Merge branch 'master' into 3296-user-profile

Merge branch '3178-discoverable-parameters' closes #3178

3572: Set state to RunningOnServer if --submit given. closes #3572

Merge branch '3570-crunch-race' closes #3570

Merge branch '3412-full-collections-index'

Closes #3412, #3534.

Merge branch 'master' into 3296-user-profile

3296: add span tag to profile message in config to serve as an example for admins.

3412: Make manifest_text selectable from Collections index API.

3412: Make non-database fields selectable from API server.

This makes it possible to pass method-back field names, like
"data_size" and "files" from Collections, to the select parameter.

3412: Refactor common manifest munging in API Collections controller.

3412: Clean API Collections controller trailing whitespace.

3296: cover the case where prefs was there but no profile in profile check.

Update more PGP web links. No issue #

Update PGP download link. No issue #

3178: Merge bogus _setup_requires_parameters into existing class method.

3570: Use exit code 75 to mean "temporary locking failure". Add comments.

Merge branch 'master' into 3296-user-profile

3296: break the tests into multiple tests

3296: minor updates to profile page display

Merge branch '3489-indicate-initial-project-filter' closes #3489

3296: split profile config into two parameters: one for fields and one for message.

Merge branch '3570-crunch-race' closes #3570

3296: check for prefs_changed instead of cycling through all changes.

3489: Add test for correct dropdown text.

3489: Degrade nicely if initial filter refers to an unreadable project.

3489: Remove debug comment.

Fix broken link again. refs #3254

Fix broken links. refs #3254

Merge branch '3254-run-job-locally-docs' closes #3254 refs #3556

3254: Typo fix "reproducibilty" -> "reproducibility".  Changed use of the term "parallel" to "concurrent" refs #3556

3570: Do not fail the job when crunch-job loses a locking race during startup.

Merge branch '3212-pipeline-no-reuse' closes #3212

3178: Discover required parameters for regular CRUD methods, too.

3178: Use different discovery doc cache files for different API servers.

Also port "use api even if discovery cache file can't be written"
rescue block from arvados-cli to arvados gem.

3178: Add missing jobs.create and users.setup parameters to discovery document.

3296: profile redirection works perfectly now that session caching is removed.

Merge branch '3296-user-profile' of git.curoverse.com:arvados into 3296-user-profile

3296: after profile is filled in by user, bring the user back to profile page with message saying all set and provide button to take to the desired target. for improved ui experience.

3212: Support arv-run-pipeline-instance --no-reuse --submit

3296: Remove session cache of user record to prevent synchronization problems.

3296: fix test

3296: good tests do add value.

3296: update tests

3296: profile notification email setting is now on server

3296: send email when profile is created by user. add tests to profile mailer.

Merge branch 'master' into 3296-user-profile

3296: use update method and remove unnecessary update_profile method

Fix repositories.get_all_permissions, add tests. closes #3546

3489: Indicate initially selected project in chooser. closes #3544

Merge branch '2769-disable-delete-flag' closes #2769

Fix excessive API calls in collection chooser. refs #3489

2769: Add -never-delete command line flag.

Add "wait_for_ajax" to avoid race condition. No issue #

3296: add integration tests for topnav. also, enable profile as default test setting

Merge branch '3527-infer-docker-hash-wip'

Closes #3527, #3529.

3527: Support using a Docker image from any stream in a Collection.

This makes Docker image detection more consistent between crunch-job
and the API server, and is more user-friendly.

3527: Find Docker images natively inside Collections.

We previously relied on the docker_image_hash link to treat a
Collection as a Docker image.  This was safer and simpler, but it
creates obstacles for project sharing.  When we have a Collection
locator that we want to treat as a Docker image, we now check that it
has a single file with a single 64-hexdigit tar file in it, and use
that as the hash if so.  This should still prevent clear mistakes
while removing some of the obstacles to sharing.

Hide preview pane on narrow screens. closes #3496

Update tests and user setup methods. refs #3525

Merge branch '3499-home-project' closes #3499

Merge branch '3525-manage-own-repo' refs #3525

3499: Remove "not in any project" warning.

3499: Do not show Home in breadcrumbs when viewing dashboard page.

3499: Do not show "Sharing" tab on Home project.

3499: Show "Home" in "My projects" panel on dashboard.

3499: Do not show "Move" and "Delete" buttons on Home project.

3499: Merge branch 'master' into 3499-home-project

3499: Update arv-put usage message to reflect new behavior.

3499: Reconcile Python tests to new arv-put "home project" behavior.

3499: Fix Python SDK tests to accept signed blob locators.

3499: Improve Python SDK's ability to read apiserver's config files.

Use a hardcoded secret in the default "test" configuration, rather
than generating a random string with erb. Otherwise, the Python test
suite can't figure out what blob signing key the test server actually
ends up using.

Merge branch '3036-mutable-collections' refs #3504

3036: Merge branch 'master' into 3036-mutable-collections

3036: Remove unnecessary code path.

3525: Users can manage permissions on their own repositories

3499: arv-put collections in home project if no --project-uuid specified.

3438: Show input title when choosing Collections for pipeline instances.

Closes #3438.

"Writing a crunch script" now shows how to run locally, "Running on an Arvados cluster" shows how to commit to git and create a pipeline template.

3482: crunch-job logs locator of job output sans permission hints.

This makes crunch-job log a locator that's consistent with the output
locator that it sets for the job in the database.  Closes #3482.

3296: improve config parameter explanation

Re-disable preview pane in project sharing popup.

This was the original behavior, but was lost in a later merge.
No issue #.

3436: Don't show Projects pulldown on project sharing popups.

Closes #3436.

3296: profile config edge cases

3296: add profile also in the notification email

Merge branch 'master' into 3296-user-profile

3296: add "message" to profile config

3499: Merge branch 'master' into 3499-home-project

3499: Show Home at root of projects tree. closes #3517

3499: Show home project at /projects/{user_uuid}. closes #3515

3499: Update breadcrumbs. closes #3513

3499: groups/{user_uuid}/contents returns home project contents. closes #3514

3388: Workbench only lists user groups when sharing a project with groups.

This ensures that projects aren't included in the listing, which is
not useful and confusing.  Closes #3388.

3296: some cleanup

3296: remove skip_profile and add params[:partial] handling

3427: Restore arv-put's resume functionality.

The refactoring in 0d1a48e accidentally introduced a bug where arv-put
wipes its resume cache clean before building the uploader.  Because
the refactor always arranges `resume_cache = None` when the user
doesn't want to resume, we can fix the bug by just skipping the wipe.
Closes #3427.

3296: profile path routing

Merge branch '3463-make-sharing-dialog-with-users-more-useful' closes #3463

Merge branch '3444-no-folders' closes #3444

3444: Update documentation referring to obsolete group_class=folder

Merge branch '3372-update-pipeline-template-schema-docs' refs #3372