21211: Annotate arvados.api

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21211: Clean arvados.api imports

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

18800: Add docstring to arvados.__init__

This is mostly intended to help orient people reading the web
documentation.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

19830: Clean imports in arvados.__init__

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

19830: Clean run_test_server imports

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

19830: Reorder arvados.util regexps

Keep regexps, then UUID regexps sorted alphabetically, then deprecated
regexps.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

19830: Add docstrings to arvados.util

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

19830: Update arvados.util._deprecated Markdown style

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

19830: Clean arvados.util imports

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

19830: Move deprecated functions to the bottom of arvados.util

This makes the web documentation easier to navigate.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

20846: Don't use pip to install virtualenv, just rely on OS pkg.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20846: Skip workbench package build.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20846: Add debian12 package target.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

Merge branch '21201-doc-bundle-update'

Closes #21201.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

20846: Fix shell command in env var.

With Ruby 3, something uses the MAKE var without the expected
shell-eval, so the number-of-processors trick stopped working.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

    make --jobs \$\(grep -c processor /proc/cpuinfo\) DESTDIR\=
    sitearchdir\=./.gem.20231120-15-fa6sx6 sitelibdir\=./.gem.20231120-15-fa6sx6
    clean
    make: invalid option -- 'c'
    Usage: make [options] [target] ...
    Options:
      -b, -m                      Ignored for compatibility.
      [...]

20846: Update fpm for Ruby 3 compatibility.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20846: Use Ruby 3.2.2 for ubuntu2204 packages.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20846: Merge branch '19213-ubuntu2204-support' into 20846-ubuntu2204

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21206: Send requesting_container_uuid attribute in update events.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21126: Update keep-balance admin doc page.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21126: Update faster-gc doc page with new keep-balance configs.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21126: Update doc bundle.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21126: Merge branch 'main' into 21126-trash-when-ro

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

Merge branch '21189-changeset-limit'

refs #21189

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21189: Improve wording in config comments and logs.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

Merge branch '20609-subprocess-progress-bar' into main. Closes #20609

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Stephen Smith <stephen@curii.com>

20609: Tweak subprocess progress bar spacing

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Stephen Smith <stephen@curii.com>

20690: Determine postgresql version from psql command.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20831: Fix discovery doc

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

21201: Update doc gems

Getting a new Zenweb gets a new kramdown which helps keep things working
on Ruby 3.x. I think.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

20690: Merge branch 'main' into 20690-remove-wb1

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21132: Annotate API methods as returning a request object

This is a factual correction. Before this, it looked like the API
methods communicated with the API server and returned a response
directly, which is not true.

Unfortunately pdoc doesn't render the documentation for the
ArvadosAPIRequest.execute override. That's frustrating. I looked for
ways to coerce this but didn't find any. Hopefully the class docstring
gives users enough information about what they need to do. pydoc renders
it as expected, so I still think it's worth keeping.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21132: Note ArvadosAPIClient is a Resource

The real impact of this change is marginal, but it establishes a pattern
for documenting request objects, which will be more substantial.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21136: Use typing generics for builtins in api_resources

The immediate problem this solves is that using `list` unqualified as an
annotation causes pdoc to resolve it as the current class' `list`
method, which is not correct.

We could also specify `builtins.list`, but since it doesn't support
subscripting in Python 3.8, that generates a lot of noisy warnings right
now. So this solution is better for now, and we'll probably migrate to
`builtins.list` in the future.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

20831: Don't panic on empty params

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

Merge branch 'main' into 20831-user-table-locks

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

20831: gofmt and discovery doc updates

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

Merge branch '20846-ruby3'

refs #20846

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20831: Revert making IsAdmin and IsInvited a pointer

Now uses API server revision and the requesting user to decide whether
IsAdmin and IsInvited have valid values or not.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

20690: Revert arvbox to debian 11 until lib/install can do Ruby 3.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21137: Support RP-initiated logout with OIDC

With OIDC, logout only has a permanent effect if it is done by the
OP. If a user attempts to logout with an OIDC token, and the OP provides
an endpoint to end the session, send the user there to help them
accomplish that.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

20690: Fix arvbox dependencies.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20831: Make the IsAdmin and IsInvited pointers so they are nullable

Required to correctly handle both where the API does or does not
return the is_admin and is_invited fields when updating from remote
user records.

Also added DiscoveryDocument to arvados.API

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

20690: Remove workbench1 from arvbox.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20831: Add DiscoveryDocument to arvados.API

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

20690: Always direct user to wb2 for logs.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20690: Remove workbench1 mentions in install/admin docs.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20690: Remove wb1 webshell check in diagnostics.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20690: Remove obsolete SecretKeyBase configs.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20846: Specify nodejs version without 'v' prefix.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20831: Return is_admin and is_invited so batch updates work

Has backwards compatability issues that still need to be addressed.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

19302: cleanup Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21189: Revert exit code 64 to 2 for invalid command line argument.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20846: Exit 2 on invalid argument.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20846: Add -nodejs-version option to arvados-server install.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20846: Add -singularity-version option to arvados-server install.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20846: Add -bundler-version option to arvados-server install.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20846: Add -ruby-version option to arvados-server install.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20846: Merge branch 'main' into 20846-ruby3

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

19302: redefined collapsed panel props Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

19302: css tweaks Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

19302: side panel tree limited to 50 nodes Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

19302: side panel projects ordered Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

19302: added hover to sidepanel menu items Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21189: Replace -commit-X with Balance{Pull,Trash}Limit configs.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21189: On usage error, exit 64 and do not auto-restart.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

Merge branch '18874-merge-wb2'

refs #18874

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20609: Change subprocess progress bar to combine relevant process statuses

eg. Queued segment = Queued + OnHold, Failed segment = Failed + Cancelled

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Stephen Smith <stephen@curii.com>

18874: Try a different login timeout.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

Merge branch 'main' into 20831-user-table-locks

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

20690: Add upgrade note about removing workbench1.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20831: Fix tests

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

20690: Remove workbench1 steps from install guide.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20690: Remove workbench1-specific configs.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

Merge branch '21021-controller-logout'

Closes #21021.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

20690: Remove wb1 from arvbox gem install progress indicator.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20690: Remove wb1 bind mount in test.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20690: Remove obsolete docs/comments about wb1.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20609: Move subprocess progress bar between title and headermenu

Also make multi select toolbar show up in header or below header depending on
whether there is a panel title / progress bar

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Stephen Smith <stephen@curii.com>

20690: Remove phantomjs and geckodriver (wb1 test deps).

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

18874: Fix wb2 install/boot to accommodate readonly source tree.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

18874: Embed real git commit in wb2 build.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

18874: Update package-building test OS to debian:11.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20690: Silently ignore editor backup files in db/migrate dir.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20690: add wb1->wb2 path redirects to arvados-server boot.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20690: Update arvados-server boot to serve wb2 at wb1 url.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

18874: Fix wb2 install/boot to accommodate readonly source tree.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

18874: Embed real git commit in wb2 build.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

18874: Update package-building test OS to debian:11.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

18874: Update setuptools/pip requirements.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

18874: Don't bring up test services for package/boot/install tests.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20846: Disable workbench1 in `arvados-server boot`.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20846: Remove workbench1 from `arvados-server install`.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20690: Remove workbench1 and testing/packaging references.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

Merge branch '20846-python-fixes'

refs #20846

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20846: Silence ResourceWarning messages.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20846: Avoid deadlock in unmount-and-replace race.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20846: Avoid deadlock in unmount-and-replace race.

refs #20846

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

18874: Remove timeout on cy.url().

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21021: Merge branch 'main' into 21021-controller-logout

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>