Merge branch '2872-folder-nav' into 2872-folder-nav-tests

2872: updated test to work with the new ui.

2872: Fix auto-disable/enable "Run" button on pipeline page.

2872: On front page, only show recent pipelines and jobs that are in folders.

2872: update test to meet the current ui updates. the pipeline instances test still failing; possible error in ui where the Run button is enabled even when input is not provided.

Merge branch '2872-folder-nav' into 2872-folder-nav-tests

2872: Use collection name, not hash, for breadcrumbs/title/activity.

2872: Enable OK/Cancel buttons on editable popup. Lose "close" button.

2872: Tweak wording on pipeline inputs page.

2872: Fix up login behavior.

2872: Make "inactive" and "not logged in" behavior work on all pages, not just dashboard.

2872: Ensure user agreement can be viewed before being accepted.

2872: all tests are updated to reflect the new ui.

2872: update tests to match the new ui

2872: fix test

2872: Merge branch 'master' into 2872-folder-nav

Conflicts:
apps/workbench/app/controllers/application_controller.rb
apps/workbench/app/helpers/application_helper.rb
apps/workbench/app/models/authorized_key.rb
apps/workbench/app/models/job.rb
apps/workbench/app/models/pipeline_instance.rb
apps/workbench/app/models/user.rb
apps/workbench/app/models/virtual_machine.rb

2872: Make Show button say Show again. Fix links on collections index.

2865: add traffic_test.py for testing Keep performance.

Refs #2865.

Merge branch 'master' into 2919-provenance-graph-cutoff

2933: Add Keep signing key configuration to Docker.

This is a little hypothetical until we Dockerize the new Keep server,
but it's necessary to get the API server running.

Refs #2933.

2933: Update Docker to use new Python package build process.

Refs #2933.

Merge branch 'master' into 2895-no-more-redis

2865: reduce Keep memory usage.

Eliminate ioutil.ReadAll to reduce unnecessary 2x memory allocations.

* PutBlockHandler allocates a buffer exactly as long as
  req.ContentLength and fills it with io.ReadFull.

* GetBlock uses ioutil.ReadFile (which it arguably should have been
  doing in the first place).

Refs #2865.

2872: Fix breadcrumbs on pipeline instance compare page.

2872: Fix links to collections from folder view.

2953: crunch-job strips permission hints from output manifests.

The API server also strips permission hints from submitted
collections, and will reject it if the specified UUID doesn't match
that result.  As a consequence, this is necessary for crunch-job to
register output with the API server.

Closes #2953.

2872: Do not try to add name links for objects that have their own names

2872: Fix syntax

2895: remove arvados.jobs.log_stream from arv

Merge branch 'master' into 2895-no-more-redis

2872: Fix up log message display on pipeline instance page.

2872: Check "optional" flag too when looking for required inputs.

2872: Fix empty name placeholders.

2872: Fix crash on missing object.

2872: Fix total_bytes returning nil.

Fix workbench URL in inactive user notification e-mail.

refs #2681

2872: Treat HEAD same as GET in case we are behind a proxy.

Merge branch '2951-more-robust-fuse-test-teardown'

refs #2951

Retry the fusermount call up to 10 times with a small pause between
calls if it is not successful. This should make the teardown of the fuse
mount more reliable in automated testing.

refs #2951

2872: Filter by tail instead of owner in case api server rule is not in yet.

2872: Ensure friendly_name is always a string.

2872: Add selection checkboxes to folder view. Compare pipeline instances and remove multiple items.

2872: Make infinite scroll work with regular window scrollbars too.

2872: Add "clone and edit" button to pipeline instance page.

2872: Add free text search in chooser.

2872: Fix attribute_editable? to play nicer with group ownership. refs #2872

2893: API server accepts all serialized parameters as JSON.

This commit takes the bugfix that was applied in 135f306e, and ensures
it's applied to all serialized attributes.

2872: Change default order of folder contents. refs #2872

2872: Ensure name link tail_uuid == owner_uuid. refs #2872

Merge branch '2681-new-inactive-user-notification'

refs #2681

Merge branch 'master' into 2681-new-inactive-user-notification

Merge branch 'master' into 2919-provenance-graph-cutoff

2903: rename db migrate script with clear description

Merge branch 'master' into 2903-remove-pi-active-and-success

Conflicts:
services/api/db/schema.rb

Merge branch 'master' into 2681-new-inactive-user-notification

DTRT with system_user in our user test case. Partial revocation of
commit:e9fc734b

Merge branch 'master' into 2919-provenance-graph-cutoff

2919: set the left postitioning for the provenance graph calculated based on the left-nav size

2872: Fix up tests

2872: Add job summary partial.

2872: Fix bugs

2872: Fix some tests and bugs

2752: Show arv-put output on stdin test failure.

2755: Adjust arv-put test invocation.

This method works better with the new test layout.

2919: Reinstated absolute positioning, changed font size so that text is no
longer overflowing the graph boxes and ovals.

2752: arv-put works when it can't write a cache file.

2752: Rename test_arv_put.py.

This allows us to run specific test cases from the command-line.  The
hyphen in the filename prevented that before.

2752/2755: Move test_cmdline code to test_arv-put.

Tim and I wrote tests for arv-put simultaneously.  This commit merges
them together.

2872: Add recent jobs and pipelines to folder index, use as root url.

2872: Show collection details in chooser.

2872: Fix css on collection tab line buttons.

2872: Add useful pipeline instance content summary.

2872: Disable chooser OK button until selection is made, update run-pipeline wording.

2872: Add infinite scroll to chooser modal.

2872: Rearrange folder index. Show collection tags and files in folder view.

2872: Add "delete folder" button.

2872: Fix "remove from folder"

2872: Make editable work for names in folder, choose data from current folder, tweak css.

2872: Rearrange standard views to deemphasize "advanced" usage, add infinite scroll

2872: Use data chooser for running pipelines. Many presentation fixes.

2872: Start doing everything from folder perspective.

2872: Remove name column from collections table.

2903: merge master

Merge branch 'master' into 2903-remove-pi-active-and-success

Merge branch 'master' into 2895-no-more-redis

2895: remove redis gem

2893: Fix accepting JSON-encoded components_summary in API calls. refs #2893

Merge branch 'master' into 2895-no-more-redis

2895: remove jobs.log_tail_follow api since we are now using websockets instead of redis

Merge branch 'master' into 2681-new-inactive-user-notification

Refactor user notification tests

Merge branch '2755-python-sdk-permissions'

Closes #2755.

Merge branch 'master' into 2755-python-sdk-permissions

Conflicts:
sdk/python/bin/arv-put

2895: remove users.event_stream api

2752: Include arvados.commands submodule in built packages.

2893: Merge branch '2893-no-symbols-in-db' closes #2893

2893: Merge branch 'master' into 2893-no-symbols-in-db

Conflicts:
services/api/test/fixtures/links.yml

Merge remote-tracking branch 'refs/remotes/origin/2755-python-sdk-permissions-TC' into 2755-python-sdk-permissions

Refs #2755.

2755: add unit test for Collection.normalize_uuid.

Merge branch 'master' into 2919-provenance-graph-cutoff