Refresh dashboard with AJAX every 60 seconds.

refs #1976
closes #2004

Use AJAX/remote requests when deleting objects. Add delete button to
pipeline_instances index.

refs #1976

Improve progress view on pipeline_instances.show page and add AJAX
auto-refresh.

refs #1976
refs #2004

Add arv-mount.

Add StreamFileReader.seek() method.

Fix scoping for error classes.

Fix crash when component has missing attributes (e.g., no job was run).

refs #1978

Add basic select-and-compare interface to pipeline_instances#index.

refs #1978

Merge branch 'master' into 1978-compare-pipelines

Conflicts:
apps/workbench/app/controllers/pipeline_instances_controller.rb
apps/workbench/app/views/pipeline_instances/compare.html.erb

Remove extra breadcrumbs bar.

Allow controller to override page name for breadcrumbs.

Add breadcrumbs bar to #index and #show pages.

Use generic index page for /users

Show condensed data about pipeline instances side by side on "compare"
page.

refs #1978

Add pipeline_instances/compare page

Fix "show all pipeline templates" link target on dashboard page.

Fix some arv unit tests.

Merge branch '2036-fix-python-sdk' of git.clinicalfuture.com:arvados into 2036-fix-python-sdk

Conflicts:
sdk/python/arvados/__init__.py
sdk/python/arvados/api.py
sdk/python/arvados/collection.py
sdk/python/arvados/keep.py

Resolving scoping problems. Python unit tests now pass. (fixes #2036)

Rearranging modules to eliminate recursive imports.

Rearranging modules to eliminate recursive imports.

Add functional test for "skip script_version validation when not
changing that attribute".

Skip "specified commit exists" validation when updating an existing
job without modifying script_version.

Fix jobs.cancelled_by_*_changed? calls to jobs.cancelled_by_*_uuid_changed?

Missed in 64f3cccd176b214b2e9a571c54973c4e546c606a

Remove +K@foo parts from collection uuids in jobs' script_parameters
and other job fields cached in PipelineInstances.

refs #1881

Fix regular expressions in database migration.

refs #1881

Show condensed data about pipeline instances side by side on "compare"
page.

refs #1978

Python SDK uses ~/.config/arvados/settings.conf like other SDKs.

Also: Update ~/.config/arvados/settings.conf when docker images are restarted.

Updating dependencies.

Updating dependencies to satisfy RubyGems.

Clean up /arvados/v1/../../discovery/v1/ hack before sending request
to server.

Add pipeline_instances/compare page

Left navbar uses bootstrap "nav-header" class for section headers.

Merge branch '1946-request-body-vs-parameters'

closes #1946

Remove request body object from parameters lists in *.create and
*.update -- mark it required in the request body instead.

refs #1946

Add version string to arv (assume "gem install" makes the version
apparent in the executable path).

Do not add body object to discovery parameters.

Fix up dependencies, pin google-api-client at 0.6.x

Add Gemfile.lock

Send parameters in the request body instead of query parameters if
discovery document specifies request.properties.(key).$ref.

refs #1946

Add tests, fix dependencies so "bundle exec rake test" runs.

Fix crash when no config file exists, and fix config access from Model
class.

refs #1943

Remove Keep prototype (moved to branch 1747-keep-prototype-ruby).

refs #1747

Do not offer to let non-admin users create new keepDisks and nodes.

Change underscores to camelcase in "kind" strings as documented.

Add virtualMachine test fixture.

Replace Admin menu with System menu (users can see those things too).

Always use symbol keys for object attribute names and string keys
inside serialized hashes, rather than HashWithIndifferentAccess.

This ensures serialized attributes go into the database as plain
hashes with string keys, even when Rails was responsible for
unserializing the data coming from the client.

refs #1944
refs #1987

Ensure we always respond with json (except the redirect at the root
URI).

closes #1739

Do not run ec2 commands in test mode.

Update tests to match recent permission changes; dry up "404 if no
object found" logic; fix status codes in some error responses.

Use discovery document to build infix->kind map instead of using a
hard-coded list.

Provide UUID prefix used for each schema in discovery document.

Fix crash on error pages by removing before_filters that assume there
is a current_user.

Change underscores to camelcase in "kind" strings as documented.

Add /keep_disks page to Admin menu.

Fix keep_disks.ping to accept a correct ping_secret in lieu of a
sufficiently authorized token.

Update schema migration version.

Always accept properties and info as serialized attributes.

refs #1944
refs #1987

Always use string keys instead of symbol keys for serialized attributes.

refs #1944
refs #1987

Tweaked running external program tutorial to make it more explicit that md5sum is the external program used in the example.

Gemfile now just points to gemspec so same dependency information is not listed twice.

Added doc/_site to gitignore

All git access should happen via git@ urls, not git://

Cache the API discovery doc for at least 24 hours (refs #1923)

add list-inactive-users.rb script.

closes #1817

Merge branch '1943-client-sdk-config-files'

Conflicts:
sdk/python/arvados/__init__.py

Clients use $HOME/.config/arvados/settings.conf for configuration. (fixes #1943)

Merge branch '1881-normalize-collection-uuids'

closes #1881

Merge branch '1922-cache-discovery-python'

Merge branch '1868-tutorial-running-binary-progs'

Merge branch '1911-python-sdk-pydoc'

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

Fixed import problems due to splitting module into multiple files

New tutorial for running external programs

Removed "Tutorial:" from titles since that was an artifact from before we had improved the navbar.  Also fixed typo in tutorial-trait-search.

collection.py import stream

Updating API parameter documentation (refs #1901)

Removed unused parameters.
More docs for the "list" command.
Use only the first line of the parameter documentation in "arv resource help".

Started tutorial on running external programs

Fixed path to glyphicons

Moved Python SDK and crunch utility scripts pages to SDK Reference section.

Fix circumventing usual permission mechanism in nodes.ping.

Add section about adding Keep disks during install.

Update bundle. Avoid google-api-client 0.7.0 (rc2 is incompatible) and
ensure minitest >= 5.0.

Add link to "create standard objects", and delete obsolete tutorial
instructions.

Script to build python documentation (requires epydoc)

Added Python SDK section to documentation

Fix error message when the all-users group can not be found.

Renamed Keep/Stream/Collection submodules to keep/stream/collection (lower case)

Moving Collection, Stream and Keep classes into their own files

Render token with ApplicationController#show instead of calling
as_api_response directly from
api_client_authorizations.create_system_auth.

Resolves:

Error: #<ActsAsApi::TemplateNotFoundError: acts_as_api template
:superuser was not found for model ApiClientAuthorization>

Cache discovery document in ~/.cache/arvados/discovery/.

refs #1922

Set cache expiry time on discovery document.

refs #1922

Remove +K@{name} hints from collection uuid, link head/tail, job
output/log, and job_task output.

refs #1881

Normalize collection UUID to {hash}+{size} before save and lookup.

refs #1881

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

Updated `arv' command line format options. Default now generates JSON. (refs #1889)

Replaced --pretty, --json, --uuid, --yaml, --human with
--format={json,uuid,yaml}, and added --short for --format=uuid.

Default output format is now JSON (pretty-printed).

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

Changed upload path in scp command to load to /scratch/you instead of just /scratch, tweaked markup to try and emphasize that "you" that should be replaced by your own username.

Merge branch '1880-check-duplicate-public-key'

closes #1880