3822: Updated Gemfile

3822: Fixed use of string instead of symbol in hash, added missing list separator.

3822: Added 'ensure_unique_name' option to #create method for API server to
choose a unique name when there is a name collision in the database.
arv-run-pipeline-instance checks to see if there is an output file with the
same name and contents, and uses 'ensure_unique_name' when creating collection.

Add name and description columns back in for jobs.  refs #3036

Delete names and description columns from jobs that shouldn't be there.  Delete
jobs_owner_uuid_name_unique and pipeline_instance_owner_uuid_name_unique
indexes added by mistake.  refs #3036.

Do not blow up when running jobs in local mode.

This bug was introduced in a5819ec1e48fba90658fcf676ffc50c1f216d484

no issue #

refs #3637 - merge Tom's updates to chooser implementation, where selected items are passed as parameters.
Merge branch '3637-selection-through-chooser'

Merge branch '3704-broken-filters-param'

Unfortunately, this does not completely fix the bug, but at least it's
an improvement.  See refs #3704 for more discussion.  Closes #3777.

crunchstat: fix typos in comments and help/error text.

no issue #

Do not blow up when arv is called with an unrecognized argument.

Calling option_parser.educate suffices, no need for a call to
Trollop::die that fails and throws a stacktrace.

no issue #

3637: Propagate checkbox selection through chooser modal, remove session hack.

3637: Operate only on selections within this container, even if clippy has more.

3704: Force params[:filters] into native format so views and helpers can use it.

Merge branch '3763-move-collections-error' closes #3763

3763: Workbench will not send attributes to API server that are nil and not
changed.

closes #3714
Merge branch '3714-report-issue-issues'

Merge branch 'master' into 3714-report-issue-issues

3714: minor updates from review feedback

Merge branch 'master' into 3714-report-issue-issues

Fix arv-put tests refs #3709

Merge branch '3719-improve-subst-error-reporting' closes #3719

3719: Python style/wording fixes.

Merge branch '3709-arv-put-print-uuid' closes #3709

Fix nil dereference causing a fiddlesticks on the collections index page.  no issue #

Merge branch 'master' into 3709-arv-put-print-uuid

Complain and fail if exec() returns. No issue #

Pass stdin to child process. closes #3751

3709: arv-put now prints collection uuid by default.  Add --portable-data-hash
to arv-put to get the old behavior (print PDH).  Crunch-job uses arv-put
--portable-data-hash to get the PDH to put in the log field.  Crunch-job logs
both PDH and collection UUID.

Run given command even if src tree already installed. No issue #

3719: Robust-put uses run-command logger.

3719: run-command uses its own logger instead of the default Python logger to
avoid cross talk with badly behaved modules.

closes #3339
Merge branch '3339-truncate-project-descriptions'

3339: fix typo in test

Merge branch 'master' into 3339-truncate-project-descriptions

Remove assertion testing for obsolete output_is_persistent field.  refs #3342

Merge branch 'master' into 3339-truncate-project-descriptions

3719: Raise more specific SubstitutionError instead of generic exception on
user syntax errors.  Don't print stack trace on SubstitutionError.

3714: update tests to verify that the send report button is disabled until problem description is entered.

Merge branch 'master' into 3714-report-issue-issues

Set Gemfile version target for arvados-cli to correct version.  refs #3342

3339: some refactoring of the render textile impl. improve the test that verifies project description.

Revert arvados gems to versions that actually exist. refs #3342

3714: disable submit button until problem description is entered.

Merge branch '3342-pipeline-output-current-project' closes #3342

3342: Fix syntax error in pipeline_instance.rb.  Restore code in crunch-job
that reads manifest text from arv-get pipe.

Merge branch '3414-keep-pull-handler'

Closes #3414.

3414: fix log typo

%s -> %v

3342: Handle case in PipelineInstance#friendly_link_name where
pipeline_template_uuid doesn't return a PipelineTemplate.  Removed unnecessary
code from crunch-job to calculate md5 hash of manifest_text (API server doesn't
require md5 hash to be provided with collection creation any more.)

3339: update test to verify textile description in my projects panel in dashboard.

3339: render truncated textile descriptions in dashboard

3414: update comment for code review

3342: Update documentation.  Add "output_name", remove "output_is_persistent".

3342: Tweak pipeline component status rendering.  Support "output_name":false
to specify no output should be added to the current project.

3342: Fix links to log files to use portable_data_hash.  Remove spurious puts.
Improve error logging.

3414: rename replicator to pull_list

Renamed replicator.Replicator to pull_list.Manager.

3414: update for code review

Added logging for pull lists.  Unsuccessful pull lists are logged with
an error, successful ones are logged with the new pull list.

Renamed the Replicator interface with GetList and SetList.

Merge branch '3354-render-textile' closes #3354

3354: Merge branch 'master' into 3354-render-textile

Conflicts:
apps/workbench/app/assets/stylesheets/application.css.scss
apps/workbench/app/helpers/application_helper.rb
apps/workbench/app/models/group.rb

Fix label for API endpoint. Re-order fields. refs #3112

Ensure source_version is a string, even when it consists entirely of decimal digits. refs #3112

Run the task setup script inside the container (if any), instead of
running setup on the host, using bind-mount for CRUNCH_SRC, and
assuming other directories have already been set up in the docker
image.

No issue #

Merge branch '3627-selectable-projects' closes #3627

3342: Fixing outputs

3342: Removing remaining traces of output_is_persistent.  Added code in
arv-run-pipeline-instance to create collections owned by appropriate project.

refs #3620
Merge branch '3620-admin-only-gear-menu'

3620: correct indentation when current user is available

3414: adding PullHandler and Replicator

Added PullHandler and a "replicator" package to handle "PUT /pull" requests.

PUT /pull requests are routed to PullHandler, which authenticates the
request and validates the JSON in the request body. Valid requests are
sent to the replicator.

The Keepstore replicator runs a goroutine which repeatedly listens on
its input channel for a new pull list.

TestPullHandler tests each combination of: request from superuser;
request from ordinary user; properly formatted pull request; improperly
formatted pull request.  It checks the state of the replicator when done
to make sure that it has the expected number of pull requests.

3414: add replicator.

closes #3620
Merge branch '3620-admin-only-gear-menu'

Merge branch 'master' into 3620-admin-only-gear-menu

closes #3642
Merge branch '3642-search-for-active-only'

3620: change menu item role from presentation to menuitem for clickable links. w3.org/TR/wai-aria/roles#role_definitions

3342: Migration to remove obsolete output_is_persistent column from jobs.

Merge branch 'master' into 3642-search-for-active-only

Merge branch 'master' into 3620-admin-only-gear-menu

closes #3112
Merge branch '3112-report-bug'

Merge branch 'master' into 3112-report-bug

3112: 404 error page default message while reporting issue

Fixed missing import in robust_put.  no issue #

3112: login_tests works with javascript driver

3112: still the login_tests fails when ran in the entire suite

3112: removed rack_test driver and added selenium driver. still the test "trying to use expired token redirects to login page" fails when the entire suite is tested, but passes when this one test file is executed.

3112: add scrollbar to the report issue popup

Merge branch 'master' into 3112-report-bug

3112: skip filters in actions controller, instead of application controller

Merge branch '3136-stale-pipeline-instance-display' closes #3136

3112: no need to reload after sending report.

Merge branch '3147-pysdk-retries'

Closes #3147.

3147: Fix unwanted integer division in KeepClient logs.

3147: Add retry support to Python SDK's KeepClient.

3147: Remove old Keep signing support from Python SDK.

Per Tom.

3147: Add check_http_response_success to Python SDK.

Other parts of the SDK need to end loops based on the result of an
HTTP request.  This function puts that logic in one place.

3147: Add RetryLoop to the Python SDK.

This provides a general-purpose mechanism for us to retry all kinds of
operations.

3147: Move fake Python HTTP response generation to arvados_testutil.

Other tests can use this functionality.

3136: Use map to correctly get the list of uuids.  Check that there is a job
record before trying to use it.

Fix test. refs #3149

Merge branch 'master' into 3112-report-bug

Fix migration and api templates that rely on changes that did not end up happening. refs #3036

Merge branch '3149-server-side-search' closes #3149

3149: Merge branch 'master' into 3149-server-side-search

Set up arvados env vars when running arv-normalize. No issue #