbench-integration-tests'

6465: Noticed a slight dip in code coverage in two areas and added tests to cover those situations. Details:
1. Removal of integration "Test dashboard button all {jobs}" resulted in no test at all to visit /jobs page.
Added a controller test for this.
2. Not visiting the hash match page when only one collection matches (the controller test just verified the redirection),
resulted in the unforeseen side effect of not testing preview allowed status for a file name extention that is not listed
in application_mimetypes_with_view_icon (tar file in this case). Added this to test.

Merge branch '6438-multiplatform-install-guide-TC' refs #6499

refs #6465
Merge branch '6465-optimize-workbench-integration-tests'

6465: Changed "test dashboard button all #{target}" to use assert_includes
instead of css_select. css_select is throwing a wierd message.

6473: last_log_id null error

6264: Typo fix.

6264: Code cleanup: rename "i" in _match() to "filename" and "t" and "r" in
arvExecutor to "tool" and "runnable".

Merge branch 'master' into 6473-fetch-events-starting-at

6473: fix issue with last_log_id argument.

refs #6465
Merge branch '6465-optimize-workbench-integration-tests'

closes #6652
Merge branch '6652-test-system-menu'

Merge branch 'master' into 6652-test-system-menu

Conflicts:
apps/workbench/test/integration/application_layout_test.rb

Merge branch 'master' into 6473-fetch-events-starting-at

6465: Removed two tests from projects test and added two to projects
controller test.

6264: Use mutually exclusive group for enable/disable-reuse.

6438: Make puma run script relocatable, set ARVADOS_WEBSOCKETS.

6438: Back out dependency on lsb_release command.

6438: Add missing steps to SSO installation.

6438: Use uuid_prefix (more) consistently.

6438: Merge debian and ubuntu sections. The same recipe works for both.

6438: Use urandom instead of md5(hostname) for UUID. Avoid using Ruby at this stage.

6438: Add missing "apt-get update". Give a command to add the package repo.

Replace version table with $(lsb_release -cs).

6438: Add specific commands for nginx16 and postgresql92 Software Collections.

6438: Add some missing steps to rvm recipe. Install rvm as root.

6438: Bring back package dependencies for "build Ruby from source" option.

These used to be documented earlier in the process, but were removed.

6438: Drop wget dependency. Update ./configure flags for Ruby 2.1.6.

closes #6587
Merge branch '6587-workbench-webshell-login-documentation'

Merge branch 'master' into 6587-workbench-webshell-login-documentation

6473: PollClient also supports last_log_id argument.

closes #6465
Merge branch '6465-optimize-workbench-integration-tests'

6465: Added back bundled with

Merge branch 'master' into 6465-optimize-workbench-integration-tests

6661: Install docs refer to arvados-git-httpd package and binary.

The code refers to itself as arv-git-httpd, but the package is named
arvados-git-httpd, and includes the binary under that name as well.
Update the installation documentation to match.

Arguably, we should change the package naming instead.  But that
decision was made longer ago and is more difficult to revert.  I'm
making the easy fix now, and we can consider package changes later if
we like.

Closes #6661.

6465: Added comments to explain test "find a project and edit description
with link to object".

Merge branch 'master' into 6473-fetch-events-starting-at

6658: Fix exception name errors in PySDK arvados.util.

Refs #6658.

6587: minor text updates

6652: Moved system menu test into application_layout_test.

Merge branch 'master' into 6587-workbench-webshell-login-documentation

refs #6619
Merge branch '6619-doc-update'

6619: git config update

Merge branch 'master' into 6619-doc-update

closes #6617
Merge branch '6617-doc-repo-https-url'

6617: minor text update

Merge branch 'master' into 6617-doc-repo-https-url

Merge branch 'master' into 6473-fetch-events-starting-at

6465-Made changes that were recommended.

6617: updated git config doc

Revert "6362: Allow config/application.yml to override environments/*.rb in apiserver, too."

In Rails 3 (actionpack 3.2.17), changing asset configuration to
production settings in load_config.rb breaks the rake
assets:precompile task, e.g., the docker build. This change is still
desired but needs to be backed out until the bugs are worked out.

This reverts commit c790738ae71771a5574b166b3e93a1bca9b89bf6.

refs #6362

Revert "Revert "6362: Change config precedence order.""

This reverts commit 61187968f0e9268430b967ce37a79d9384ec7e3c.

Wrong commit reverted.

refs #6362

6619: add git config to shell setup page.

Revert "6362: Change config precedence order."

In Rails 3 (actionpack 3.2.17), changing asset configuration to
production settings in load_config.rb breaks the rake
assets:precompile task, e.g., the docker build. This change is still
desired but needs to be backed out until the bugs are worked out.

This reverts commit 318e3d183c3800863731a20a10f1b8bf9cc82280.

refs #6362

6617: add note if prompted for user name during git clone using https url.

Merge branch 'master' into 6617-display-https-url

refs #6617
Merge branch '6617-display-https-url'

6473: create ancestor object before subscribe

Merge branch 'master' of git.curoverse.com:arvados into 6473-fetch-events-starting-at

6473: include last_log_id when start_time argument is provided.

Revert "6362: Update bootstrap gem."

This reverts commit ed8897b942f147afccf8eeac1025861ffe2f1690.

refs #6362

Merge branch '6362-asset-config' refs #6362

Merge branch 'master' into 6473-fetch-events-starting-at

6652-Added tests for the system menu and each of the pages in the
dropdown menu.

6617: update documentation to include https git url

Merge branch 'master' into 6587-workbench-webshell-login-documentation

closes #6604
Merge branch '6604-notification-menu-no-prompt'

6587: Documentation to access an arvados VM using webshell. Updated pages such as "tutorial expectations",
"checking environment" to also include webshell doc page link.

6617-Display https url in repositories panel in manage_account page and checks
if https url is being shows in user_manage_account_test.

6604-Updated assert statements.

Merge branch '5898-listen-race' refs #5898

Merge branch 'master' of git.curoverse.com:arvados into 6465-optimize-workbench-integration-tests

6604- Disabled SSH public key notification when shell_in_a_box_url
is configured.

5898: Use lsof instead of fuser -- fuser 1234/tcp just hangs on some systems.

6473: remove incorrect format tests; it appears that #6451 strikes after one such test and the next test fails.

6473: some more error tests

Merge branch 'master' into 6473-fetch-events-starting-at

6473: add start_time additional argument to arv-ws

arvdock realclean/deepclean should not delete images tagged as arvados/build.

No issue #

Merge branch '5898-listen-race' closes #5898

5898: Wait for servers to start *listening* before running integration tests against them.

6362: Allow config/application.yml to override environments/*.rb in apiserver, too.

6362: Update bootstrap gem.

See https://github.com/twbs/bootstrap-sass/issues/653

Merge branch '6610-login-without-ssh-key' closes #6610

6362: Change config precedence order.

Before: environments/*.rb, Rails defaults, application.yml,
application.default.yml.

After: application.yml, application.default.yml, environments/*.rb,
Rails defaults.

This makes it possible to use application*.yml to control configs that
have Rails defaults. (application.default.yml file has had such
configs for ages, like assets.digest, but they have never been
effective.)

Merge branch 'master' of git.curoverse.com:arvados into 6465-optimize-workbench-integration-tests

6465-Added tests to collections_controller_test, removed 4 tests
from collections_test and one test from collections_upload_test.

6610: Include all user->VM login permission, even for users without SSH keys.