fix backward-compatible env var

say "interrupt" nicely instead of a stack trace on ^C

add --no-reuse and --no-reuse-finished options to arv-run-pipeline-instance

added PuTTY instructions to docs site

Fix numbering of tutorials on workbench landing page.

use find() instead of where() to get a single object

hide account summary bar if user is not activated yet

count files instead of specimens on dashboard

count accessible objects instead of owned objects on dashboard

fix "pipeline run" command

fix pipeline component names

use "nano" instead of pseudocode "edit"

new dashboard content

add new-pipeline tutorial

fix command line parsing

add "arv pipeline run" -> "arv-run-pipeline-instance" wrapper

rename wh-run-pipeline-instance to arv-run-pipeline-instance

link job and collection uuids to workbench pages

strip extra newline

add usr/local/arvados/src pythonpath

fix namespace

prepend to PYTHONPATH instead of replacing

fix job dependencies -- grok arrays and hashes in script_parameters

add collection-merge script

add CollectionReader.manifest_text()

comments

tweak example templates

add GATK VariantFiltration tutorial

update git commit hash link target

add "arv keep check"

open up specimens page index and show pages

link to "ssh access" doc page from "authorized keys" workbench page

add piwik info to workbench install doc

add GATK2 VariantFiltration example crunch script

add transparent decompression option to util.collection_extract

Tweak arv keep wrapper a bit more. No more output rewriting, instead use
exec for performance. Support ls, get, put, and less.

lazy check for # files actually retrieved

add util functions, fix up tmp dirs

add output & code notes to job tutorial

remove extra newline

Add piwik support to workbench.

Add whls wrapper. This is a temporary hack. Not proud of it :/

Remove 'pre' from the gem version; otherwise we can't pull them in easily from puppet.

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

Changes for ruby sdk packaging as a gem.

clarify monitoring jobs until success=True

pipeline_templates and pipeline_instances are not admin-only

hide expired and job-specific auth tokens from workbench list

fix nil bugs

extend pgp data tutorial

fix is_locked_by reference

fix is_locked_by reference

use pattern as regexp

update language on job intro page

fix word wrap

quote yaml title

update uuids for pgp data example

remove special group/show stuff

restore uuid column

remove special group/show stuff

update provenance link conventions

show provenance

fix up collections index/show

reword "change api endpoint to suit" reminder

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

Fix versoining number for arvados gem.

update example collection hash

rename more foreign uuid attributes

document adding crunch user

rename more foreign uuid attributes

rename foreign uuid attributes

Add some more detail about arv's dependencies and how to install them.

add identifier link to conventions list

start pgp data tutorial

fix inflections

add repository usage example and doc link

show login names and config instructions on VMs page

restrict visible-because-references-me to permission and resource links

update example configs

fix tutorial bugs

fix doc link

point to doc.arvados.org tutorial if no local tutorials are set up

remove stub pages

add "first job" tutorial

add Data menu

collections does not need to be admin-only

remove "add a new VM" button from non-admin VM index page

more specific info about VMs page

use the same API host for all examples

update running and finished_at attributes at completion

document redis dependency

chdir out of supervise dir when starting job

add pgp-survey-import

add workbench favicon

fix up default site name

add pgp-survey-parse

fixes and docs for testing crunch jobs locally

fix human/humans inflection

add Human resource

add Admin menu with Users and Groups